gff2ps - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gff2ps - Tạo đầu ra đồ họa PostScript từ các tệp GFF.

SYNOPSIS

gff2ps [tùy chọn] - gff_files

MÔ TẢ

Chương trình này vẽ các DotPlots đầy màu sắc từ các tệp có trường dữ liệu được định dạng gff. Các
chương trình lấy làm đầu vào các tính năng được chú thích trên trình tự bộ gen ở định dạng GFF, và
tạo ra một đầu ra trực quan trong PostScript.

LỰA CHỌN

-h Hiển thị tóm tắt các tùy chọn.

-H
Chỉ hiển thị trợ giúp cho tùy chọn đặc biệt.

-V Chế độ chi tiết, một báo cáo đầy đủ được gửi đến lỗi tiêu chuẩn (mặc định chỉ gửi
Cảnh báo).

-v Chế độ im lặng: Tắt tất cả các cảnh báo, không có thông báo nào được gửi đến lỗi tiêu chuẩn.

-d Viết (hoặc viết lại nếu tồn tại) tệp tùy chỉnh mặc định.

-D
Tạo một tệp tùy chỉnh mặc định mới với tên tệp đã cho.

-C
Tải tệp tùy chỉnh đã cho và nối vào tệp tùy chỉnh mặc định (.gff2psrc).

-s
Hữu ích để sửa đổi kích thước trang (mặc định là a4).

-p Chuyển hướng trang thành Dọc (mặc định là Ngang).

-G
Đặt màu cho FOREGROUND (mặc định là màu đen).

-g
Đặt màu cho BACKGROUND (mặc định là màu trắng).

-P <#> Đặt số lượng trang cần thiết để phân chia đầu ra của bạn (mặc định là một trang).

-S <#> Phóng to nucleotide đầu tiên (mặc định là nguồn gốc trình tự).

-E <#> Phóng to nucleotide cuối cùng (mặc định là độ dài trình tự).

-B <#> Đặt khối trên mỗi trang (mặc định là một).

-N <#> Đặt nucleotide trên mỗi dòng (mặc định là vị trí trình tự lớn nhất từ ​​gff- đầu vào
các tập tin).

-b Các khối từ trái sang phải và từ trên xuống dưới (mặc định là trên xuống dưới trước).

-L Tắt Header (Vùng tiêu đề).

-T
Xác định tiêu đề (mặc định là tên tệp gff đầu vào).

-t
Xác định phụ đề (mặc định là không có).

-l Không hiển thị đánh số trang.

-O Không hiển thị ngày.

-o Không hiển thị thời gian.

-M <#> Số lượng đánh dấu chính trên mỗi dòng (mặc định là 10).

-K <#> Thang đánh dấu chính trong nucleotide, mặc định là chiều dài nucleotide cho các dòng
chia cho số đánh dấu chính (xem tùy chọn -T).

-m <#> Số lượng đánh dấu nhỏ giữa các đánh dấu chính (mặc định là 10).

-k <#> Thang dấu tick nhỏ trong mặc định nucleotide là kích thước dấu tick chính chia cho
số đánh dấu nhỏ (xem tùy chọn -t).

-w, -f Tắt hiển thị các phần tử sợi chuyển tiếp (Watson).

-NS, -r Tắt hiển thị các phần tử sợi ngược (Crick).

-i Tắt hiển thị các phần tử không phụ thuộc vào sợi.

-0
Đặt màu cho khung "0" (mặc định là màu xanh lam).

-1 Đặt màu cho khung "1" (mặc định là màu đỏ).

-2 Đặt màu cho khung "2" (mặc định là màu xanh lá cây).

-3 Đặt màu cho khung "." (mặc định là màu cam).

-n Tắt nhãn cho các vị trí phần tử.

-a Tắt dòng CopyRight trên âm mưu.

MÔI TRƯỜNG BIẾN

Có ba biến môi trường mà người dùng có thể đặt cho các dự đoán trước của họ:

+ Bạn có thể chỉ định đường dẫn mà GFF2PS có thể tìm thấy các tệp mặc định bằng shell
biến "GFF2PS_CFDIR". Giá trị mặc định là đường dẫn mà bạn đang chạy GFF2PS.
+ Bạn cũng có thể xác định tên tệp tùy chỉnh mặc định mà bạn muốn với biến
"GFF2PS_CUSTOMFILE", tên tệp mặc định của chương trình cho tệp tùy chỉnh là ".gff2psrc".
+ GFF2PS cần ghi một vài tệp tạm thời trong một thư mục có quyền hiện tại
người dùng để đọc và viết. Đường dẫn thư mục tạm thời mặc định được đặt thành "/ tmp /"nhưng bạn có thể
chỉ định một đường dẫn thư mục tạm thời khác bằng cách sử dụng biến "GFF2PS_TMP".

Đặt các vars đó trong Bourne-shell (bash):
xuất GFF2PS_CFDIR = "đường dẫn"
export GFF2PS_CUSTOMFILE = "file_name"
xuất GFF2PS_TMP = "đường dẫn"

Sử dụng C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "đường dẫn"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "file_name"
setenv GFF2PS_TMP "đường dẫn"

GÓP Ý

* Màu sắc được xác định là:
Màu sắc cơ bản: đen trắng
Màu sắc có thể thay đổi: xám đỏ tươi tím xanh da trời xanh lam lam biển xanh lục vôi xanh vàng
cam đỏ nâu
Bạn có thể nhận được năm sắc thái màu từ các Màu có thể thay đổi với "rấtdark", "tối", "sáng" và
tiền tố "rất nhẹ". Một ví dụ: màu xanh lá cây rất xanh đậm màu xanh lá cây biển màu xanh lá cây sáng màu xanh lá cây
rất nổi bật

* Kích thước trang được xác định là:
Từ A0 đến A10, từ B0 đến B10, 10x14, điều hành, foo, sổ cái, pháp lý, thư, quarto,
tuyên bố và báo lá cải.

Sử dụng gff2ps trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net