gmx_d - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx - bộ mô phỏng động lực học phân tử

SYNOPSIS

gmx [- [không] giờ] [- [không] yên lặng] [- [không] phiên bản] [-[không có bản quyền] [-đẹp ]
[-[không sao lưu]

MÔ TẢ

GROMACS là một bộ chương trình đầy đủ tính năng để thực hiện các mô phỏng động lực học phân tử,
tức là, để mô phỏng hành vi của các hệ thống có hàng trăm đến hàng triệu hạt sử dụng
Phương trình chuyển động của Newton. Nó chủ yếu được sử dụng để nghiên cứu về protein, lipid và
polyme, nhưng có thể được áp dụng cho nhiều loại nghiên cứu hóa học và sinh học
câu hỏi.

LỰA CHỌN

Các lựa chọn khác:

- [không] giờ (không)
In trợ giúp và thoát

- [không] yên lặng (không)
Không in thông tin khởi động thông thường hoặc báo giá

- [không] phiên bản (không)
In thông tin phiên bản mở rộng và thoát

-[không có bản quyền (Đúng)
In thông tin bản quyền khi khởi động

-đẹp (19)
Đặt nicelevel (mặc định tùy thuộc vào lệnh)

-[không sao lưu (Đúng)
Viết các bản sao lưu nếu tồn tại các tệp đầu ra

GMX HÀNG

Các lệnh sau đây có sẵn. Vui lòng tham khảo các trang người đàn ông cá nhân của họ hoặc GMX
giúp đỡ để biết thêm chi tiết.

Quỹ đạo phân tích
gmx-gangle(1)
Tính toán các góc

gmx-khoảng cách(1)
Tính khoảng cách giữa các cặp vị trí

gmx-freevolume(1)
Tính khối lượng miễn phí

gmx-pairdist(1)
Tính toán khoảng cách theo cặp giữa các nhóm vị trí

gmx-rdf(1)
Tính toán hàm phân phối xuyên tâm

gmx-sasa(1)
Tính diện tích bề mặt có thể tiếp cận dung môi

gmx-chọn(1)
In thông tin chung về các lựa chọn

Tạo cấu trúc liên kết và tọa độ
gmx-editconf(1)
Chỉnh sửa hộp và viết các nhóm con

gmx-x2top(1)
Tạo cấu trúc liên kết nguyên thủy từ tọa độ

gmx-hòa tan(1)
Giải quyết một hệ thống

gmx-insert-phân tử(1)
Chèn các phân tử vào các vị trí tuyển dụng hiện có

gmx-genconf(1)
Nhân một cấu trúc theo các hướng 'ngẫu nhiên'

gmx-genion(1)
Tạo ra các ion đơn nguyên tử trên các vị trí thuận lợi về mặt năng lượng

gmx-genrestr(1)
Tạo giới hạn vị trí hoặc giới hạn khoảng cách cho các nhóm chỉ mục

gmx-pdb2gmx(1)
Chuyển đổi tệp tọa độ sang cấu trúc liên kết và tệp tọa độ tuân thủ FF

Chạy a mô phỏng
gmx-grompp(1)
Tạo một tệp đầu vào chạy

gmx-mdrun(1)
Thực hiện mô phỏng, thực hiện phân tích chế độ bình thường hoặc giảm thiểu năng lượng

gmx-chuyển đổi-tpr(1)
Tạo một tập tin run-input đã được sửa đổi

xem quỹ đạo
gmx-nmtraj(1)
Tạo quỹ đạo dao động ảo từ một máy đo điện tử

gmx-view(1)
Xem quỹ đạo trên thiết bị đầu cuối X-Windows

Chế biến năng lượng
gmx-enemat(1)
Trích xuất ma trận năng lượng từ tệp năng lượng

gmx-năng lượng(1)
Ghi năng lượng vào tệp xvg và hiển thị mức trung bình

gmx-mdrun(1)
(Re) tính toán năng lượng cho khung quỹ đạo với -rerun

Chuyển đổi các tập tin
gmx-editconf(1)
Chuyển đổi và thao tác với các tệp cấu trúc

