khoảng trống - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mummer - gói để sắp xếp trình tự của nhiều bộ gen

SYNOPSIS

chú thích mẹ
kết hợp
dnadiff [tùy chọn]hoặc [tùy chọn]-d< đồng bằngtập tin>
chính xác-song song
khoảng trống
chế độ xem bản đồ [tùy chọn]<coordstập tin>[UTRhợp âm][BĂNG ĐĨAhợp âm]
mgap [-NS][-NS][-l][-NS]
người mẹ [lựa chọn]
âm mưu giả mạo [tùy chọn]<trận đấutập tin>
đồng hồ số [tùy chọn]
nucmer2xfig
người quảng cáo [tùy chọn]
trận đấu lặp lại [tùy chọn]
run-mummer1 <nhanh chóngtham khảo><nhanh chóngtruy vấn>[-NS]
run-mummer3 <nhanh chóngtham khảo><đa nhanhtruy vấn>
căn chỉnh [tùy chọn]< giới thiệuID><qryID>

Đầu vào là đầu ra .delta của chương trình "nucmer" hoặc "promer" được chuyển vào
dòng lệnh.

Đầu ra là stdout và bao gồm tất cả các liên kết giữa truy vấn và tham chiếu
các trình tự được xác định trên dòng lệnh.

LƯU Ý: Không có phân loại nào được thực hiện theo mặc định, do đó, các căn chỉnh sẽ được sắp xếp như được tìm thấy trong
NS đầu vào.
show-cocords [tùy chọn]
show-snps [tùy chọn]
trình chiếu [tùy chọn]

MÔ TẢ

LỰA CHỌN

Tất cả các công cụ (dành cho khoảng trống) tuân theo các tùy chọn -h, --help, -V và --version như một
chờ đợi. Sự trợ giúp này rất tuyệt vời và làm cho những trang người đàn ông này về cơ bản là lỗi thời.
kết hợp Kết hợp MUM trong bằng cách kéo dài các kết quả trùng khớp ra khỏi các kết thúc và giữa các MUM.
là một tệp fasta của chuỗi tham chiếu. là một đa
tệp fasta của các trình tự được so khớp với tham chiếu

-D Chỉ xuất ra các vị trí khác nhau
và các nhân vật
-n Chỉ cho phép đối sánh giữa các nucleotide, tức là ACGT
-N num Break các trận đấu lúc trở lên liên tiếp không phải ACGT
-q thẻ Được sử dụng để gắn nhãn kết hợp truy vấn
Thẻ -r Được sử dụng để gắn nhãn đối sánh tham chiếu
-S xuất ra tất cả sự khác biệt trong chuỗi
-t Truy vấn nhãn phù hợp với tiêu đề fasta của truy vấn
-v num Đặt mức chi tiết để có thêm đầu ra
-W file Đặt lại tên tệp đầu ra mặc định witherrors.gaps
-x Không xuất tệp .cover
-e Đặt giới hạn tỷ lệ lỗi thành e (ví dụ: 0.02 là hai phần trăm)
dnadiff Chạy phân tích so sánh của hai tập hợp trình tự bằng cách sử dụng nucmer và liên kết của nó
tiện ích với các thông số khuyến nghị. Xem tài liệu MUMmer để biết thêm chi tiết
mô tả đầu ra. Tạo các tệp đầu ra sau:

.report - Tóm tắt về sự liên kết, sự khác biệt và SNP
.delta - Đầu ra căn chỉnh nucmer tiêu chuẩn
.1delta - căn chỉnh 1-1 từ delta-filter -1
.mdelta - Căn chỉnh M-to-M từ delta-filter -m
.1coords - Tọa độ 1-1 từ show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Tọa độ M-to-M từ show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP từ show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Điểm ngắt giới thiệu được phân loại từ show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Điểm ngắt qry được phân loại từ show-diff -qH .mdelta
.unref - ID và độ dài tham chiếu không được đánh dấu (nếu có)
.unqry - Độ dài và ID truy vấn không được đánh dấu (nếu có)

BẮT BUỘC:
tham chiếu Đặt tên tệp đa FASTA tham chiếu đầu vào
truy vấn Đặt truy vấn đầu vào nhiều tên tệp FASTA
or
tệp delta Tệp căn chỉnh .delta chưa được lọc từ nucmer

