gmap - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmap - Chương trình liên kết và lập bản đồ gen

SYNOPSIS

bản đồ [LỰA CHỌN...] < NHANH CHÓNG các tập tinhữu ích. Cảm ơn !>, or con mèo | gmap [TÙY CHỌN ...]

LỰA CHỌN

Đầu vào lựa chọn (cần phải bao gồm -d or -g)
-D, --dir=thư mục
Thư mục bộ gen. Mặc định (như được chỉ định bởi --với-gmapdb vào chương trình cấu hình)
is / var / cache / gmap

-d, --db=STRING
Cơ sở dữ liệu hệ gen. Nếu đối số là '?' (với dấu ngoặc kép), lệnh này liệt kê
cơ sở dữ liệu có sẵn.

-k, --kmer=INT
kích thước kmer để sử dụng trong cơ sở dữ liệu bộ gen (giá trị cho phép: 16 trở xuống). Nếu không
được chỉ định, chương trình sẽ tìm kích thước kmer có sẵn cao nhất trong bộ gen
cơ sở dữ liệu

--lấy mẫu=INT
Lấy mẫu để sử dụng trong cơ sở dữ liệu hệ gen. Nếu không được chỉ định, chương trình sẽ tìm
giá trị lấy mẫu nhỏ nhất có sẵn trong cơ sở dữ liệu bộ gen trong kích thước k-mer đã chọn

-G, --đầy đủ gen
Sử dụng bộ gen đầy đủ (cho phép tất cả các ký tự ASCII; được xây dựng rõ ràng trong quá trình thiết lập), không
phiên bản nén

-g, --gseg=tên tập tin
Phân đoạn bộ gen do người dùng cung cấp

-1, --tự sắp xếp
Căn chỉnh một chuỗi so với chính nó ở định dạng FASTA qua stdin (Hữu ích cho việc lấy
sự dịch mã protein của một trình tự nucleotide)

-2, --cặp căn chỉnh
Căn chỉnh hai trình tự ở định dạng FASTA thông qua stdin, trình tự đầu tiên là bộ gen và trình tự thứ hai
một là cDNA

--cmdline=STRING,DÂY
Căn chỉnh hai trình tự này được cung cấp trên dòng lệnh, trình tự đầu tiên là trình tự gen và
cái thứ hai là cDNA

-q, --phần=INT/NS
Chỉ xử lý thứ i trong số n chuỗi, ví dụ: 0/100 hoặc 99/100 (hữu ích cho
phân phối việc làm cho một trang trại máy tính).

--kích thước bộ đệm đầu vào=INT
Kích thước của bộ đệm đầu vào (chương trình đọc nhiều chuỗi này cùng một lúc để đạt hiệu quả)
(mặc định 1000)

Các tùy chọn tính toán

-B, --lô hàng=INT
Chế độ hàng loạt (mặc định = 2)

Chế độ Offsets Vị trí Genome
0 xem ghi chú mmap mmap
1 xem ghi chú mmap & tải trước mmap
(mặc định) 2 xem ghi chú mmap & tải trước mmap & tải trước
3 xem ghi chú phân bổ mmap & tải trước
4 xem ghi chú phân bổ phân bổ
5 mở rộng phân bổ phân bổ

Lưu ý: Đối với một chuỗi đơn, tất cả cấu trúc dữ liệu đều sử dụng mmap
Nếu mmap không có sẵn và phân bổ không được chọn, thì sẽ sử dụng fileio (rất chậm)

Lưu ý về --lô hàng và hiệu số: Việc mở rộng hiệu số có thể được kiểm soát
độc lập bởi --expand-offsetets lá cờ. Các --lô hàng=5 tùy chọn tương đương với
--lô hàng=4 thêm --expand-offsetets=1

--expand-offsetets=INT
Có mở rộng chỉ số hiệu số bộ gen Các giá trị: 0 (không, mặc định) hay 1 (có).
Mở rộng cho phép căn chỉnh nhanh hơn, nhưng yêu cầu nhiều bộ nhớ hơn

--nếm thử
Tắt nối (hữu ích để sắp xếp các trình tự gen vào một bộ gen)

--min-intronlength=INT
Độ dài tối thiểu cho một intron bên trong (mặc định là 9). Dưới kích thước này, một khoảng cách bộ gen
sẽ được coi là một sự xóa chứ không phải là một intron.

