Đây là lệnh gmx-densorder có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-densorder - Tính toán dao động bề mặt
SYNOPSIS
mật độ gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [Hoặc [<.out> […]]] [-og [<.xpm> […]]]
[-Kính diện [<.out> […]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hiện nay] [- [không] 1ngày] [-ww ]
[-bwn ] [-đặt hàng ] [-trục ]
[-phương pháp ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-ncấp ]
MÔ TẢ
GMX sự dày đặc giảm phân bố mật độ hai pha dọc theo một trục, được tính trên MD
quỹ đạo, bề mặt 2D dao động theo thời gian, phù hợp với cấu hình chức năng cho
mật độ giao diện. Biểu diễn không gian trung bình theo thời gian của các giao diện có thể
đầu ra với tùy chọn -tavg.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.dat>] (Mật độ 4D.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung
Hoặc [<.out> […]] (xin chào. ra) (Tùy chọn)
Tệp đầu ra chung
-og [<.xpm> […]] (giao diện.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap
-Kính diện [<.out> […]] (intfspect.out) (Tùy chọn)
Tệp đầu ra chung
Các lựa chọn khác:
-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo
-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo
-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)
-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin
- [không] 1ngày (không)
Hình học giao diện giả 1d
-ww (0.2)
Băng thông của phân bố mật độ tiếp tuyến với giao diện
-bwn (0.05)
Băng thông của mật độ phân phối chuẩn cho giao diện
-đặt hàng (0)
Thứ tự của bộ lọc Gaussian, thứ tự 0 tương đương với KHÔNG lọc
-trục (z)
Hướng trục - X, Y hoặc Z
-phương pháp (chia đôi)
Phương pháp vị trí giao diện: phân giác, chức năng
-d1 (0)
Mật độ khối pha 1 (ở z nhỏ)
-d2 (1000)
Mật độ khối pha 2 (ở z lớn)
-tblock (100)
Số khung hình trong một khối thời gian trung bình
-ncấp (100)
Số mức Chiều cao trong 2D - XPixMaps
Sử dụng gmx-densorder trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