TÙY CHỌN:
-d | delta Cung cấp tệp delta được tính toán trước để phân tích
-h
--help Hiển thị thông tin trợ giúp và thoát
-p | prefix Đặt tiền tố của các tệp đầu ra (mặc định là "out")
-V
--version Hiển thị thông tin phiên bản và thoát

chế độ xem bản đồ
-h
--help Hiển thị thông tin trợ giúp và thoát
-m | mag Đặt độ phóng đại tại đó hình được hiển thị,
đây là một tùy chọn cho fig2dev được sử dụng để tạo
tệp PDF và PS (mặc định 1.0)
-n | num Đặt số lượng tệp đầu ra được sử dụng để phân vùng
đầu ra, điều này là để tránh tạo ra các tệp quá
lớn để hiển thị (mặc định 10)
tiền tố -p | Đặt tiền tố tệp đầu ra
(mặc định "PROMER_graph hoặc NUCMER_graph")
-v
--verbose Ghi nhật ký chi tiết của các tệp đã xử lý
-V
--version Hiển thị thông tin phiên bản và thoát
-x1 coord Đặt giới hạn tọa độ dưới của màn hình
-x2 coord Đặt giới hạn tọa độ trên của màn hình
-g | ref Nếu tệp đầu vào được cung cấp bởi 'mgaps', hãy đặt
ID chuỗi tham chiếu (như nó xuất hiện trong cột đầu tiên
của tệp coords UTR / CDS)
-Tôi hiển thị tên của chuỗi truy vấn
-Hiển thị tên của các gen tham chiếu
người mẹ Tìm và xuất (để xếp hình) các vị trí và chiều dài của tất cả các vị trí đủ dài
các kết quả phù hợp tối đa của một chuỗi con trong và

-mum tính toán các kết quả phù hợp tối đa duy nhất trong cả hai chuỗi
-mumcand giống như -mumreference
-mumreference tính toán các kết quả phù hợp tối đa duy nhất trong
chuỗi tham chiếu nhưng không nhất thiết phải trong chuỗi truy vấn
(Default)
-maxmatch tính toán tất cả các kết quả phù hợp tối đa bất kể tính duy nhất của chúng
-n chỉ so khớp các ký tự a, c, g hoặc t
chúng có thể viết hoa hoặc viết thường
-l đặt độ dài tối thiểu của một trận đấu
nếu không được đặt, giá trị mặc định là 20
-b tính toán các kết quả khớp bổ sung chuyển tiếp và đảo ngược
-r chỉ tính các kết quả so khớp bổ sung ngược
-s hiển thị các chuỗi con phù hợp
-c báo cáo vị trí truy vấn của kết hợp bổ sung ngược lại
liên quan đến chuỗi truy vấn ban đầu
-F force 4 định dạng đầu ra cột bất kể số lượng
đầu vào trình tự tham chiếu
-L hiển thị độ dài của chuỗi truy vấn trên dòng tiêu đề
ni cô
nucmer tạo ra sự liên kết nucleotide giữa hai đầu vào mutli-FASTA
các tập tin. Hai tệp đầu ra được tạo. Danh sách tệp đầu ra .cluster
các cụm đối sánh giữa mỗi trình tự. Tệp .delta liệt kê
khoảng cách giữa các lần chèn và xóa tạo ra điểm tối đa
sự liên kết giữa mỗi trình tự.

BẮT BUỘC:
Tham chiếu Đặt tên tệp đa FASTA tham chiếu đầu vào
Truy vấn Đặt truy vấn đầu vào nhiều tên tệp FASTA

--mum Sử dụng các đối sánh liên kết duy nhất trong cả tham chiếu
và truy vấn
--mumcand Giống như --mumreference
--mumreference Sử dụng các đối sánh liên kết duy nhất trong tham chiếu
nhưng không nhất thiết phải là duy nhất trong truy vấn (hành vi mặc định)
--maxmatch Sử dụng tất cả các kết hợp neo bất kể tính độc nhất của chúng