-K, --intronlength=INT
Độ dài tối đa cho một intron bên trong (mặc định 200000)

-w, - nhà nghiên cứu ngôn ngữ học=INT
Chiều dài tối đa cho các vị trí mối nối đã biết ở cuối trình tự (mặc định 2000000)

-L, --Tổng chiều dài=INT
Tổng chiều dài intron tối đa (mặc định 2400000)

-x, --chimera-lề=INT
Số lượng trình tự không được đánh dấu kích hoạt tìm kiếm trình tự còn lại
(mặc định 30). Cho phép căn chỉnh các lần đọc số và có thể hữu ích với một số
đọc không phải chữ số. Để tắt, hãy đặt thành không.

--không có chimera
Tắt tính năng tìm kiếm chimeras. Hiệu ứng tương tự như --chimera-lề=0

-t, --nthreads=INT
Số luồng công nhân

-c, --chrsubset=chuỗi
Giới hạn tìm kiếm đối với nhiễm sắc thể đã cho

-z, --phương hướng=STRING
hướng cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter hoặc
tự động (mặc định))

-H, --trimendexon=INT
Cắt bỏ các exon cuối với số lượng khớp ít hơn đã cho (ở nt, mặc định là 9)

--chế độ chuẩn=INT
Phần thưởng cho phần giới thiệu chính tắc và bán chuẩn 0 = phần thưởng thấp, 1 = phần thưởng cao
(mặc định), 2 = phần thưởng thấp cho chuỗi nhận dạng cao và phần thưởng cao nếu không

- giữa các loài
Sử dụng một tìm kiếm nhạy cảm hơn để nối chuẩn, đặc biệt giúp ích cho
sự liên kết giữa các loài và các trường hợp khó khăn khác

--allow-đóng-indels=INT
Cho phép chèn và xóa gần nhau (0 = không, 1 = có (mặc định), 2 = chỉ
cho các căn chỉnh chất lượng cao)

--microexon-spliceprob=PHAO NỔI
Chỉ cho phép microexons nếu một trong các xác suất của vị trí mối nối lớn hơn giá trị này
giá trị (mặc định 0.95)

--cmetdir=STRING
Thư mục cho các tệp chỉ mục methylcytosine (được tạo bằng cmetindex) (mặc định là
vị trí của các tệp chỉ mục bộ gen được chỉ định bằng cách sử dụng -D, -Vvà -d)

--atoidir=STRING
Thư mục cho các tệp chỉ mục chỉnh sửa RNA A-to-I (được tạo bằng atoiindex) (mặc định là
vị trí của các tệp chỉ mục bộ gen được chỉ định bằng cách sử dụng -D, -Vvà -d)

--chế độ=STRING
Chế độ căn chỉnh: tiêu chuẩn (mặc định), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, hoặc ttoc-nonstranded. Các chế độ không chuẩn yêu cầu
trước đó bạn đã chạy chương trình cmetindex hoặc atoiindex (cũng bao gồm
các chế độ ttoc) trên bộ gen

-p, --prunelevel
Mức độ cắt tỉa: 0 = không cắt tỉa (mặc định), 1 = mức thấp, 2 = mức lặp lại, 3 = kém và
lặp đi lặp lại

Các loại đầu ra

-S, --tóm lược
Chỉ hiển thị tóm tắt các căn chỉnh

-A, --căn chỉnh
Hiển thị các căn chỉnh

-3, --tiếp diễn
Hiển thị căn chỉnh trong ba dòng liên tục

-4, --continuity-by-exon
Hiển thị căn chỉnh trong ba dòng trên mỗi exon

-Z, - nén
In đầu ra ở định dạng nén

-E, --exon=STRING
In exon ("cdna" hoặc "genomic")

-P, --protein_dna
In chuỗi protein (cDNA)

-Q, --protein_gen
In trình tự protein (hệ gen)

-f, --định dạng=INT
Định dạng khác cho đầu ra (cũng lưu ý -A và -S các tùy chọn và các tùy chọn khác được liệt kê
dưới Loại đầu ra):
psl (hoặc 1) = định dạng PSL (BLAT),
gff3_gene (hoặc 2) = định dạng gen GFF3,
gff3_match_cdna (hoặc 3) = GFF3 định dạng cDNA_match,
gff3_match_est (hoặc 4) = GFF3 EST_match format,
splicesites (hoặc 6) = đầu ra splicesites (cho tệp nối GSNAP),
introns = đầu ra giới thiệu (đối với tệp nối GSNAP),
map_exons (hoặc 7) = IIT FASTA định dạng bản đồ exon,
map_ranges (hoặc 8) = Định dạng bản đồ phạm vi IIT FASTA,
coords (hoặc 9) = coords trong định dạng bảng,
sampe = định dạng SAM (thiết lập bit đã ghép nối trong cờ),
định dạng samse = SAM (không thiết lập bit đọc ghép nối)

