Đây là lệnh gt-ltrharvest có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gt-ltrharvest - Dự đoán các lần truyền lại LTR.
SYNOPSIS
gt thu hoạch [option ...] -index
MÔ TẢ
-mục lục [chuỗi]
chỉ định tên của chỉ mục mảng hậu tố nâng cao (bắt buộc) (mặc định: không xác định)
-phạm vi [Bắt đầu cuối]
chỉ định phạm vi trong (các) trình tự đầu vào mà các cặp LTR được tìm kiếm (mặc định:
[0..0])
-hạt giống [giá trị]
chỉ định độ dài hạt giống tối thiểu cho các lần lặp lại chính xác (mặc định: 30)
-minlenltr [giá trị]
chỉ định độ dài tối thiểu cho mỗi LTR (mặc định: 100)
-maxlenltr [giá trị]
chỉ định độ dài tối đa cho mỗi LTR (mặc định: 1000)
-mindistltr [giá trị]
chỉ định khoảng cách tối thiểu của các vị trí bắt đầu LTR (mặc định: 1000)
-maxdistltr [giá trị]
chỉ định khoảng cách tối đa của các vị trí bắt đầu LTR (mặc định: 15000)
-giống [giá trị]
chỉ định ngưỡng tương tự trong phạm vi [1..100%] (mặc định: 85.000000)
-mintsd [giá trị]
chỉ định độ dài tối thiểu cho mỗi TSD (mặc định: 4)
-maxtsd [giá trị]
chỉ định độ dài tối đa cho mỗi TSD (mặc định: 20)
-mô-típ [chuỗi]
xác định 2 nucleotide startmotif + 2 nucleotide endmotif: ** (mặc định: không xác định)
-mô típ [giá trị]
chỉ định số lượng không khớp tối đa trong motif [0,3] (mặc định: 4)
-vic [giá trị]
xác định số lượng nuclêôtit (bên trái và bên phải) sẽ được tìm kiếm
cho TSD và / hoặc các mô típ xung quanh ranh giới 5 'và 3' của các chuyển đổi lại LTR được dự đoán
(mặc định: 60)
-chồng chéo [hữu ích. Cảm ơn !]
chỉ định không | tốt nhất | tất cả (mặc định: tốt nhất)
-xdrop [giá trị]
chỉ định xdropbelowscore để căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: 5)
-chiếu [giá trị]
chỉ định tỷ số phù hợp để căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: 2)
-mi [giá trị]
chỉ định điểm không phù hợp cho căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: -2)
-in [giá trị]
chỉ định điểm chèn cho căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: -3)
-các [giá trị]
chỉ định điểm xóa cho căn chỉnh phần mở rộng (mặc định: -3)
-v [có | không]
chế độ tiết (mặc định: không)
-về [có | không]
hiển thị xưa đầu ra dạng bảng thay vì GFF3 trên stdout (mặc định: có)
-seqid [có | không]
sử dụng mô tả trình tự thay vì số thứ tự trong đầu ra GFF3 (mặc định: không)
-md5 [có | không]
thêm băm MD5 vào seqid trong đầu ra GFF3 (mặc định: không)
-đầu ra dài [có | không]
mô-típ bổ sung / đầu ra TSD (mặc định: không)
-ngoài [chuỗi]
chỉ định tên tệp đầu ra FASTA (mặc định: không xác định)
-bếp ăn tối [chuỗi]
chỉ định tên tệp đầu ra FASTA cho các vùng bên trong (mặc định: không xác định)
-gff3 [chuỗi]
chỉ định tên tệp đầu ra GFF3 (mặc định: không xác định)
-bù lại [giá trị]
offset được thêm vào tọa độ GFF3 (mặc định: 0)
-quét [có | không]
quét chỉ mục theo tuần tự thay vì ánh xạ toàn bộ vào bộ nhớ (mặc định: có)
-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp cho các tùy chọn cơ bản và thoát
-help +
hiển thị trợ giúp cho tất cả các tùy chọn và thoát
-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát
BỔ SUNG THÔNG TIN
Để biết thông tin chi tiết, vui lòng tham khảo hướng dẫn sử dụng ltrharvest.
BÁO CÁO GIỎI
Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.
Sử dụng gt-ltrharvest trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
