Đây là lệnh hmmstat có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
hmmstat - hiển thị thống kê tóm tắt cho một tệp hồ sơ
SYNOPSIS
hmmstat [tùy chọn]
MÔ TẢ
hmmstat tiện ích in ra một tệp dạng bảng thống kê tóm tắt cho từng hồ sơ trong
.
có thể là '-' (một ký tự gạch ngang), trong trường hợp đó, các cấu hình được đọc từ một
đường ống thay vì từ một tệp.
Các cột là:
IDX Chỉ mục của hồ sơ này, đánh số từng hồ sơ trong tệp bắt đầu từ 1.
tên Tên của hồ sơ.
nhập
Quyền truy cập tùy chọn của hồ sơ hoặc "-" nếu không có.
nseq Số lượng trình tự mà cấu hình được ước tính từ đó.
eff_nseq
Số lượng trình tự hiệu quả mà cấu hình được ước tính, sau HMMER
đã áp dụng một phép tính số thứ tự hiệu quả, chẳng hạn như entropy mặc định
trọng lượng.
M Độ dài của mô hình trong phần dư đồng thuận (trạng thái khớp).
mủi lòng Có nghĩa là entropy tương đối trên mỗi trạng thái khớp, tính bằng bit. Đây là điểm số (trung bình) dự kiến
mỗi vị trí đồng thuận. Đây là phương pháp trọng số entropy mặc định cho
ước tính số thứ tự hiệu quả tập trung vào, vì vậy đối với các mô hình HMMER3 mặc định, bạn
mong đợi giá trị này phản ánh mục tiêu mặc định cho trọng số entropy.
Thông tin Có nghĩa là nội dung thông tin trên mỗi trạng thái khớp, tính bằng bit. Có lẽ không hữu ích.
Nội dung thông tin là một phép tính hơi khác so với entropy tương đối.
p liên quan Có nghĩa là entropy tương đối vị trí, tính bằng bit. Đây là một phiên bản lạ hơn của per-
entropy tương đối trạng thái khớp, có tính đến quá trình chuyển đổi
(chèn / xóa) xác suất; nó có thể là một ước tính chính xác hơn về
điểm trung bình đóng góp cho mỗi vị trí đồng thuận của mô hình.
compKL Khoảng cách Kullback-Leibler giữa thành phần dư lượng trung bình tổng thể của mô hình
và phân phối tần số nền mặc định. Con số này càng cao,
thiên vị hơn thành phần cặn của hồ sơ. Hồ sơ có thành kiến cao có thể
làm chậm quá trình tăng tốc HMMER3, bằng cách gây ra quá nhiều trình tự không nguyên nhân
để vượt qua các bộ lọc.
LỰA CHỌN
-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.
Sử dụng hmmstat trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
