jackhmmer - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

jackhmmer - (các) trình tự tìm kiếm lặp đi lặp lại dựa trên cơ sở dữ liệu protein

SYNOPSIS

búa khoan [tùy chọn]

MÔ TẢ

búa khoan tìm kiếm lặp đi lặp lại từng chuỗi truy vấn trong chống lại mục tiêu
(các) trình tự trong . Lần lặp đầu tiên giống với một phmmer Tìm kiếm. Cho
lần lặp lại tiếp theo, nhiều sự liên kết của truy vấn cùng với tất cả các chuỗi mục tiêu
đáp ứng đưa vào ngưỡng được lắp ráp, một cấu hình được xây dựng từ sự liên kết này
(giống hệt cách sử dụng hmmm xây dựng về sự căn chỉnh) và tìm kiếm hồ sơ của hoan thanh
(giống hệt một hmmtìm kiếm với hồ sơ).

Truy vấn có thể là '-' (một ký tự gạch ngang), trong trường hợp đó, các chuỗi truy vấn là
đọc từ một đường ống thay vì từ một tệp. Các không thể được đọc từ một
phát trực tiếp, bởi vì búa khoan cần thực hiện nhiều lần chuyển qua cơ sở dữ liệu.

Định dạng đầu ra được thiết kế để con người có thể đọc được, nhưng thường quá lớn nên
đọc nó là không thực tế, và phân tích nó là một nỗi đau. Các --tbout và --domtbout lựa chọn
lưu đầu ra ở định dạng bảng đơn giản ngắn gọn và dễ phân tích cú pháp hơn. Các -o tùy chọn
cho phép chuyển hướng đầu ra chính, bao gồm cả việc ném nó đi trong / dev / null.

LỰA CHỌN

-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.

-N Đặt số lần lặp lại tối đa thành . Giá trị mặc định là 5. Nếu N = 1, kết quả
tương đương với một phmmer tìm kiếm.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT OUTPUT

Theo mặc định, đầu ra cho mỗi lần lặp xuất hiện trên stdout ở dạng con người có thể đọc được,
định dạng có thể phân tích cú pháp. Các tùy chọn này cho phép chuyển hướng đầu ra hoặc lưu
các loại đầu ra bổ sung cho tệp, bao gồm tệp điểm kiểm tra cho mỗi lần lặp.

-o Hướng đầu ra mà con người có thể đọc được vào một tệp .

-A Sau lần lặp cuối cùng, hãy lưu nhiều sự liên kết có chú thích của tất cả các lần truy cập
đáp ứng các ngưỡng bao gồm (cũng bao gồm cả truy vấn ban đầu) để in
Định dạng Stockholm.

--tbout
Sau lần lặp cuối cùng, hãy lưu một bản tóm tắt dạng bảng về các lần truy cập theo trình tự hàng đầu vào trong một
có thể phân tích cú pháp dễ dàng, định dạng cột, được phân tách bằng khoảng trắng.

--domtbout
Sau lần lặp cuối cùng, hãy lưu một bản tóm tắt dạng bảng về các lần truy cập tên miền hàng đầu vào trong một
có thể phân tích cú pháp dễ dàng, định dạng cột, được phân tách bằng khoảng trắng.

--chkhmm
Khi bắt đầu mỗi lần lặp, hãy kiểm tra truy vấn HMM, lưu nó vào một tệp có tên
- .hmm Ở đâu là số lặp (từ 1..N).

--chkali
Vào cuối mỗi lần lặp lại, hãy kiểm tra sự liên kết của tất cả các miền đáp ứng
ngưỡng bao gồm (ví dụ: những gì sẽ trở thành truy vấn HMM cho lần lặp tiếp theo),
lưu nó vào một tệp có tên <điểm kiểm tra hồ sơ tiền tố> - .sto ở định dạng Stockholm,
Ở đâu là số lặp (từ 1..N).

--NS Sử dụng quyền truy cập thay vì tên trong đầu ra chính, nếu có sẵn cho cấu hình
và / hoặc trình tự.

--noali
Bỏ qua phần căn chỉnh khỏi đầu ra chính. Điều này có thể làm giảm đáng kể sản lượng
âm lượng.