-b | breaklen Đặt khoảng cách mà phần mở rộng căn chỉnh sẽ cố gắng thực hiện
mở rộng các khu vực điểm kém trước khi bỏ cuộc (mặc định 200)
-c | mincluster Đặt độ dài tối thiểu của một cụm đối sánh (mặc định là 65)
- [no] delta Chuyển đổi việc tạo tệp delta (mặc định --delta)
--depend In thông tin phụ thuộc và thoát
-d | Diagfactor Đặt hệ số phân tách sự khác biệt theo đường chéo phân nhóm
(mặc định 0.12)
- [không] mở rộng Chuyển đổi bước mở rộng cụm (mặc định --extend)
-f
- forward Chỉ sử dụng phần phía trước của chuỗi Truy vấn
-g | maxgap Đặt khoảng cách lớn nhất giữa hai trận liền kề trong một
cụm (mặc định 90)
-h
--help Hiển thị thông tin trợ giúp và thoát
-l | minmatch Đặt độ dài tối thiểu của một kết quả phù hợp (mặc định là 20)
-o
--coords Tự động tạo các coords NUCmer1.1 ban đầu
xuất tệp bằng chương trình 'show-coords'
- [không] tối ưu hóa Chuyển đổi tối ưu hóa điểm căn chỉnh, tức là nếu căn chỉnh
phần mở rộng đến cuối một trình tự, phần mở rộng sẽ chạy ngược lại
để tối ưu hóa điểm căn chỉnh thay vì chấm dứt
căn chỉnh ở cuối trình tự (mặc định - tối ưu hóa)
-p | prefix Đặt tiền tố của các tệp đầu ra (mặc định là "out")
-r
--reverse Chỉ sử dụng phần bổ sung ngược của chuỗi Truy vấn
- [không] đơn giản hóa Đơn giản hóa việc căn chỉnh bằng cách loại bỏ các cụm bị che khuất. Xoay
tùy chọn này tắt nếu căn chỉnh một chuỗi với chính nó để trông
để lặp lại (mặc định --simplify)

người quảng cáo
promer tạo ra sự liên kết axit amin giữa hai đầu vào DNA đột biến-FASTA
các tập tin. Hai tệp đầu ra được tạo. Danh sách tệp đầu ra .cluster
các cụm đối sánh giữa mỗi trình tự. Tệp .delta liệt kê
khoảng cách giữa các lần chèn và xóa tạo ra điểm tối đa
sự liên kết giữa mỗi trình tự. DNA đầu vào được dịch mã thành cả 6
đọc khung để tạo đầu ra, nhưng tọa độ đầu ra
tham chiếu đầu vào DNA ban đầu.

BẮT BUỘC:
Tham chiếu Đặt tệp DNA đa FASTA tham chiếu đầu vào
Truy vấn Đặt truy vấn đầu vào tệp DNA đa FASTA

--mum Sử dụng các đối sánh liên kết duy nhất trong cả tham chiếu
và truy vấn
--mumcand Giống như --mumreference
--mumreference Sử dụng các đối sánh liên kết duy nhất trong tham chiếu
nhưng không nhất thiết phải là duy nhất trong truy vấn (hành vi mặc định)
--maxmatch Sử dụng tất cả các kết hợp neo bất kể tính độc nhất của chúng

-b | breaklen Đặt khoảng cách mà phần mở rộng căn chỉnh sẽ cố gắng thực hiện
mở rộng các vùng cho điểm kém trước khi bỏ cuộc, được đo bằng
axit amin (mặc định là 60)
-c | mincluster Đặt độ dài tối thiểu của một cụm đối sánh, được đo bằng
axit amin (mặc định là 20)
- [no] delta Chuyển đổi việc tạo tệp delta (mặc định --delta)
--depend In thông tin phụ thuộc và thoát
-d | Diagfactor Đặt hệ số phân tách sự khác biệt theo đường chéo phân nhóm
(mặc định .11)
- [không] mở rộng Chuyển đổi bước mở rộng cụm (mặc định --extend)
-g | maxgap Đặt khoảng cách lớn nhất giữa hai trận liền kề trong một
cụm, được đo bằng axit amin (mặc định là 30)
-l | minmatch Đặt độ dài tối thiểu của một kết hợp đơn lẻ, được đo bằng amino
axit (mặc định 6)
-m | masklen Đặt mặt nạ bookend tối đa thứ mười, được đo bằng amino
axit (mặc định 8)
-o
--coords Tự động tạo PROmer1.1 gốc ".coords"
xuất tệp bằng chương trình "show-coords"
- [không] tối ưu hóa Chuyển đổi tối ưu hóa điểm căn chỉnh, tức là nếu căn chỉnh
phần mở rộng đến cuối một trình tự, phần mở rộng sẽ chạy ngược lại
để tối ưu hóa điểm căn chỉnh thay vì chấm dứt
căn chỉnh ở cuối trình tự (mặc định - tối ưu hóa)

