hhmake - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hhmake - xây dựng HMM từ căn chỉnh đầu vào hoặc chuyển đổi giữa định dạng HMMER và HHsearch
định dạng

SYNOPSIS

hhmake -i hồ sơ [lựa chọn]

MÔ TẢ

HHmake phiên bản 2.0.16 (tháng 2013 năm 2) Xây dựng HMM từ căn chỉnh đầu vào trong A3M, AXNUMXM hoặc
Định dạng FASTA hoặc chuyển đổi giữa định dạng HMMER (.hmm) và định dạng HHsearch (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A và Soding J. HHblits: Trình tự protein lặp lại nhanh như chớp
tìm kiếm theo căn chỉnh HMM-HMM. Nat. Phương pháp 9: 173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
căn chỉnh truy vấn (A2M, A3M hoặc FASTA) hoặc truy vấn HMM

Đầu ra lựa chọn:
-o
Tệp HMM sẽ được ghi vào (mặc định = )

-a
Tệp HMM sẽ được nối vào

-v
chế độ tiết: 0: không có đầu ra màn hình 1: chỉ có các sóng 2: tiết

-seq
tối đa số chuỗi truy vấn / mẫu được hiển thị (def = 10) Cẩn thận với lỗi tràn! Tất cả các
các chuỗi này được lưu trữ trong bộ nhớ.

-biểu tượng tạo chuỗi chính trình tự đồng thuận chuỗi chính của truy vấn MSA

-Tên
sử dụng tên này cho HMM (mặc định: sử dụng tên của dãy đầu tiên)

Lọc truy vấn liên kết nhiều trình tự

-Tôi [0,100] nhận dạng trình tự theo cặp tối đa (%) (def = 90)

-khác biệt [0, inf [
lọc MSA bằng cách chọn tập hợp trình tự đa dạng nhất, giữ lại ít nhất nhiều
seqs trong mỗi khối MSA có độ dài 50 (def = 100)

-cov [0,100] mức độ phù hợp tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)

-qid [0,100] nhận dạng trình tự tối thiểu với truy vấn (%) (def = 0)

-qsc [0,100] điểm tối thiểu cho mỗi cột có truy vấn (def = -20.0)

-neff [1, inf]
mục tiêu đa dạng của căn chỉnh (mặc định = tắt)

Đầu vào liên kết định dạng:
-M a2m sử dụng A2M / A3M (mặc định): chữ hoa = Khớp; chữ thường = Chèn; '-' = Xóa; '.' =
khoảng trống được căn chỉnh để chèn (có thể bị bỏ qua)

-M Thành phố điện khí hóa phía tây dãy núi Rocky đầu tiên
sử dụng FASTA: các cột có phần dư trong trình tự đầu tiên là trạng thái khớp

-M [0,100]
sử dụng FASTA: các cột có khoảng trống ít hơn X% là trạng thái khớp

số giả (máy tính) lựa chọn:
-pcm Sự phụ thuộc vào vị trí 0-2 của phụ gia pc 'tau' (chế độ pc, mặc định = 0)

0: không có số lượng giả:
tàu = 0

1: hằng số
tau = một

2: phụ thuộc đa dạng: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: số
seqs hiệu quả trong MSA cục bộ xung quanh cột i) 3: số giả đa dạng không đổi

-pca [0,1] tổng thể phụ gia số lượng giả (def = 1.0)

-pcb [1, inf [Giá trị ngưỡng Neff cho -pcm 2 (độ phân giải = 1.5)

-pcc [0,3] số mũ tuyệt chủng c cho -pcm 2 (độ phân giải = 1.0)

-pre_pca [0,1]
Phụ gia số lượng giả PREFILTER (def = 0.8)

-pre_pcb [1, inf [ngưỡng PREFILTER cho Neff (def = 1.8)

Theo ngữ cảnh cụ thể số lượng giả:
-nocontxt
sử dụng ma trận thay thế thay vì số giả theo ngữ cảnh cụ thể

-contxt tệp ngữ cảnh để tính toán số giả cụ thể theo ngữ cảnh
(default =. / data / context_data.lib)

-cslib
tệp trạng thái cột để lọc trước cơ sở dữ liệu nhanh (mặc định =. / data / cs219.lib)

Ví dụ: hhmake -i thử nghiệm.a3m

Sử dụng hhmake trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net