--notextw
Bỏ qua độ dài của mỗi dòng trong đầu ra chính. Mặc định là giới hạn 120
các ký tự trên mỗi dòng, giúp hiển thị đầu ra rõ ràng trên các thiết bị đầu cuối và
trong trình chỉnh sửa, nhưng có thể cắt bớt các dòng mô tả hồ sơ đích.

--textw
Đặt giới hạn độ dài dòng của đầu ra chính thành các ký tự trên mỗi dòng. Mặc định là
120.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT SINGLE SỰ NỐI TIẾP KIẾM (ĐẦU TIÊN LẶP LẠI)

Theo mặc định, lần lặp đầu tiên sử dụng mô hình tìm kiếm được xây dựng từ một truy vấn duy nhất
sự nối tiếp. Mô hình này được xây dựng bằng cách sử dụng ma trận thay thế tiêu chuẩn 20x20 cho cặn
xác suất và hai tham số bổ sung cho khe hở và khe hở không phụ thuộc vào vị trí
mở rộng xác suất. Các tùy chọn này cho phép các tham số chấm điểm chuỗi đơn mặc định
được thay đổi.

--popen
Đặt xác suất mở khoảng trống cho một mô hình truy vấn trình tự đơn thành . Mặc định
là 0.02. phải> = 0 và <0.5.

--pextend
Đặt xác suất mở rộng khoảng cách cho một mô hình truy vấn trình tự đơn thành . Các
mặc định là 0.4. phải> = 0 và <1.0.

--mx
Nhận xác suất liên kết dư lượng từ ma trận thay thế tích hợp có tên
. Một số ma trận tiêu chuẩn được tích hợp sẵn và không cần đọc từ
các tập tin. Tên ma trận có thể là PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 hoặc BLOSUM90. Chỉ một trong những --mx và --mxfile
các tùy chọn có thể được sử dụng.

--mxfile
Nhận xác suất căn chỉnh dư lượng từ ma trận thay thế trong tệp
. Ma trận điểm mặc định là BLOSUM62 (ma trận này là nội bộ của HMMER
và không cần phải có sẵn dưới dạng tệp). Định dạng của ma trận thay thế
là định dạng tiêu chuẩn được BLAST, FASTA và các chuỗi khác chấp nhận
phần mềm phân tích.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT BÁO CÁO NGƯỠNG

Các ngưỡng báo cáo kiểm soát lần truy cập nào được báo cáo trong các tệp đầu ra (đầu ra chính,
--tboutvà --domtbout). Trong mỗi lần lặp lại, số lần truy cập theo trình tự và số lần truy cập miền được xếp hạng
theo ý nghĩa thống kê (E-value) và đầu ra được tạo thành hai phần được gọi là per-
mục tiêu và đầu ra cho mỗi miền. Trong đầu ra cho mỗi mục tiêu, theo mặc định, tất cả các chuỗi đều truy cập với
Giá trị điện tử <= 10 được báo cáo. Trong đầu ra cho mỗi tên miền, đối với mỗi mục tiêu đã vượt qua
các ngưỡng báo cáo mục tiêu, tất cả các miền đáp ứng các ngưỡng báo cáo cho mỗi miền là
đã báo cáo. Theo mặc định, đây là các miền có giá trị E có điều kiện là <= 10. Sau đây
các tùy chọn cho phép bạn thay đổi các ngưỡng báo cáo giá trị E mặc định hoặc sử dụng điểm bit
các ngưỡng thay thế.

-E Báo cáo chuỗi có giá trị E <= trong đầu ra mỗi trình tự. Mặc định là 10.0.

-T Sử dụng ngưỡng điểm bit cho đầu ra mỗi chuỗi thay vì ngưỡng giá trị E
(bất kỳ cài đặt nào của -E bị bỏ qua). Báo cáo chuỗi có điểm bit> = . Qua
mặc định tùy chọn này không được đặt.

-Z Khai báo tổng kích thước của cơ sở dữ liệu là trình tự, cho các mục đích của giá trị E
phép tính. Thông thường giá trị E được tính toán liên quan đến kích thước của cơ sở dữ liệu
bạn đã thực sự tìm kiếm (ví dụ: số chuỗi trong target_seqdb). Trong một số
các trường hợp (ví dụ: nếu bạn đã chia cơ sở dữ liệu trình tự mục tiêu của mình thành nhiều
để song song hóa tìm kiếm của bạn), bạn có thể biết rõ hơn kích thước thực
không gian tìm kiếm của bạn là.