gmx-eneconv(1)
Chuyển đổi tệp năng lượng

gmx-sigeps(1)
Chuyển đổi kết hợp c6 / 12 hoặc c6 / cn đến và từ sigma / epsilon

gmx-trjcat(1)
Nối các tệp quỹ đạo

gmx-trjconv(1)
Chuyển đổi và thao tác với các tệp quỹ đạo

gmx-xpm2ps(1)
Chuyển đổi ma trận XPM (XPixelMap) sang tái bút hoặc XPM

CÔNG CỤ
gmx-phân tích(1)
Phân tích tập dữ liệu

gmx-dyndom(1)
Nội suy và ngoại suy các phép quay cấu trúc

bộ lọc gmx(1)
Quỹ đạo bộ lọc tần số, hữu ích để tạo phim mượt mà

gmx-dối trá(1)
Ước tính năng lượng tự do từ các tổ hợp tuyến tính

gmx-morph(1)
Nội suy tuyến tính giữa các cấu trúc

gmx-pme_error(1)
Ước tính lỗi khi sử dụng PME với một tệp đầu vào nhất định

gmx-sham(1)
Tính toán năng lượng miễn phí hoặc các biểu đồ khác từ biểu đồ

gmx-không gian(1)
Tính hàm phân bố trong không gian

gmx-traj(1)
Vẽ đồ thị x, v, f, hộp, nhiệt độ và năng lượng quay từ quỹ đạo

gmx-tune_pme(1)
Time mdrun như một chức năng của xếp hạng PME để tối ưu hóa cài đặt

gmx-wham(1)
Thực hiện phân tích biểu đồ có trọng số sau khi lấy mẫu ô

gmx-kiểm tra(1)
Kiểm tra và so sánh các tệp

gmx-dump(1)
Giúp con người có thể đọc được các tệp nhị phân

gmx-make_ndx(1)
Tạo tệp chỉ mục

gmx-mk_angndx(1)
Tạo tệp chỉ mục cho 'góc gmx'

gmx-trjorder(1)
Thứ tự các phân tử theo khoảng cách của chúng đến một nhóm

gmx-xpm2ps(1)
Chuyển đổi ma trận XPM (XPixelMap) sang tái bút hoặc XPM

Khoảng cách giữa cấu trúc
cụm gmx(1)
Cấu trúc cụm

gmx-confirms(1)
Phù hợp với hai cấu trúc và tính toán RMSD

gmx-rms(1)
Tính toán RMSD với cấu trúc tham chiếu và ma trận RMSD

gmx-rmsf(1)
Tính dao động nguyên tử

Khoảng cách in cấu trúc kết thúc thời gian
gmx-nhà tư tưởng(1)
Tính khoảng cách nhỏ nhất giữa hai nhóm

gmx-mdmat(1)
Tính toán bản đồ liên hệ dư lượng

gmx-polystat(1)
Tính toán các đặc tính tĩnh của polyme

gmx-rmsdist(1)
Tính khoảng cách của cặp nguyên tử được tính trung bình với công suất -2, -3 hoặc -6

Thánh Lễ phân phối tài sản kết thúc thời gian
gmx-gyrate(1)
Tính bán kính của chuyển động

gmx-msd(1)
Các phép tính có nghĩa là chuyển vị vuông

gmx-polystat(1)
Tính toán các đặc tính tĩnh của polyme

gmx-rdf(1)
Tính toán hàm phân phối xuyên tâm

gmx-rotacf(1)
Tính hàm tương quan quay cho các phân tử

gmx-rotmat(1)
Vẽ đồ thị ma trận xoay để phù hợp với cấu trúc tham chiếu

gmx-san(1)
Tính toán quang phổ tán xạ neutron góc nhỏ

gmx-sax(1)
Tính toán phổ tán xạ tia X góc nhỏ

gmx-traj(1)
Vẽ đồ thị x, v, f, hộp, nhiệt độ và năng lượng quay từ quỹ đạo

gmx-vanhove(1)
Tính toán các hàm tương quan và dịch chuyển Van Hove

Phân tích ngoại quan tương tác
góc gmx(1)
Tính toán phân bố và tương quan cho góc và hình nhị diện

gmx-mk_angndx(1)
Tạo tệp chỉ mục cho 'góc gmx'

Kết cấu tài sản
gmx-anadock(1)
Cấu trúc cụm từ chạy Autodock

gmx-gói(1)
Phân tích các bó trục, ví dụ: xoắn ốc

gmx-clustsize(1)
Tính toán phân bố kích thước của các cụm nguyên tử

gmx-disre(1)
Phân tích các hạn chế về khoảng cách

gmx-hbond(1)
Tính toán và phân tích liên kết hydro

lệnh gmx(1)
Tính tham số thứ tự trên mỗi nguyên tử cho đuôi cacbon

gmx-hiệu trưởng(1)
Tính các trục quán tính chính của một nhóm nguyên tử

gmx-rdf(1)
Tính toán hàm phân phối xuyên tâm

gmx-saltbr(1)
Tính toán cầu muối

gmx-soorient(1)
Phân tích định hướng dung môi xung quanh chất tan

gmx-spol(1)
Phân tích định hướng lưỡng cực của dung môi và sự phân cực xung quanh chất tan

