Đây là lệnh hmm-assembler.pl có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
hmm-assembler.pl - Mô-đun SNAP hmm-assembler.pl
SYNOPSIS
hmm-assembler.pl [-TÙY CHỌN [-LỰA CHỌN KHÁC]] [--] [CHƯƠNG TRÌNH_ARG1 ...]
LỰA CHỌN
Sản phẩm tiếp theo một ký tự lựa chọn đang Đã được chấp nhận:
Với các đối số: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
Boolean (không có đối số): -r -o -x -p -t -1
Các tùy chọn có thể được hợp nhất với nhau. -- ngừng xử lý các tùy chọn. Không gian là không cần thiết
giữa các tùy chọn và đối số của chúng.
Tùy chọn:
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] bao gồm mô hình 3'UTR, yêu cầu -a
-a [] bao gồm mô hình PolyA, yêu cầu -3
-5 [] bao gồm 5'UTR moel, yêu cầu -p
-p bao gồm mô hình quảng cáo chung, yêu cầu -5
-r bao gồm mô hình lặp lại chung
-o bao gồm mô hình ORF ngược
-x sử dụng mô hình intron thời lượng rõ ràng
-t bao gồm C.elegans trans-splicing, yêu cầu -p, -5
-Z đặt các giá trị cụ thể cho từng nhóm (sâu, ruồi, thực vật)
-1 mô hình gen đơn
-c
bao gồm mô hình nhà tài trợ mối nối GC-AG
Sử dụng hmm-assembler.pl trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