--domE
Báo cáo miền có giá trị E có điều kiện <= trong đầu ra cho mỗi miền, ngoài ra
đến miền có điểm số cao nhất cho mỗi lần truy cập theo trình tự quan trọng. Mặc định là 10.0.

--domT
Sử dụng ngưỡng điểm bit cho đầu ra mỗi miền thay vì ngưỡng giá trị E
(bất kỳ cài đặt nào của --domT bị bỏ qua). Báo cáo các miền có điểm bit> = in
đầu ra trên mỗi miền, ngoài miền có điểm cao nhất cho mỗi chuỗi quan trọng
đánh. Theo mặc định, tùy chọn này không được đặt.

--domZ
Khai báo số lượng trình tự quan trọng được trình tự, cho các mục đích
tính toán giá trị E có điều kiện cho ý nghĩa miền bổ sung. Thông thường
Giá trị E có điều kiện được tính toán liên quan đến số lượng chuỗi đi qua
ngưỡng báo cáo mỗi trình tự.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT BAO GỒM NGƯỠNG

Các ngưỡng bao gồm kiểm soát lượt truy cập nào được bao gồm trong nhiều căn chỉnh và cấu hình
được xây dựng cho lần lặp tìm kiếm tiếp theo. Theo mặc định, một chuỗi phải có một
Giá trị E của chuỗi <= 0.001 (xem -E tùy chọn) được đưa vào và bất kỳ miền bổ sung nào trong
nó ngoài điểm số cao nhất phải có giá trị E có điều kiện là <= 0.001 (xem --domE
Lựa chọn). Sự khác biệt giữa ngưỡng báo cáo và ngưỡng bao gồm là
kiểm soát ngưỡng bao gồm những lần truy cập nào thực sự được sử dụng trong lần lặp tiếp theo (hoặc
đầu ra cuối cùng nhiều căn chỉnh nếu -A tùy chọn được sử dụng), trong khi các ngưỡng báo cáo
kiểm soát những gì bạn thấy trong đầu ra. Các ngưỡng báo cáo thường lỏng lẻo hơn nên bạn có thể
xem các lần truy cập đường biên trong đầu nhiễu có thể được quan tâm.

--incE
Bao gồm các chuỗi có giá trị E <= trong lần lặp lại tiếp theo hoặc căn chỉnh cuối cùng
đầu ra bởi -A. Giá trị mặc định là 0.001.

--incT
Sử dụng ngưỡng điểm bit để đưa vào mỗi chuỗi thay vì giá trị E
ngưỡng (bất kỳ cài đặt nào của --incE bị bỏ qua). Bao gồm các chuỗi có điểm bit là
>= . Theo mặc định, tùy chọn này không được đặt.

--incdomE
Bao gồm các miền có giá trị E có điều kiện <= trong lần lặp lại tiếp theo hoặc lần cuối cùng
đầu ra căn chỉnh bởi -A, ngoài tên miền có điểm số cao nhất cho mỗi
trình tự đánh. Giá trị mặc định là 0.001.

--incdomT
Sử dụng ngưỡng điểm bit để bao gồm mỗi miền thay vì ngưỡng giá trị E
(bất kỳ cài đặt nào của --incT bị bỏ qua). Bao gồm các miền có điểm bit> = . Qua
mặc định tùy chọn này không được đặt.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT SỰ TĂNG TỐC NHIỆT TÌNH

Tìm kiếm HMMER3 được tăng tốc trong một đường ống bộ lọc ba bước: bộ lọc MSV,
Bộ lọc Viterbi và bộ lọc Chuyển tiếp. Bộ lọc đầu tiên là bộ lọc nhanh nhất và nhiều nhất
gần đúng; cuối cùng là thuật toán tính điểm Chuyển tiếp đầy đủ, chậm nhất nhưng chính xác nhất.
Ngoài ra còn có một bước lọc thiên vị giữa MSV và Viterbi. Mục tiêu vượt qua tất cả các bước
trong đường ống tăng tốc sau đó được xử lý sau - nhận dạng miền
và tính điểm bằng cách sử dụng thuật toán Tiến / lùi.

