geom - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

geom - phân tích đầu vào hình học phân tử theo tọa độ Descartes.

MÔ TẢ

Chương trình địa chất đọc một tập hợp tọa độ Descartes và xác định từ chúng mối liên kết
khoảng cách (Bohr và angstrom), góc liên kết, góc xoắn, góc ngoài mặt phẳng
(tùy chọn), mômen quán tính và hằng số quay.

CÁC TẬP TIN YÊU CẦU

input.dat - Tập tin đầu vào
và một trong những điều sau:
geom.dat - tập tin hình học
file11.dat - Tệp hình học/độ dốc định dạng PSI

CÁC TẬP TIN ĐÃ TẠO

geom.out - tệp chứa phân tích

ĐẦU VÀO LỰA CHỌN

Sản phẩm địa chất chương trình có các lựa chọn sau:

-h In thông tin trợ giúp (các tùy chọn này).

-át [tên tập tin]
Đọc đầu vào ở định dạng đầu ra ACES, với mỗi dòng bao gồm các ký tự nguyên tử
ký hiệu, số nguyên tử và tọa độ Descartes (bằng Bohr). Đối số tùy chọn
là tên của tệp đầu vào hình học, mặc định là geom.dat.

-qchem [tên tập tin]
Đọc đầu vào ở định dạng đầu ra QCHEM, với mỗi dòng bao gồm nguyên tử
số, ký hiệu nguyên tử và tọa độ Descartes (trong Angstroms). tùy chọn
đối số là tên của tệp đầu vào hình học, mặc định là geom.dat.

-xyz [tên tập tin]
Đọc đầu vào ở định dạng đầu ra XYZ. Dòng đầu tiên chứa số
Atom và dòng thứ hai là dòng nhận xét. Mỗi dòng tiếp theo chứa
ký hiệu nguyên tử và tọa độ Cartesian XY và Z (trong Angstroms). tùy chọn
đối số là tên của tệp đầu vào hình học, mặc định là geom.dat.

-ôi In các góc ngoài mặt phẳng, trong đó góc abcd được xác định là góc tạo thành
bởi quảng cáo vectơ và mặt phẳng được xác định bởi các nguyên tử b, c và d.

DO_OOP = boolean
Tương tự như chuyển đổi dòng lệnh -oop được mô tả ở trên.

đồng vị = ma trận of số thực/chuỗi
Dùng để xác định khối lượng được sử dụng trong tính toán khối tâm và
hằng số quay. Một mảng được cung cấp cho mỗi đồng vị được tính toán.
Các mảng có thể trộn các số dấu phẩy động với các chuỗi chỉ định đồng vị.
Nếu mảng này không được đưa ra và có file11.dat thì khối lượng sẽ là
thu được bằng cách chuyển đổi số nguyên tử trong file11. Nếu khối lượng không được cho bởi
ISOTOPES hoặc theo file11 thì sẽ không tính được đại lượng nào liên quan đến khối lượng.

-g [tên tập tin]
Đọc tọa độ Descartes từ một tệp không phải file11.dat. Nếu tên tập tin không
nhất định, mặc định là geom.dat. Tệp thay thế được coi là có định dạng
tương tự như geom.dat của PSI. Vì những tập tin như vậy không chứa số nguyên tử,
mômen quán tính và hằng số quay không được tính nếu tùy chọn này
Được sử dụng.

READ_GEOM = boolean
Tùy chọn này trong input.dat cho biết địa chất để đọc hình học từ geom.dat trong PSI
định dạng geom.dat.

-a In thông số cho tất cả khoảng cách cặp.

PRINT_ALL_DIST = boolean
Tương tự như cờ -a được mô tả ở trên.

-d khoảng cách
Chỉ in các tham số liên quan đến các cặp nguyên tử nhỏ hơn khoảng cách Bohr
ngoài (giá trị mặc định là 4.0 bohr).

PRINT_DISTANCE = giá trị
Tương tự như cờ -d được mô tả ở trên.

-angstrom
Tọa độ đầu vào được tính bằng angstrom, không phải bohr.

ANGSTROM = boolean
If TRUE, tọa độ đầu vào ở dạng angstrom thay vì bohr. Mặc định là
KHÔNG ĐÚNG.

Ví dụ sau đây dùng để tính toán thông tin hình học của nước với
một số đồng vị khác nhau. Hình học được đọc từ geom.dat chứ không phải từ
tập tin11.dat.

địa chất: (
read_geom = đúng
đồng vị = (
(OHH)
(SỐ LẺ)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 tháng 1998 địa chất(1)

Sử dụng geom trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net