Đây là lệnh gmod_fasta2gff3.plp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
$ O - Chuyển FASTA sang GFF3 đơn giản
TỔNG HỢP
% $ O [tùy chọn]
DÒNG LỆNH LỰA CHỌN
--fasta_dir Thư mục chứa các tệp fasta
(mặc định: ./fasta)
--gfffilename Tên của tệp GFF3 sẽ được tạo
(mặc định: ./out.gff)
--type loại SO để gán cho từng tính năng
(mặc định: EST)
- nguồn Văn bản xuất hiện trong cột nguồn
(vỡ nợ: .)
--attributes Các cặp thẻ bổ sung = giá trị xuất hiện trong cột 9
--nosequence Chặn phần ## FASTA (tức là không
in chuỗi DNA)
MÔ TẢ
Tập lệnh này chỉ đơn giản lấy một bộ sưu tập các tệp fasta và chuyển đổi chúng thành GFF3 đơn giản
thích hợp để tải vào chado.
TÁC GIẢ
Scott Cain[email được bảo vệ]>
Bản quyền (c) 2006
Thư viện này là phần mềm miễn phí; bạn có thể phân phối lại nó và / hoặc sửa đổi nó theo cùng một
các điều khoản như chính Perl.
Sử dụng gmod_fasta2gff3.plp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