Về cơ bản, các tham số miễn phí duy nhất kiểm soát bộ lọc heuristic của HMMER là P-
các ngưỡng giá trị kiểm soát phần dự kiến ​​của các trình tự không có chất độc hại đi qua
các bộ lọc. Đặt các ngưỡng mặc định cao hơn sẽ vượt qua tỷ lệ cao hơn
trình tự phi vật lý, tăng độ nhạy với tốc độ; ngược lại,
đặt ngưỡng giá trị P thấp hơn sẽ vượt qua một tỷ lệ nhỏ hơn, làm giảm độ nhạy
và tăng tốc độ. Đặt ngưỡng giá trị P của bộ lọc thành 1.0 có nghĩa là nó sẽ vượt qua
tất cả các chuỗi và vô hiệu hóa bộ lọc một cách hiệu quả.

Việc thay đổi ngưỡng bộ lọc chỉ loại bỏ hoặc bao gồm các mục tiêu khỏi xem xét; thay đổi
ngưỡng bộ lọc không làm thay đổi điểm số bit, giá trị E hoặc căn chỉnh, tất cả đều
được xác định duy nhất trong xử lý hậu kỳ.

--max Độ nhạy tối đa. Tắt tất cả các bộ lọc, bao gồm cả bộ lọc thiên vị và chạy đầy
Chuyển tiếp / Lùi quá trình xử lý hậu kỳ trên mọi mục tiêu. Điều này làm tăng độ nhạy
nhẹ, với chi phí lớn về tốc độ.

--F1
Ngưỡng lọc đầu tiên; đặt ngưỡng giá trị P cho bước lọc MSV. Các
mặc định là 0.02, có nghĩa là khoảng 2% điểm số cao nhất không có giá trị
mục tiêu dự kiến ​​sẽ vượt qua bộ lọc.

--F2
Ngưỡng lọc thứ hai; đặt ngưỡng giá trị P cho bước lọc Viterbi.
Giá trị mặc định là 0.001.

--F3
Ngưỡng bộ lọc thứ ba; đặt ngưỡng giá trị P cho bước Bộ lọc chuyển tiếp. Các
mặc định là 1e-5.

--không thiên vị
Tắt bộ lọc thiên vị. Điều này làm tăng độ nhạy phần nào, nhưng có thể đến
chi phí cao về tốc độ, đặc biệt nếu truy vấn có thành phần dư lượng thiên vị (chẳng hạn như
một vùng trình tự lặp lại, hoặc nếu nó là một protein màng với các vùng lớn
kỵ nước). Nếu không có bộ lọc thiên vị, quá nhiều chuỗi có thể vượt qua bộ lọc
với các truy vấn thiên vị, dẫn đến hiệu suất chậm hơn mong đợi vì
Các thuật toán Chuyển tiếp / Lùi về mặt tính toán chuyên sâu về tính toán
tải.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT HỒ SƠ XÂY DỰNG (MỘT LÁT SAU MỤC LỤC)

Các tùy chọn này kiểm soát cách các cột đồng thuận được xác định theo nhiều liên kết khi
xây dựng hồ sơ. Theo mặc định, búa khoan luôn bao gồm chuỗi truy vấn ban đầu của bạn trong
kết quả liên kết ở mỗi lần lặp lại và các vị trí đồng thuận được xác định bởi truy vấn đó
trình tự: nghĩa là, một mặc định búa khoan hồ sơ luôn có cùng độ dài với bản gốc của bạn
truy vấn, ở mỗi lần lặp lại.

--Nhanh Xác định các cột đồng thuận là những cột có một phần nhỏ> = tượng trưng dư lượng như
đối lập với những khoảng trống. (Xem bên dưới để biết --symfrac tùy chọn.) Mặc dù đây là mặc định
tùy chọn xây dựng hồ sơ ở nơi khác (trong hmmm xây dựng, đặc biệt), nó có thể có
tác dụng không mong muốn trong búa khoan, bởi vì một hồ sơ có thể lặp đi lặp lại trong
sắp xếp không gian khỏi truy vấn ban đầu của bạn, để lại ít hoặc không có cột đồng thuận
tương ứng với các chất cặn bã của nó.

