Đây là lệnh kmc_tools-filter có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
kmc_tools-filter - lọc ra các lần đọc có số k-mers quá nhỏ
SYNOPSIS
kmc_tools lọc [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
MÔ TẢ
Lệnh này lọc ra các lần đọc với số lượng k-mer quá nhỏ.
LỰA CHỌN
Đối với cơ sở dữ liệu k-mers, có các tham số bổ sung:
-ci
loại trừ k-mers xảy ra ít hơn lần
-cx
loại trừ k-mers xảy ra nhiều hơn lần
Đối với tập hợp số đọc đầu vào, có các tham số bổ sung:
-ci
loại bỏ các lần đọc chứa ít k-mers hơn giá trị. Nó có thể là số nguyên hoặc số thực
trong phạm vi [0.0; 1.0]
-ci
loại bỏ các lần đọc chứa nhiều k-mer hơn giá trị. Nó có thể là số nguyên hoặc số thực
trong phạm vi [0.0; 1.0]
-NS
đầu vào ở định dạng FASTA (-fa), định dạng FASTQ (-fq); mặc định: FASTQ
Đối với tập đầu ra của các lần đọc, có các tham số bổ sung:
-NS
đầu ra ở định dạng FASTA (-fa), định dạng FASTQ (-fq); default: giống như đầu vào
THÍ DỤ
kmc_tools bộ lọc kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0 filter.fastq
kmc_tools bộ lọc kmc_db input.fastq -ci10 -cx100 filter.fastq
Sử dụng kmc_tools-filter trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
