Đây là lệnh glam2 có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
glam2 - Căn chỉnh cục bộ của các mô típ
SYNOPSIS
glam2 [lựa chọn] bảng chữ cái my_seqs.fa
Một bảng chữ cái khác với p or n được hiểu là tên của một tệp bảng chữ cái.
MÔ TẢ
GLAM2 là một gói phần mềm để tìm các mô típ theo trình tự, thường là axit amin hoặc
trình tự nucleotit. Mô típ là một mô hình trình tự lặp lại: các ví dụ điển hình là
Hộp TATA và mô típ tiền mã hóa CAAX. Sự đổi mới chính của GLAM2 là nó cho phép
chèn và xóa trong các họa tiết.
LỰA CHỌN (VỠ NỢ CÀI ĐẶT)
-h
Hiển thị tất cả các tùy chọn và cài đặt mặc định của chúng.
-o
Tệp đầu ra (tiêu chuẩn).
-r
Số lần chạy căn chỉnh (10).
-n
Kết thúc mỗi lần chạy sau nhiều lần lặp lại này mà không cải thiện (10000).
-2
Kiểm tra cả hai sợi - phần bổ sung thuận và nghịch.
-z
Số lượng trình tự tối thiểu trong căn chỉnh (2).
-a
Số cột căn chỉnh tối thiểu (2).
-b
Số lượng cột được căn chỉnh tối đa (50).
-w
Số cột được căn chỉnh ban đầu (20).
-d
Tệp hỗn hợp Dirichlet.
-D
Số giả xóa (0.1).
-E
Số giả không xóa (2.0).
-I
Số giả chèn (0.02).
-J
Số giả không chèn (1.0).
-q
Trọng lượng cho lượng dư thừa chung so với lượng dư cụ thể theo bộ trình tự (1e + 99).
-t
Nhiệt độ ban đầu (1.2).
-c
Hệ số làm mát trên n lần lặp (1.44).
-u
Nhiệt độ giới hạn thấp hơn (0.1).
-p
In thông tin tiến độ ở mỗi lần lặp lại.
-m
Di chuyển lấy mẫu cột cho mỗi di chuyển lấy mẫu trang web (1.0).
-x
Thuật toán lấy mẫu trang web: 0= NHANH 1= CHẬM 2= FFT (0).
-s
Hạt giống cho các số giả ngẫu nhiên (1).
Sử dụng glam2 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