động tài sản
thanh gmx(1)
Tính toán ước tính chênh lệch năng lượng miễn phí thông qua tỷ lệ chấp nhận của Bennett

gmx-hiện tại(1)
Tính hằng số điện môi và hàm tự tương quan dòng điện

gmx-dos(1)
Phân tích mật độ của các trạng thái và thuộc tính dựa trên đó

gmx-thuốc nhuộm(1)
Trích xuất động lực học thuốc nhuộm từ quỹ đạo

gmx-hiệu trưởng(1)
Tính các trục quán tính chính của một nhóm nguyên tử

gmx-tcaf(1)
Tính độ nhớt của chất lỏng

gmx-traj(1)
Vẽ đồ thị x, v, f, hộp, nhiệt độ và năng lượng quay từ quỹ đạo

gmx-vanhove(1)
Tính toán các hàm tương quan và dịch chuyển Van Hove

gmx-velacc(1)
Tính toán các hàm tự tương quan vận tốc

Tĩnh điện tài sản
gmx-hiện tại(1)
Tính hằng số điện môi và hàm tự tương quan dòng điện

gmx-chất điện môi(1)
Tính hằng số điện môi phụ thuộc tần số

gmx-lưỡng cực(1)
Tính tổng số lưỡng cực cộng với dao động

gmx-tiềm năng(1)
Tính thế năng tĩnh điện trên hộp

gmx-spol(1)
Phân tích định hướng lưỡng cực của dung môi và sự phân cực xung quanh chất tan

gmx-genion(1)
Tạo ra các ion đơn nguyên tử trên các vị trí thuận lợi về mặt năng lượng

Protein cụ thể phân tích
gmx-do_dssp(1)
Chỉ định cấu trúc thứ cấp và tính toán diện tích bề mặt có thể tiếp cận dung môi

gmx-chi(1)
Tính toán mọi thứ bạn muốn biết về chi và các khối nhị diện khác

gmx-xoắn(1)
Tính toán các thuộc tính cơ bản của xoắn alpha

gmx-helixorient(1)
Tính toán cao độ cục bộ / uốn cong / quay / hướng bên trong xoắn ốc

gmx-rama(1)
Tính toán các âm mưu Ramachandran

bánh xe gmx(1)
Lô bánh xe xoắn ốc

Giao diện
gmx-gói(1)
Phân tích các bó trục, ví dụ: xoắn ốc

mật độ gmx(1)
Tính khối lượng riêng của hệ

bản đồ mật độ gmx(1)
Tính toán bản đồ mật độ phẳng 2D hoặc dọc trục - xuyên tâm

mật độ gmx(1)
Tính toán dao động bề mặt

gmx-h2order(1)
Tính toán định hướng của các phân tử nước

gmx-hydrorder(1)
Tính toán các thông số tứ diện xung quanh một nguyên tử nhất định

lệnh gmx(1)
Tính tham số thứ tự trên mỗi nguyên tử cho đuôi cacbon

gmx-tiềm năng(1)
Tính thế năng tĩnh điện trên hộp

Hiệp phương sai phân tích
gmx-anaeig(1)
Phân tích các eigenvectors

gmx-covar(1)
Tính toán và lập đường chéo của ma trận hiệp phương sai

gmx-make_edi(1)
Tạo các tệp đầu vào để lấy mẫu động lực học cần thiết

bình thường chế độ
gmx-anaeig(1)
Phân tích các chế độ bình thường

gmx-nmeig(1)
Đường chéo Hessian để phân tích chế độ bình thường

gmx-nmtraj(1)
Tạo quỹ đạo dao động ảo từ một máy đo điện tử

gmx-nmen(1)
Tạo một tập hợp các cấu trúc từ các chế độ bình thường

gmx-grompp(1)
Tạo một tệp đầu vào chạy

gmx-mdrun(1)
Tìm một thế năng tối thiểu và tính Hessian

BẢN QUYỀN

2015, nhóm phát triển GROMACS

Sử dụng gmx_d trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net