genome-music-bmr-calc-wig-covgp - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

genome music bmr calc-wig-covg - Đếm các cơ sở được che phủ trên mỗi gen cho mỗi bản nhạc lắc lư nhất định
định dạng tập tin.

PHIÊN BẢN

Tài liệu này mô tả genome music bmr calc-wig-covg phiên bản 0.04 (2016-01-01 lúc
23:10:18)

SYNOPSIS

genome music bmr calc-wig-covg --roi-file =? --reference-sequence =? --wig-list =?
--output-dir =?

Cách sử dụng chung:

... âm nhạc bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir / wig_list \
--output-dir output_dir / \
--reference-sequence input_dir / all_sequences.fa \
--roi-file input_dir / all_coding_exons.tsv

YÊU CẦU TRANH LUẬN

tập tin roi bản văn
Danh sách ROI được phân tách bằng tab [chr start stop gene_name] (Xem phần mô tả)

tham chiếu-trình tự bản văn
Đường dẫn đến chuỗi tham chiếu ở định dạng FASTA

danh sách tóc giả bản văn
Danh sách tệp WIG được phân tách bằng tab [tên_mẫu_tệp wig_tệp] (Xem phần mô tả)

đầu ra-dir bản văn
Thư mục nơi các tệp đầu ra và thư mục con sẽ được ghi

MÔ TẢ

Tập lệnh này đếm các cơ sở có đủ mức độ bao phủ trong ROI của mỗi gen từ
lung lay các tệp định dạng theo dõi và phân loại chúng thành - số lượng AT, CG (không phải CpG) và CpG.
Nó cũng cộng các số lượng cơ sở này trên tất cả ROI của mỗi gen cho mỗi mẫu, nhưng
các cơ sở được bảo hiểm nằm trong ROI chồng chéo không được tính nhiều hơn một lần đối với
tổng số này.

TRANH LUẬN

--roi-file
Các vùng quan tâm (ROI) của mỗi gen thường là các vùng được nhắm mục tiêu
giải trình tự hoặc được hợp nhất các locus exon (từ nhiều bản sao chép) của các gen có 2-bp
hai bên sườn (mối nối ghép). Đối với số lượng cơ sở trên mỗi gen, một cơ sở chồng chéo sẽ là
được tính mỗi khi nó xuất hiện trong ROI của cùng một gen. Để tránh điều này, hãy đảm bảo
hợp nhất với nhau ROI trùng lặp của cùng một gen. BEDtools 'mergeBed có thể giúp ích nếu được sử dụng
mỗi gen.
- chuỗi tham khảo
Trình tự tham chiếu ở định dạng FASTA. Nếu không tìm thấy chỉ mục trình tự tham chiếu
bên cạnh tệp này (tệp .fai), nó sẽ được tạo.
--danh sách tóc giả
Cung cấp một tệp chứa các tên mẫu và các vị trí tệp định dạng theo dõi lung lay cho
mỗi. Sử dụng định dạng được phân tách bằng tab [tên_mẫu_tệp] trên mỗi dòng. Cột bổ sung
như dữ liệu lâm sàng được cho phép, nhưng bị bỏ qua. Tên_mẫu phải giống với
tên mẫu khối u được sử dụng trong tệp MAF (cột thứ 16, với tiêu đề
Khối u_Mẫu_Mã vạch).
--output-dir
Chỉ định một thư mục đầu ra sẽ được tạo / ghi: roi_covgs:
Thư mục con chứa số lượng cơ sở được bao phủ trên mỗi ROI cho mỗi mẫu. gene_covgs:
Thư mục con chứa số lượng cơ sở được bao phủ trên mỗi gen cho mỗi mẫu. total_covgs:
Tệp chứa các giá trị trung bình tổng thể không chồng chéo cho mỗi mẫu.

Sử dụng genome-music-bmr-calc-wig-covgp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net