-p | prefix Đặt tiền tố của các tệp đầu ra (mặc định là "out")
ma trận -x | Đặt số ma trận căn chỉnh thành 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] hoặc 3 [BLOSUM 80] (mặc định 2)
trận đấu lặp lại Tìm tất cả các kết quả phù hợp chính xác tối đa trong
-E Sử dụng tìm kiếm toàn diện (chậm) để tìm các kết quả phù hợp
-f Chỉ sợi chuyển tiếp, không sử dụng phần bổ sung ngược
-n # Đặt độ dài đối sánh chính xác tối thiểu thành #
-t Chỉ lặp lại đầu ra song song
-V # Đặt mức in dài dòng (gỡ lỗi) thành #
căn chỉnh
-h Hiển thị thông tin trợ giúp
-q Sắp xếp căn chỉnh theo tọa độ bắt đầu truy vấn
-r Sắp xếp căn chỉnh theo tọa độ bắt đầu tham chiếu
-w int Đặt chiều rộng màn hình - mặc định là 60
-x int Đặt loại ma trận - mặc định là 2 (BLOSUM 62),
các tùy chọn khác bao gồm 1 (BLOSUM 45) và 3 (BLOSUM 80)
lưu ý: chỉ có ảnh hưởng đến sự liên kết axit amin
show-cocords
-b Hợp nhất các căn chỉnh chồng chéo bất kể dir đối sánh
hoặc khung và không hiển thị bất kỳ thông tin nào.
-B chuyển đầu ra sang định dạng btab
-c Bao gồm thông tin về phạm vi phần trăm trong đầu ra
-d Hiển thị hướng căn chỉnh trong phần bổ sung
Cột FRM (mặc định cho quảng cáo)
-g Tùy chọn không được chấp nhận. Vui lòng sử dụng 'delta-filter' thay thế
-h Hiển thị thông tin trợ giúp
-H không in tiêu đề đầu ra
I float Đặt danh tính phần trăm tối thiểu để hiển thị
-k Knockout (không hiển thị) các căn chỉnh chồng lên nhau
căn chỉnh khác trong một khung hình khác hơn 50%
về độ dài của chúng, VÀ có phần trăm tương tự nhỏ hơn
hoặc nhỏ hơn 75% kích thước của căn chỉnh khác
(chỉ quảng cáo)
-l Bao gồm thông tin độ dài trình tự trong đầu ra
-L dài Đặt độ dài căn chỉnh tối thiểu để hiển thị
-o Chú thích các căn chỉnh tối đa giữa hai chuỗi, tức là
chồng chéo giữa tham chiếu và chuỗi truy vấn
-q Sắp xếp các dòng đầu ra theo ID truy vấn và tọa độ
-r Sắp xếp các dòng đầu ra theo ID và tọa độ tham chiếu
-T chuyển đầu ra sang định dạng được phân cách bằng tab

Đầu vào là đầu ra .delta của chương trình "nucmer" hoặc "promer" được chuyển vào
dòng lệnh.

Đầu ra là stdout và bao gồm danh sách các tọa độ, phần trăm nhận dạng và các
thông tin hữu ích về dữ liệu căn chỉnh có trong tệp .delta được sử dụng làm
đầu vào.

LƯU Ý: Không có phân loại nào được thực hiện theo mặc định, do đó, các căn chỉnh sẽ được sắp xếp như được tìm thấy
bên trong đầu vào.
show-snps
-Không báo cáo SNP từ các căn chỉnh không rõ ràng
ánh xạ, tức là chỉ báo cáo SNP trong đó [R] và [Q]
các cột bằng 0 và không xuất các cột này
-h Hiển thị thông tin trợ giúp
-H không in tiêu đề đầu ra
-Tôi không báo cáo indels
-l Bao gồm thông tin độ dài trình tự trong đầu ra
-q Sắp xếp các dòng đầu ra theo ID truy vấn và vị trí SNP
-r Sắp xếp các dòng đầu ra theo ID tham chiếu và vị trí SNP
-S chỉ định những căn chỉnh nào để báo cáo bằng cách vượt qua
dòng 'show-coords' để stdin
-T Chuyển sang định dạng phân cách bằng tab
-x int Bao gồm x ký tự của ngữ cảnh SNP xung quanh trong
đầu ra, mặc định 0

Đầu vào là đầu ra .delta của chương trình nucmer hoặc promer được truyền vào lệnh
hàng.