--tay Xác định các cột đồng thuận trong hồ sơ tiếp theo bằng cách sử dụng chú thích tham chiếu cho nhiều
căn chỉnh. búa khoan truyền chú thích tham chiếu từ cấu hình trước đó sang
sự liên kết nhiều và từ đó đến cấu hình tiếp theo. Đây là mặc định.

--symfrac
Xác định ngưỡng phân đoạn cặn cần thiết để xác định cột đồng thuận khi
bằng cách sử dụng --Nhanh Lựa chọn. Giá trị mặc định là 0.5. Phần ký hiệu trong mỗi cột là
được tính toán sau khi tính đến trọng số trình tự tương đối và bỏ qua khoảng cách
các ký tự tương ứng với phần cuối của các đoạn trình tự (trái ngược với nội
chèn / xóa). Đặt giá trị này thành 0.0 có nghĩa là mọi cột căn chỉnh sẽ
được chỉ định là sự đồng thuận, có thể hữu ích trong một số trường hợp. Đặt nó thành 1.0
có nghĩa là chỉ các cột bao gồm 0 khoảng trống (chèn / xóa bên trong) sẽ
được giao như sự đồng thuận.

--fragthresh
Chúng tôi chỉ muốn đếm khoảng trống đầu cuối là lần xóa nếu trình tự được căn chỉnh được biết
có độ dài đầy đủ, không phải nếu nó là một đoạn (ví dụ: vì chỉ một phần của nó
đã được giải trình tự). HMMER sử dụng một quy tắc đơn giản để suy ra các đoạn: nếu độ dài chuỗi
L nhỏ hơn hoặc bằng một phân số nhân với độ dài căn chỉnh trong các cột,
thì trình tự được xử lý dưới dạng một đoạn. Giá trị mặc định là 0.5. Thiết lập
--fragthresh0 sẽ xác định trình tự không (nompty) là một phân đoạn; bạn có thể muốn
làm điều này nếu bạn biết bạn đã có một căn chỉnh toàn bộ chiều dài được sắp xếp cẩn thận
trình tự. Thiết lập --fragthresh1 sẽ xác định tất cả các chuỗi dưới dạng các đoạn; bạn có thể
muốn làm điều này nếu bạn biết căn chỉnh của mình hoàn toàn bao gồm các mảnh, chẳng hạn như
như các bài đọc ngắn đã dịch trong dữ liệu súng ngắn metagenomic.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT QUAN HỆ TRỌNG LƯỢNG

Bất cứ khi nào một hồ sơ được tạo từ nhiều căn chỉnh, HMMER sử dụng một trình tự đặc biệt
thuật toán trọng số để giảm trọng lượng các chuỗi liên quan chặt chẽ và tăng trọng lượng liên quan xa
những cái. Điều này có tác dụng làm cho các mô hình ít bị sai lệch do phát sinh loài không đồng đều
sự đại diện. Ví dụ: hai chuỗi giống hệt nhau thường sẽ nhận được một nửa
trọng số mà một chuỗi sẽ có (và đây là lý do tại sao búa khoan không phải lúc nào cũng quan tâm
bao gồm trình tự truy vấn ban đầu của bạn trong căn chỉnh của mỗi lần lặp, ngay cả khi nó tìm thấy
lại trong cơ sở dữ liệu bạn đang tìm kiếm). Các tùy chọn này kiểm soát thuật toán nào được sử dụng.

--wpb Sử dụng lược đồ trọng số trình tự dựa trên vị trí Henikoff [Henikoff và Henikoff,
J. Mol. Biol. 243: 574, năm 1994]. Đây là mặc định.

--wgsc Sử dụng thuật toán trọng số Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein và cộng sự, J. Mol.
Biol. 235: 1067, 1994].

--wblosum
Sử dụng cùng một lược đồ phân nhóm đã được sử dụng để cân dữ liệu trong tính toán BLOSUM
ma trận phụ [Henikoff và Henikoff, Proc. Natl. Acad. Khoa học 89: 10915, 1992].
Các chuỗi là liên kết đơn được nhóm lại ở một ngưỡng nhận dạng (mặc định là 0.62; xem
--rộng) và trong mỗi cụm trình tự c, mỗi chuỗi có trọng số tương đối
1 / c.

--wone
Không có trọng lượng tương đối. Tất cả các chuỗi được ấn định trọng lượng đồng nhất.