Tùy chọn đầu ra

-n, --npath=INT
Số đường dẫn tối đa để hiển thị (mặc định là 5). Nếu được đặt thành 1, GMAP sẽ không báo cáo
căn chỉnh chimeric, vì chúng ngụ ý hai đường dẫn. Nếu bạn muốn một căn chỉnh duy nhất
cộng với căn chỉnh số, sau đó đặt giá trị này là 0.

- điểm tối ưu=INT
Chỉ báo cáo các đường dẫn có điểm nằm trong giá trị này của đường dẫn tốt nhất. Theo mặc định,
nếu tùy chọn này không được cung cấp,
chương trình in tất cả các đường dẫn được tìm thấy.

-O, - có trật tự
In đầu ra theo thứ tự như đầu vào (chỉ phù hợp nếu có nhiều hơn một nhân viên
chủ đề)

-5, --md5
In tổng kiểm tra MD5 cho mỗi chuỗi truy vấn

-o, --chimera-chồng chéo
Chồng chéo để hiển thị, nếu có, tại điểm ngắt chimera

--chỉ thất bại
Chỉ in những căn chỉnh không thành công, những căn chỉnh không có kết quả

--không thành công
Loại trừ việc in các căn chỉnh không thành công

-V, --snpsdir=STRING
Thư mục cho các tệp chỉ mục SNPs (được tạo bằng snpindex) (mặc định là vị trí của
các tệp chỉ mục bộ gen được chỉ định bằng cách sử dụng -D và -d)

-v, --use-snps=STRING
Sử dụng cơ sở dữ liệu chứa SNP đã biết (trong .iit, được xây dựng trước đây bằng cách sử dụng
snpindex) để chịu đựng SNPs

--split-đầu ra=STRING
Tên cơ sở cho đầu ra nhiều tệp, riêng biệt cho ánh xạ,
uniq, mult, (và chimera, nếu --chimera-lề đã được chọn)

- đầu vào không thành công=STRING
In các căn chỉnh hoàn toàn không thành công khi nhập định dạng FASTA hoặc FASTQ cho định dạng đã cho
tập tin. Nếu --split-đầu ra cờ cũng được đưa ra, tệp này được tạo thêm
đến đầu ra trong tệp .nomapping.

--chắp thêm đầu ra
Thời Gian --split-đầu ra or - đầu vào không thành công được đưa ra, cờ này sẽ nối đầu ra vào
các tệp hiện có. Nếu không, mặc định là tạo tệp mới.

--output-buffer-size=INT
Kích thước bộ đệm, trong các truy vấn, cho luồng đầu ra (mặc định là 1000). Khi số lượng
kết quả được in vượt quá kích thước này, các luồng công nhân bị tạm dừng cho đến khi
tồn đọng được xóa

-F, - sức mạnh
Giả sử protein có chiều dài đầy đủ, bắt đầu bằng Met

-a, --cdsstart=INT
Dịch các codon từ nucleotide đã cho (dựa trên 1)

-T, --cắt ngắn
Cắt ngắn sự liên kết xung quanh protein có chiều dài đầy đủ, Hàm ý Đạt đến Ngừng -F cờ.

-Y, --chấp thuận
Dịch cDNA với các hiệu chỉnh cho dịch chuyển khung

Các tùy chọn cho đầu ra GFF3

--gff3-thêm-phân tách=INT
Có thêm dấu phân tách ### sau mỗi chuỗi truy vấn Giá trị: 0 (không), 1 (có,
mặc định)

Tùy chọn cho đầu ra SAM

--no-sam-tiêu đề
Không in tiêu đề bắt đầu bằng '@'

--sam-sử dụng-0M
Chèn 0M vào CIGAR giữa các lần chèn và xóa liền kề Theo yêu cầu của Picard,
nhưng có thể gây ra lỗi trong các công cụ khác

--force-xs-dir
Đối với sự sắp xếp RNA-Seq, không cho phép XS: A:? khi hướng cảm giác không rõ ràng, và
thay thế giá trị này tùy ý bằng XS: A: +. Có thể hữu ích cho một số chương trình, chẳng hạn như
như Cufflinks, không thể xử lý XS: A:?. Tuy nhiên, nếu bạn sử dụng cờ này,
giá trị được báo cáo của XS: A: + trong những trường hợp này sẽ không có ý nghĩa.