Đầu ra là stdout và bao gồm danh sách các SNP (hoặc axit amin thay thế cho
quảng cáo) với các vị trí và thông tin hữu ích khác. Đầu ra sẽ được sắp xếp với -r theo mặc định
và cột [BUFF] sẽ luôn tham chiếu đến dãy có các vị trí đã được sắp xếp.
Giá trị này chỉ định khoảng cách từ SNP này đến điểm không khớp gần nhất (kết thúc căn chỉnh,
indel, SNP, v.v.) trong cùng một căn chỉnh, trong khi cột [DIST] chỉ định khoảng cách
từ SNP này đến cuối trình tự gần nhất. SNP cho cột [R] và [Q]
lớn hơn 0 nên được đánh giá một cách thận trọng, vì các cột này chỉ định số lượng
các căn chỉnh khác chồng lên vị trí này. Sử dụng -C để đảm bảo SNP chỉ được báo cáo từ
vùng căn chỉnh duy nhất.

trình chiếu
-a Mô tả đường dẫn lát gạch bằng cách in dấu phân cách bằng tab
căn chỉnh tọa độ vùng thành stdout
-c Giả sử các trình tự tham chiếu là vòng tròn và cho phép
đường viền lát gạch để kéo dài nguồn gốc
-g int Đặt khoảng cách tối đa giữa các căn chỉnh theo nhóm [-1, INT_MAX]
Giá trị -1 sẽ đại diện cho vô hạn
(nucmer mặc định = 1000)
(mặc định của quảng cáo = -1)
-i float Đặt nhận dạng phần trăm tối thiểu thành ô [0.0, 100.0]
(nucmer mặc định = 90.0)
(mặc định của quảng cáo = 55.0)
-l int Đặt đường bao độ dài tối thiểu để báo cáo [-1, INT_MAX]
Giá trị -1 sẽ đại diện cho vô hạn
(mặc định chung = 1)
-p tệp Xuất một phân tử giả của truy vấn liên kết thành 'tệp'
-R Đối phó với các đường nét lặp đi lặp lại bằng cách đặt chúng ngẫu nhiên
ở một trong các vị trí sao chép của chúng (ngụ ý -V 0)
-t tệp Xuất danh sách đường viền kiểu TIGR của mỗi chuỗi truy vấn
đủ khớp với tham chiếu (không phải vòng tròn)
-u tệp Xuất ra tọa độ vùng căn chỉnh được phân tách bằng tab
trong số các đường nét không sử dụng được vào 'tệp'
-v float Đặt độ phủ đường viền tối thiểu thành ô [0.0, 100.0]
(nucmer default = 95.0) tổng các căn chỉnh riêng lẻ
(promer default = 50.0) phạm vi vùng tổng hợp
-V float Đặt chênh lệch độ phủ tối thiểu của contig [0.0, 100.0]
tức là sự khác biệt cần thiết để xác định một sự liên kết
là 'tốt hơn' so với một căn chỉnh khác
(nucmer default = 10.0) tổng các căn chỉnh riêng lẻ
(promer default = 30.0) phạm vi vùng tổng hợp
-x Mô tả đường dẫn lát gạch bằng cách in đường dẫn XML
liên kết thông tin với stdout

Đầu vào là đầu ra .delta của chương trình nucmer, chạy trên dữ liệu trình tự rất giống nhau, hoặc
đầu ra .delta của chương trình promer, chạy trên dữ liệu tuần tự khác nhau.

Đầu ra là stdout và bao gồm vị trí dự đoán của mỗi truy vấn căn chỉnh
contig như được ánh xạ tới các chuỗi tham chiếu. Các tọa độ này tham chiếu đến phạm vi của
toàn bộ khung truy vấn, ngay cả khi chỉ một phần trăm nhất định của khung thực sự là
căn chỉnh (trừ khi tùy chọn -a được sử dụng). Các cột là, bắt đầu bằng ref, kết thúc bằng ref, khoảng cách tới
đường viền tiếp theo, chiều dài của đường viền này, phạm vi căn chỉnh, danh tính, hướng và ID
tương ứng.

Sử dụng các khoảng trống trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net