--rộng
Đặt ngưỡng nhận dạng được sử dụng bởi phân cụm liên kết đơn khi sử dụng --wblosum.
Không hợp lệ với bất kỳ kế hoạch trọng số nào khác. Mặc định là 0.62.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT HIỆU QUẢ SỰ NỐI TIẾP CON SỐ

Sau khi các trọng số tương đối được xác định, chúng được chuẩn hóa để tổng thành tổng hiệu dụng
số thứ tự, eff_nseq. Con số này có thể là số chuỗi thực tế trong
căn chỉnh, nhưng nó hầu như luôn luôn nhỏ hơn thế. Trọng số entropy mặc định
phương pháp (--ent) giảm số thứ tự hiệu quả để giảm nội dung thông tin
(entropy tương đối, hoặc điểm kỳ vọng trung bình trên các tương đồng thực sự) trên mỗi vị trí đồng thuận. Các
entropy tương đối mục tiêu được điều khiển bởi một hàm hai tham số, trong đó hai
các thông số có thể cài đặt với --đây và --esigma.

--een Điều chỉnh số thứ tự hiệu quả để đạt được entropy tương đối cụ thể trên mỗi
vị trí (xem --đây). Đây là mặc định.

--loại trừ
Đặt số thứ tự hiệu quả thành số cụm liên kết đơn tại một
ngưỡng nhận dạng cụ thể (xem --eid). Tùy chọn này không được khuyến khích; nó được dùng để
thử nghiệm đánh giá tốt hơn bao nhiêu --een là.

--enone
Tắt tính năng xác định số thứ tự hiệu quả và chỉ sử dụng số thực tế của
trình tự. Một lý do bạn có thể muốn làm điều này là cố gắng tối đa hóa mức tương đối
entropy / vị trí của mô hình của bạn, có thể hữu ích cho các mô hình ngắn.

--eset
Đặt rõ ràng số thứ tự hiệu quả cho tất cả các mô hình thành .

--đây
Đặt mục tiêu entropy / vị trí tương đối tối thiểu thành . Đòi hỏi --een. Mặc định
phụ thuộc vào bảng chữ cái trình tự; đối với trình tự protein, nó là 0.59 bit / vị trí.

--esigma
Đặt entropy tương đối tối thiểu được đóng góp bởi sự liên kết toàn bộ mô hình,
toàn bộ chiều dài của nó. Điều này có tác dụng làm cho các mô hình ngắn có độ tương đối cao hơn
entropy trên mỗi vị trí hơn --đây một mình sẽ cho. Mặc định là 45.0 bit.

--eid
Đặt giới hạn nhận dạng theo cặp phân số được sử dụng bởi phân nhóm liên kết đơn với
các --loại trừ Lựa chọn. Giá trị mặc định là 0.62.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT ƯU TIÊN

Trong xây dựng hồ sơ, theo mặc định, số lượng có trọng số được chuyển đổi thành trung bình sau
ước lượng tham số xác suất bằng cách sử dụng cặp mồi Dirichlet hỗn hợp. Hỗn hợp mặc định Dirichlet
các thông số trước cho các mô hình protein và cho các mô hình axit nucleic (RNA và DNA) được xây dựng
trong. Các tùy chọn sau đây cho phép bạn ghi đè các mồi mặc định.

--pnone Không sử dụng bất kỳ mồi nào. Các tham số xác suất sẽ chỉ đơn giản là quan sát
tần số, sau trọng số trình tự tương đối.

--place Sử dụng Laplace +1 trước thay cho Dirichlet hỗn hợp mặc định trước đó.

LỰA CHỌN KIỂM SOÁT GIÁ TRỊ ĐIỆN TỬ TÍNH TOÁN

Ước tính các thông số vị trí cho các phân phối điểm dự kiến ​​cho bộ lọc MSV
điểm số, điểm bộ lọc Viterbi và điểm số Chuyển tiếp yêu cầu ba chuỗi ngẫu nhiên ngắn
mô phỏng.

--EmL
Đặt độ dài trình tự trong mô phỏng ước tính thông số vị trí mu cho
Giá trị E của bộ lọc MSV. Mặc định là 200.