--md-chữ thường-snp
Trong chuỗi MD, khi SNP đã biết được cung cấp bởi -v cờ,
in các nucleotide khác nhau dưới dạng chữ thường khi chúng,
khác với tham chiếu nhưng khớp với alen thay thế đã biết

--action-if-xì gà-lỗi
Hành động cần thực hiện nếu có sự bất đồng giữa độ dài CIGAR và độ dài chuỗi
Các giá trị được phép: bỏ qua, cảnh báo (mặc định), hủy bỏ

--read-group-id=STRING
Giá trị để đưa vào trường id nhóm đọc (RG-ID)

--đọc-tên nhóm=STRING
Giá trị để đưa vào trường tên nhóm đọc (RG-SM)

--đọc-nhóm-thư viện=STRING
Giá trị để đưa vào trường thư viện nhóm đọc (RG-LB)

--read-group-nền tảng=STRING
Giá trị để đưa vào trường thư viện nhóm đọc (RG-PL)

Các tùy chọn cho điểm chất lượng

- giao thức chất lượng=STRING
Giao thức cho điểm chất lượng đầu vào. Giá trị được phép: Illumina (ASCII 64-126)
(tương đương với -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (tương đương với -J 33 -j 0)

Mặc định là sanger (không có dịch chuyển in chất lượng)
Tệp đầu ra SAM phải có điểm chất lượng trong giao thức sanger

Hoặc bạn có thể chỉ định dịch chuyển in bằng cờ này:

-j, --quality-in-shift=INT
Shift FASTQ điểm chất lượng bằng số lượng này trong đầu ra (mặc định là 0 cho sanger
giao thức; để thay đổi đầu vào Illumina thành đầu ra Sanger, hãy chọn -31)

Tùy chọn tệp bản đồ bên ngoài

-M, --mapdir=thư mục
Thư mục bản đồ

-m, --bản đồ=iitfile
Tệp bản đồ. Nếu đối số là '?' (với các dấu ngoặc kép),
này liệt kê các tệp bản đồ có sẵn.

-e, --mapexon
Ánh xạ từng exon riêng biệt

-b, --mapboth
Báo cáo số lần truy cập từ cả hai sợi của bộ gen

-u, --sườn=INT
Hiển thị các lần truy cập bên sườn (mặc định là 0)

- print-comment
Hiển thị dòng nhận xét cho mỗi lần truy cập

Tùy chọn đầu ra căn chỉnh

-N, - điểm mạnh
Không có độ dài intron trong căn chỉnh

-I, --chế độ đảo ngược=INT
Chế độ căn chỉnh thành sợi gen (-): 0 = Không đảo ngược cDNA (mặc định)
1 = Đảo cDNA và in chuỗi gen (-) 2 = Đảo cDNA và in genom (+)
sợi

-i, --introngap=INT
Nucleotide hiển thị trên mỗi đầu của intron (mặc định là 3)

-l, - sức mạnh=INT
Chiều dài quấn để căn chỉnh (mặc định 50)

Lọc các tùy chọn đầu ra

- độ che phủ tối thiểu=PHAO NỔI
Không in các căn chỉnh với độ che phủ bị cắt bớt giá trị này (mặc định = 0.0,
nghĩa là không lọc) Lưu ý rằng các căn chỉnh số sẽ được xuất ra bất kể điều này
lọc

--min-nhận dạng=PHAO NỔI
Không in các căn chỉnh với danh tính ít hơn giá trị này (mặc định = 0.0, có nghĩa là không
lọc) Lưu ý rằng các căn chỉnh số sẽ được xuất ra bất kể bộ lọc này
Tùy chọn trợ giúp

--đánh dấu
Kiểm tra các giả định của trình biên dịch

--phiên bản
Hiển thị phiên bản

--Cứu giúp Hiển thị thông báo trợ giúp này

Các công cụ khác của bộ GMAP nằm trong / usr / lib / gmap

Sử dụng gmap trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net