Đây là lệnh gmx-lie có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-lie - Ước tính năng lượng tự do từ các tổ hợp tuyến tính
SYNOPSIS
gmx nói dối [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[hiện nay] [-xvg ] [-Elj ] [-Eqq ]
[-Clj ] [-Cqq ] [-phối tử ]
MÔ TẢ
GMX nói dối tính toán ước tính năng lượng tự do dựa trên phân tích năng lượng từ
năng lượng. Người ta cần một tệp năng lượng với các thành phần sau: Coul- (AB) LJ-SR (AB)
và vv
Để sử dụng g_lie một cách chính xác, cần có hai mô phỏng: một mô phỏng với phân tử của
mối quan tâm gắn với thụ thể của nó và một với phân tử trong nước. Cả hai đều cần tận dụng
năng lượng chẳng hạn như các điều khoản Coul-SR (AB), LJ-SR (AB), v.v. được viết cho .edr tập tin.
Các giá trị từ mô phỏng phân tử trong nước là cần thiết để cung cấp các giá trị phù hợp
cho -Elj và -Eqq.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.edr>] (năng lượng.edr)
Tệp năng lượng
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.xvg>] (dối trá.xvg)
tệp xvgr / xmgr
Các lựa chọn khác:
-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo
-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo
-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)
-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin
-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có
-Elj (0)
Tương tác Lennard-Jones giữa phối tử và dung môi
-Eqq (0)
Tương tác Coulomb giữa phối tử và dung môi
-Clj (0.181)
Yếu tố trong phương trình LIE cho thành phần năng lượng Lennard-Jones
-Cqq (0.5)
Yếu tố trong phương trình LIE cho thành phần Coulomb của năng lượng
-phối tử (None)
Tên của phối tử trong tệp năng lượng
Sử dụng gmx-lie trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