--EmN
Đặt số chuỗi trong mô phỏng ước tính tham số vị trí mu
cho các giá trị E của bộ lọc MSV. Mặc định là 200.

--EvL
Đặt độ dài trình tự trong mô phỏng ước tính thông số vị trí mu cho
Giá trị E của bộ lọc Viterbi. Mặc định là 200.

--EvN
Đặt số chuỗi trong mô phỏng ước tính tham số vị trí mu
cho các giá trị E của bộ lọc Viterbi. Mặc định là 200.

--EfL
Đặt độ dài trình tự trong mô phỏng ước tính tham số vị trí tau
cho các giá trị E chuyển tiếp. Mặc định là 100.

--EfN
Đặt số chuỗi trong mô phỏng ước tính tham số vị trí
tau cho các giá trị E chuyển tiếp. Mặc định là 200.

--Eft
Đặt phần khối lượng đuôi để vừa với mô phỏng ước tính vị trí
tau tham số cho các đánh giá Chuyển tiếp. Mặc định là 0.04.

KHÁC LỰA CHỌN

--nonul2
Tắt chỉnh sửa điểm null2 cho thành phần thiên vị.

-Z Khẳng định rằng tổng số mục tiêu trong các tìm kiếm của bạn là , cho các mục đích
các phép tính giá trị E trên mỗi chuỗi, thay vì số lượng mục tiêu thực tế
đã xem.

--domZ
Khẳng định rằng tổng số mục tiêu trong các tìm kiếm của bạn là , cho các mục đích
các phép tính giá trị E có điều kiện cho mỗi miền, thay vì số lượng mục tiêu
đã vượt qua ngưỡng báo cáo.

--hạt giống
Giống như trình tạo số ngẫu nhiên với , một số nguyên> = 0. Nếu là> 0, bất kỳ
mô phỏng ngẫu nhiên sẽ có thể tái tạo được; cùng một lệnh sẽ cung cấp cùng một
kết quả. Nếu như là 0, trình tạo số ngẫu nhiên được đưa vào tùy ý, và
mô phỏng ngẫu nhiên sẽ thay đổi tùy theo từng lần chạy của cùng một lệnh. Mặc định
hạt giống là 42.

--qformat
Khai báo rằng đầu vào tập tin query_seq có định dạng . Tệp trình tự được chấp nhận
các định dạng bao gồm FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm và SELEX. Vỡ nợ
là tự động phát hiện định dạng của tệp.

--tformat
Khai báo rằng đầu vào target_seqdb có định dạng . Tệp trình tự được chấp nhận
các định dạng bao gồm FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm và SELEX. Vỡ nợ
là tự động phát hiện định dạng của tệp.

--CPU
Đặt số luồng công nhân song song thành . Theo mặc định, HMMER đặt điều này thành
số lõi CPU mà nó phát hiện trong máy của bạn - tức là nó cố gắng tối đa hóa
việc sử dụng các lõi bộ xử lý có sẵn của bạn. Thiết lập cao hơn số lượng
các lõi có sẵn rất ít nếu có giá trị, nhưng bạn có thể muốn đặt nó thành một cái gì đó
ít hơn. Bạn cũng có thể kiểm soát con số này bằng cách đặt một biến môi trường,
HMMER_NCPU.

Tùy chọn này chỉ khả dụng nếu HMMER được biên dịch với hỗ trợ luồng POSIX.
Đây là mặc định, nhưng nó có thể đã bị tắt vào lúc biên dịch cho trang web của bạn
hoặc máy vì một số lý do.

--ngăn cản
Để gỡ lỗi phiên bản chính / công nhân MPI: tạm dừng sau khi bắt đầu, để bật
nhà phát triển để đính kèm trình gỡ lỗi vào (các) quy trình chính và công nhân đang chạy. Gửi
Tín hiệu SIGCONT để giải phóng tạm dừng. (Theo gdb: (Gdb) tín hiệu NEXTCONT) (Chỉ một
khả dụng nếu hỗ trợ MPI tùy chọn được bật tại thời điểm biên dịch.)

--mpi Chạy ở chế độ chính / công nhân MPI, sử dụng mpirun. (Chỉ khả dụng nếu MPI tùy chọn
hỗ trợ đã được kích hoạt tại thời điểm biên dịch.)

Sử dụng jackhmmer trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net