gmx-sham - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-sham - Tính toán năng lượng miễn phí hoặc các biểu đồ khác từ biểu đồ

SYNOPSIS

gmx giả [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-quận [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-thùng rác [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-l [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[hiện nay] [-xvg ]
[-[không có thời gian] [-b ] [-e ] [-tol ]
[-n ] [- [không] d] [- [không] giả mạo] [-tsham ]
[-pm ] [-lờ mờ ] [-lưới ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nlevel ]

MÔ TẢ

GMX giả dối lập các đồ thị năng lượng tự do, entanpi và entropi đa chiều. GMX giả dối đọc
một hoặc nhiều .xvg tệp và phân tích tập dữ liệu. Mục đích cơ bản của GMX giả dối là âm mưu
Phong cảnh năng lượng miễn phí Gibbs (tùy chọn -l) của Bolzmann đa chiều đảo ngược
biểu đồ (tùy chọn -lp), nhưng nó cũng có thể tạo ra entanpi (tùy chọn -lsh) và entropy (tùy chọn
-lss) âm mưu. Biểu đồ có thể được thực hiện cho bất kỳ số lượng nào mà người dùng cung cấp. Một dòng trong
tệp đầu vào có thể bắt đầu với một thời gian (xem tùy chọn -thời gian) và bất kỳ số nào trong số y-giá trị có thể
theo dõi. Nhiều bộ cũng có thể được đọc khi chúng được phân tách bằng & (tùy chọn -n), trong này
trường hợp duy nhất y-giá trị được đọc từ mỗi dòng. Tất cả các dòng bắt đầu bằng # và @ là
bỏ qua.

Tùy chọn -ge có thể được sử dụng để cung cấp một tệp với năng lượng miễn phí khi nhóm không phải là
Boltzmann hòa hợp, nhưng cần được thiên vị bởi năng lượng tự do này. Một giá trị năng lượng miễn phí là
cần thiết cho mỗi điểm dữ liệu (đa chiều) trong -f đầu vào.

Tùy chọn -ene có thể được sử dụng để cung cấp năng lượng cho tệp. Những năng lượng này được sử dụng như một
chức năng trọng số trong phương pháp phân tích biểu đồ đơn của Kumar et al. Khi nào
nhiệt độ được cung cấp (dưới dạng cột thứ hai trong tệp), trọng số thử nghiệm
chương trình được áp dụng. Ngoài ra, các vales được sử dụng để lập biểu đồ entanpi và entropi.

với tùy chọn -lờ mờ, kích thước có thể được cung cấp cho khoảng cách. Khi khoảng cách là 2- hoặc
3 chiều, chu vi hoặc bề mặt được lấy mẫu bởi hai hạt tăng lên với
tăng khoảng cách. Tùy thuộc vào nội dung muốn hiển thị, người ta có thể chọn sửa
biểu đồ và năng lượng tự do cho hiệu ứng khối lượng này. Xác suất được chuẩn hóa bởi r
và r ^ 2 cho kích thước tương ứng là 2 và 3. Giá trị -1 được sử dụng để biểu thị
góc tính bằng độ giữa hai vectơ: một chuẩn hóa sin (góc) sẽ được áp dụng. Chú thích
rằng đối với góc giữa các vectơ thì tích trong hoặc cosin là đại lượng tự nhiên
sử dụng, vì nó sẽ tạo ra các thùng có cùng thể tích.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xvg>] (đồ thị.xvg)
tệp xvgr / xmgr

-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-quận [<.xvg>] (thụt.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-thùng rác [<.ndx>] (bindex.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-lp [<.xpm>] (vấn đề.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-l [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (Tùy chọn)
Tệp ma trận tương thích X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Tùy chọn)
Tệp ngân hàng dữ liệu protein

-g [<.log>] (shamlog.log) (Tùy chọn)
Tệp nhật ký

Các lựa chọn khác:

-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-[không có thời gian (Đúng)
Mong đợi một khoảng thời gian trong đầu vào

-b (-1)
Lần đầu tiên đọc từ bộ

-e (-1)
Lần cuối cùng để đọc từ bộ

-tol (0)
Dung sai về thời gian theo đơn vị thích hợp (thường là ps)

-n (1)
Đọc số tập hợp này được phân tách bằng các dòng chỉ chứa ký hiệu và

- [không] d (không)
Sử dụng đạo hàm

- [không] giả mạo (Đúng)
Tắt trọng số năng lượng ngay cả khi năng lượng được cung cấp

-tsham (298.15)
Nhiệt độ để phân tích biểu đồ đơn lẻ

-pm (0)
Xác suất tối thiểu. Bất kỳ thứ gì thấp hơn mức này sẽ được đặt thành XNUMX

-lờ mờ (1 1 1)
Kích thước cho khoảng cách, được sử dụng để hiệu chỉnh âm lượng (tối đa 3 giá trị, kích thước> 3
sẽ nhận được cùng giá trị với giá trị cuối cùng)

-lưới (32 32 32)
Số lượng thùng cho cảnh quan năng lượng (tối đa 3 giá trị, kích thước> 3 sẽ nhận được
cùng giá trị với giá trị cuối cùng)

-xmin (0 0 0)
Tối thiểu cho các trục trong cảnh quan năng lượng (xem ở trên cho> 3 chiều)

-xmax (1 1 1)
Tối đa cho các trục trong cảnh quan năng lượng (xem ở trên để biết> 3 thứ nguyên)

-pmax (0)
Xác suất tối đa trong đầu ra, mặc định là tính toán

-gmax (0)
Năng lượng miễn phí tối đa ở đầu ra, mặc định là tính toán

-emin (0)
Entanpi tối thiểu trong đầu ra, mặc định là tính toán

-emax (0)
Entanpi tối đa trong đầu ra, mặc định là tính toán

-nlevel (25)
Số lượng cấp cho cảnh quan năng lượng

Sử dụng gmx-sham trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net