mật độ gmx - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-mật độ - Tính mật độ của hệ thống

SYNOPSIS

mật độ gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-dens ] [-ng ] [- [không] trung tâm]
[- [không] symm] [- [không] họ hàng]

MÔ TẢ

GMX mật độ tính toán mật độ từng phần trên hộp, sử dụng tệp chỉ mục.

Đối với tổng mật độ của mô phỏng NPT, hãy sử dụng GMX năng lượng thay thế.

Tùy chọn -trung tâm thực hiện binning biểu đồ liên quan đến tâm của một
nhóm, trong tọa độ hộp tuyệt đối. Nếu bạn đang tính toán các biên dạng dọc theo hộp trục Z
thứ nguyên bZ, đầu ra sẽ từ -bZ / 2 đến bZ / 2 nếu bạn căn giữa dựa trên toàn bộ hệ thống.
Lưu ý rằng hành vi này đã thay đổi trong GROMACS 5.0; các phiên bản trước đó chỉ thực hiện một
binning tĩnh trong (0, bZ) và chuyển đầu ra. Bây giờ chúng tôi tính toán trung tâm cho mỗi khung hình
và thùng trong (-bZ / 2, bZ / 2).

Tùy chọn -symm đối xứng đầu ra xung quanh tâm. Điều này sẽ tự động bật
-trung tâm quá. Lựa chọn -quan hệ thực hiện binning trong tương đối thay vì hộp tuyệt đối
tọa độ và chia tỷ lệ đầu ra cuối cùng với kích thước hộp trung bình dọc theo đầu ra
trục. Điều này có thể được sử dụng kết hợp với -trung tâm.

Mật độ tính bằng kg / m ^ 3, và mật độ số hoặc mật độ điện tử cũng có thể là
tính toán. Đối với mật độ electron, một tệp mô tả số lượng electron cho mỗi
loại nguyên tử nên được cung cấp bằng cách sử dụng -ei. Nó sẽ giống như sau:

2
atomname = nrelectron
atomname = nrelectron

Dòng đầu tiên chứa số dòng để đọc từ tệp. Nên có một
dòng cho mỗi tên nguyên tử duy nhất trong hệ thống của bạn. Số electron của mỗi nguyên tử là
biến đổi bởi điện tích riêng phần nguyên tử của nó.

NHỮNG CÂU HỎI QUAN TRỌNG ĐỐI VỚI NHÀ LỌC

Một trong những tình huống sử dụng phổ biến nhất là tính toán mật độ của các nhóm khác nhau
qua một lớp kép lipid, thường với trục z là hướng bình thường. Nói ngắn gọn
mô phỏng, hệ thống nhỏ và kích thước hộp cố định, điều này sẽ hoạt động tốt, nhưng đối với nhiều hơn
trường hợp chung lớp lipid kép có thể phức tạp. Vấn đề đầu tiên mà trong khi cả hai
prôtêin và lipit có khả năng nén thể tích thấp, lipit có diện tích khá cao
khả năng nén. Điều này có nghĩa là hình dạng của hộp (độ dày và diện tích / lipid) sẽ dao động
về cơ bản, ngay cả đối với một hệ thống hoàn toàn thoải mái. Vì GROMACS đặt hộp giữa
tọa độ gốc và tọa độ dương, đến lượt nó, điều này có nghĩa là một dấu hai lớp ở giữa trong hộp
sẽ di chuyển lên / xuống một chút do những biến động này và bôi xấu hồ sơ của bạn. Dễ nhất
cách để khắc phục điều này (nếu bạn muốn khớp nối áp lực) là sử dụng -trung tâm tùy chọn đó
tính toán biên dạng mật độ đối với tâm của hộp. Lưu ý rằng bạn có thể
vẫn ở giữa phần hai lớp ngay cả khi bạn có một hệ thống không đối xứng phức tạp với
hai lớp và, chẳng hạn, các protein màng - khi đó đầu ra của chúng ta sẽ đơn giản có nhiều giá trị hơn trên một
bên của tham chiếu gốc (giữa).

Ngay cả phép tính tập trung sẽ dẫn đến một số làm mờ các cấu hình đầu ra, như
bản thân lipid bị nén và nở ra. Trong hầu hết các trường hợp, bạn có thể muốn điều này (vì
nó tương ứng với các thí nghiệm vĩ mô), nhưng nếu bạn muốn xem xét chi tiết phân tử
bạn có thể dùng -quan hệ tùy chọn để cố gắng loại bỏ nhiều hơn nữa các tác động của âm lượng
biến động.

Cuối cùng, các thanh phôi lớn không chịu sức căng bề mặt sẽ thể hiện
dao động, nơi có 'sóng' hình thành trong hệ thống. Đây là một điều cơ bản
thuộc tính của hệ thống sinh học và nếu bạn đang so sánh với các thí nghiệm, bạn có thể
muốn bao gồm hiệu ứng bôi trơn nhấp nhô.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động

-ei [<.dat>] (electron.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (mật độ.xvg)
tệp xvgr / xmgr

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-d (z)
Lấy pháp tuyến trên màng theo hướng X, Y hoặc Z.

-sl (50)
Chia hộp theo số lát này.

-dens (khối lượng)
Mật độ: khối lượng, số, điện tích, electron

-ng (1)
Số lượng nhóm để tính mật độ.

- [không] trung tâm (không)
Thực hiện phân loại liên quan đến tâm của hộp (đang thay đổi). Hữu ích cho
bánh xe đôi.

- [không] symm (không)
Đối xứng mật độ dọc theo trục, đối với tâm. Hữu ích cho
bánh xe đôi.

- [không] họ hàng (không)
Sử dụng tọa độ tương đối để thay đổi hộp và chia tỷ lệ đầu ra theo kích thước trung bình.

Được biết đến CÁC VẤN ĐỀ

· Khi tính toán mật độ electron, tên nguyên tử được sử dụng thay vì loại. Điều này thật tệ.

Sử dụng trực tuyến mật độ gmx bằng các dịch vụ onworks.net