infoaligne - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

infoalign - Hiển thị thông tin cơ bản về căn chỉnh nhiều trình tự

SYNOPSIS

thiết kế thông tin -sự nối tiếp bộ tiếp theo [-ma trận ma trận] [-refseq chuỗi] -lurality phao
-xác thực phao -outfile ô uế [-html boolean] -chỉ có boolean -phần mở đầu boolean
-Hoa Kỳ boolean -Tên boolean -chiều dài thứ tự boolean -căn chỉnh chiều dài boolean -khoảng trống boolean
-tài khoản boolean -idcount boolean -số lượng boolean -sự khác biệt boolean
-thay đổi boolean -cân nặng boolean -sự mô tả boolean

thiết kế thông tin -Cứu giúp

MÔ TẢ

thiết kế thông tin là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của "Căn chỉnh: Nhiều, Truy xuất dữ liệu: Dữ liệu trình tự"
(các) nhóm lệnh.

LỰA CHỌN

Đầu vào phần
-sự nối tiếp bộ tiếp theo
Căn chỉnh trình tự sẽ được hiển thị.

-ma trận ma trận
Đây là tệp ma trận tính điểm được sử dụng khi so sánh các chuỗi. Theo mặc định, nó là
tệp 'EBLOSUM62' (đối với protein) hoặc tệp 'EDNAFULL' (đối với trình tự nucleic). Này
các tệp được tìm thấy trong thư mục 'dữ liệu' của cài đặt EMBOSS.

-refseq chuỗi
Nếu bạn cung cấp số trong căn chỉnh hoặc tên của một chuỗi, nó sẽ được đưa đến
là chuỗi tham chiếu. Chuỗi tham chiếu là chuỗi mà tất cả các
các trình tự khác được so sánh. Nếu điều này được đặt thành 0 thì trình tự đồng thuận sẽ là
được sử dụng làm trình tự tham chiếu. Theo mặc định, trình tự đồng thuận được sử dụng làm
trình tự tham chiếu.

Nâng cao phần
-lurality phao
Đặt mức giới hạn cho% các trận đấu ghi bàn tích cực dưới mức không có sự đồng thuận.
Số nhiều mặc định được coi là 50% tổng trọng lượng của tất cả các trình tự trong
sự liên kết. Giá trị mặc định: 50.0

-xác thực phao
Cung cấp cơ sở thiết lập số lượng nhận dạng cần thiết tại một vị trí cho
nó để đưa ra một sự đồng thuận. Do đó, nếu điều này được đặt thành 100% chỉ các cột danh tính
góp phần tạo nên sự đồng thuận. Giá trị mặc định: 0.0

Đầu ra phần
-outfile ô uế
Nếu bạn nhập tên của một tệp ở đây thì chương trình này sẽ viết chi tiết trình tự
vào tệp đó.

-html boolean
Giá trị mặc định: N

-chỉ có boolean
Đây là một cách để rút ngắn dòng lệnh nếu bạn chỉ muốn một vài thứ
hiển thị. Thay vì chỉ định: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight 'để chỉ nhận đầu ra độ dài trình tự,
bạn có thể chỉ định '-only -seqlength' Giá trị mặc định: N

-phần mở đầu boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-Hoa Kỳ boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-Tên boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-chiều dài thứ tự boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-căn chỉnh chiều dài boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-khoảng trống boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-tài khoản boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-idcount boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-số lượng boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-sự khác biệt boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-thay đổi boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-cân nặng boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

-sự mô tả boolean
Giá trị mặc định: @ (! $ (Only))

Sử dụng infoaligne trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net