cuối cùng - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

cuối cùng - so sánh quy mô bộ gen của các trình tự sinh học

SYNOPSIS

cuối cùng [lựa chọn] họ-tên (các) tệp fasta-trình tự

MÔ TẢ

Tìm liên kết trình tự cục bộ.

Tùy chọn điểm (cài đặt mặc định): -r: tỷ số trận đấu (DNA: 1, 0 -q: chi phí không phù hợp
(DNA: 1, 0 -p: ma trận điểm phù hợp / không phù hợp (protein-protein: BL62, DNA-protein:
BL80) -a: chi phí tồn tại khoảng trống (DNA: 7, protein: 11, 0 -b: chi phí mở rộng khoảng cách (DNA:
1, protein: 2, 0 -A: chi phí tồn tại chèn (a) -B: chi phí tiện ích mở rộng chèn
(B) -c: chi phí cặp dư lượng không được căn chỉnh (tắt) -F: chi phí chuyển khung (tắt) -x: điểm tối đa giảm
cho các căn chỉnh có khoảng cách (tối đa [y, e-1]) -y: điểm giảm tối đa cho các căn chỉnh không có khe hở (t * 10)
-z: giảm điểm tối đa cho các căn chỉnh có ga cuối cùng (x) -d: điểm tối thiểu cho không có khe hở
căn chỉnh (min [e, t * ln (1000 * refSize / n)]) -e: điểm tối thiểu cho các căn chỉnh có khoảng cách

Tùy chọn giá trị điện tử (cài đặt mặc định): -D: các chữ cái truy vấn trên mỗi căn chỉnh ngẫu nhiên (1e + 06) -E:
căn chỉnh tối đa dự kiến ​​trên mỗi giga vuông (1e + 18 / D / refSize / numOfStrands)

Tùy chọn mỹ phẩm (cài đặt mặc định): -h, --Cứu giúp: hiển thị tất cả các tùy chọn và mặc định của chúng
cài đặt và thoát -V, --phiên bản: hiển thị thông tin phiên bản và thoát -v: be verbose: viết
tin nhắn về những gì cuối cùng đang làm -f: định dạng đầu ra: TAB, MAF, BlastTab (MAF)

Các tùy chọn khác (cài đặt mặc định): -s: strand: 0 = ngược, 1 = tiến, 2 = cả hai (2 cho
DNA, 1 cho protein) -S: ma trận điểm áp dụng cho chuỗi chuyển tiếp của: 0 = tham chiếu, 1 = truy vấn
(0) -T: loại căn chỉnh: 0 = cục bộ, 1 = chồng chéo (0) -m: kết quả phù hợp ban đầu tối đa cho mỗi truy vấn
vị trí (10) -l: độ dài tối thiểu cho các trận đấu đầu tiên (1) -L: độ dài tối đa cho ban đầu
phù hợp (vô cùng) -n: căn chỉnh không khoảng trống tối đa cho mỗi vị trí truy vấn (vô cùng nếu m = 0,
khác m) -C: bỏ qua các căn chỉnh không có khoảng trống trong> = C những cái khác với> điểm cho mỗi độ dài (tắt) -K: bỏ sót
căn chỉnh có phạm vi truy vấn nằm trong> = K cái khác với> điểm (tắt) -k: kích thước bước cùng
chuỗi truy vấn (1) -i: kích thước lô truy vấn (8 KiB, trừ khi có> 1 luồng hoặc lastdb
âm lượng) -P: số luồng song song (1) -R: tùy chọn đánh dấu lặp lại (giống với
dùng cho lastdb) -u: chữ thường mặt nạ trong các phần mở rộng: 0 = never, 1 = gapless,

2 = gapless + gapped nhưng không cuối cùng, 3 = always (2 nếu lastdb -c và Q <5, khác 0)

-w: loại bỏ các lần lặp lại bên trong các kết quả phù hợp chính xác, bù đắp bằng <= this khoảng cách (1000) -G: di truyền
tệp mã -t: 'nhiệt độ' để tính toán xác suất (1 / lambda) -g: tham số 'gamma'
cho gamma-centroid và LAMA (1) -j: loại đầu ra: 0 = số trận đấu, 1 = không có khoảng trống, 2 = dư thừa
gapped, 3 = gapped,

4 = ước tính không rõ ràng của cột, 5 = gamma-centroid, 6 = LAMA, 7 = số lượng dự kiến ​​(3)

-Q: định dạng đầu vào: 0 = fasta, 1 = fastq-sanger, 2 = fastq-solexa, 3 = fastq-Illumina,

4 = prb, 5 = PSSM (0)

BÁO CÁO GIỎI

Báo cáo lỗi cho: last-align (ATmark) googlegroups (dot) com
Trang chủ CUỐI CÙNG: http://last.cbrc.jp/

Sử dụng trực tuyến cuối cùng bằng các dịch vụ onworks.net