indexdb_rna - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

indexdb_rna - công cụ lọc, ánh xạ và đọc NGS chọn OTU (indexdb)

SYNOPSIS

chỉ mụcdb_rna --ref db.fasta, db.idx [TÙY CHỌN]

MÔ TẢ

SortMeRNA là một công cụ phân tích trình tự sinh học để lọc, lập bản đồ và chọn OTU
NGS đọc. Thuật toán cốt lõi dựa trên các hạt giống gần đúng và cho phép nhanh chóng và
phân tích nhạy cảm về trình tự nucleotide. Ứng dụng chính của SortMeRNA là lọc
rRNA từ dữ liệu siêu dịch mã. Các ứng dụng bổ sung bao gồm chọn OTU và
chỉ định phân loại có sẵn thông qua QIIME v1.9 + (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA nhận làm đầu vào một tệp tin đọc (định dạng fasta hoặc fastq) và một hoặc nhiều rRNA
(các) tệp cơ sở dữ liệu, và sắp xếp các rRNA riêng biệt và các lần đọc bị từ chối thành hai tệp được chỉ định bởi
người sử dụng. Theo tùy chọn, nó có thể cung cấp sự liên kết cục bộ chất lượng cao của các lần đọc rRNA so với
cơ sở dữ liệu rRNA. SortMeRNA hoạt động với dữ liệu Illumina, 454, Ion Torrent và PacBio và có thể
tạo ra các căn chỉnh giống như SAM và BLAST.

LỰA CHỌN

BẮT BUỘC LỰA CHỌN
--ref STRING, STRING
Tệp tham chiếu FASTA, tệp chỉ mục
Ví dụ:
--ref /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
Nếu chuyển nhiều tệp trình tự tham chiếu, hãy phân tách chúng bằng ':'
Ví dụ:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

CHỌN LỰA CHỌN
--Nhanh BOOL
tùy chọn đề xuất để sắp xếp ~ 99% các loài có liên quan (mặc định: tắt)

--nhạy cảm BOOL
tùy chọn đề xuất để sắp xếp ~ 75-98% loài có liên quan (mặc định: bật)

--tmpdir STRING
thư mục nơi để ghi các tệp tạm thời

-m INT dung lượng bộ nhớ (tính bằng Mbyte) để xây dựng chỉ mục (mặc định: 3072)

-L INT chiều dài hạt giống (mặc định: 18)

--max_pos INT
số lượng vị trí tối đa để lưu trữ cho mỗi L-mer duy nhất (mặc định: 10000, cài đặt
--max_pos 0 sẽ lưu trữ tất cả các vị trí)

-v BOOL
dài dòng

-h BOOL
giúp đỡ

Sử dụng indexdb_rna trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net