leaff - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

leaff - các tiện ích và ứng dụng thư viện trình tự

SYNOPSIS

sự nhảy vọt [-f fasta-file] [tùy chọn]

MÔ TẢ

LEAFF (Let's Extract Anything From Fasta) là một chương trình tiện ích để làm việc với đa
tệp fasta. Ngoài việc cung cấp quyền truy cập ngẫu nhiên vào cấp cơ sở, nó bao gồm một số
các chức năng phân tích.

LỰA CHỌN

NGUỒN LỌC
-f tệp: sử dụng trình tự trong 'tệp' (-F cũng được phép vì lý do lịch sử)
-Một tệp: đọc các hành động từ 'tệp'

KIỂM TRA TẬP TIN NGUỒN
-d: in số chuỗi trong fasta
-i name: in chỉ mục, gắn nhãn 'tên' nguồn

CÁC LỰA CHỌN ĐẦU RA
-6 <#>: chèn một dòng mới sau mỗi 60 chữ cái
(nếu đối số tiếp theo là một số, các dòng mới sẽ được chèn vào mỗi
n chữ cái, ví dụ, -6 80. Tắt ngắt dòng với -6 0,
hoặc chỉ không sử dụng -6!)
-e xin kết thúc: Chỉ in các căn cứ từ vị trí 'cầu xin' đến vị trí 'kết thúc'
(dựa trên dấu cách, liên quan đến chuỗi FORWARD!) Nếu
cầu xin == kết thúc, sau đó toàn bộ chuỗi được in. Nó là một
lỗi để chỉ định hàm xin> kết thúc, hoặc cầu xin> len, hoặc kết thúc> len.
-ends n In ra n cơ số từ mỗi đầu dãy. Một đầu vào
trình tự tạo ra hai chuỗi đầu ra, với '_5' hoặc '_3'
được thêm vào ID. Nếu 2n> = độ dài của dãy thì
trình tự tự nó được in ra, không có kết thúc nào được trích xuất (chúng
chồng lên nhau).
-C: bổ sung cho các trình tự
-H: KHÔNG in nét lệch
-h: Sử dụng từ tiếp theo làm định nghĩa ("-H -H" sẽ được đặt lại thành
độ lệch ban đầu
-R: đảo ngược các trình tự
-u: viết hoa tất cả các cơ sở

LỰA CHỌN BÊN TRONG
-G nsl: in n dãy được tạo ngẫu nhiên, 0 <s <= length <= l
-L sl: in tất cả các chuỗi sao cho s <= length <l
-N lh: in tất cả các chuỗi sao cho l <=% N thành phần <h
(LƯU Ý 0.0 <= l <h <100.0)
(LƯU Ý rằng bạn không thể in chuỗi với 100% N
Đây là một lỗi hữu ích).
-q tệp: in chuỗi từ danh sách seqid trong 'tệp'
-r num: in chuỗi 'num' được chọn ngẫu nhiên
-s seqid: in chuỗi đơn 'seqid'
-S fl: in tất cả các chuỗi từ ID 'f' đến 'l' (bao gồm)
-W: in tất cả các chuỗi (làm cả tệp)

HỖ TRỢ CÒN HƠN
-phân tích trợ giúp
-help ví dụ

CÁC CHỨC NĂNG PHÂN TÍCH
--finddulicates a.fasta
Báo cáo trình tự xuất hiện nhiều lần. Đầu ra
là một danh sách các cặp đường nét, được phân tách bằng một đường kẻ mới.

--mapduplicates a.fasta b.fasta
Xây dựng bản đồ IID từ a.fasta và b.fasta có
trình tự giống hệt nhau. Định dạng là "IIDa <-> IIDb"

--md5 a.fasta:
Không in chuỗi mà hãy in tổng kiểm tra md5
(của toàn bộ chuỗi) theo sau là toàn bộ độ lệch.

- tiền tố phân vùng [n [gmk] bp | n] a.fasta
--partitionmap [n [gmk] bp | n] a.fasta
Phân chia các trình tự thành các phần có kích thước gần bằng nhau của
kích thước nbp, nkbp, nmbp hoặc ngbp; hoặc thành n có kích thước gần bằng nhau
parititions. Chuỗi lớn hơn kích thước phân vùng
trong một phân vùng của chính họ. --partitionmap viết một
mô tả phân vùng thành stdout; --partiton tạo
tệp fasta 'tiền tố - ###. fasta' cho mỗi phân vùng.
Ví dụ: -F some.fasta - phần phân vùng 130mbp
-F some.fasta - phần phân vùng 16

- tiền tố phân đoạn n a.fasta
Tách các chuỗi thành n tệp, tiền tố - ###. Fasta.
Các chuỗi không được sắp xếp lại thứ tự; n dãy đầu tiên nằm trong
tệp đầu tiên, n tệp tiếp theo trong tệp thứ hai, v.v.

--gccontent a.fasta
Báo cáo nội dung GC qua cửa sổ trượt của
3, 5, 11, 51, 101, 201, 501, 1001, 2001 bp.

--testindex a.fasta
Kiểm tra chỉ mục của 'tệp'. Nếu chỉ mục được cập nhật, hãy rò rỉ
thoát thành công, ngược lại, thoát thoát với mã 1. Nếu một
tệp chỉ mục được cung cấp, tệp đó được kiểm tra, nếu không,
tên tệp chỉ mục mặc định được sử dụng.

--dumpblocks a.fasta
Tạo một danh sách các khối N và không phải N. Đầu ra
định dạng là 'base seq # xin end len'. 'N 84 483 485 2' có nghĩa là
rằng một khối gồm 2 N bắt đầu ở vị trí dựa trên không gian 483
theo thứ tự 84. A '.' là phần cuối của trình tự
đánh dấu.

--errors LNCP a.fasta
Đối với mọi trình tự trong tệp đầu vào, hãy tạo mới
trình tự bao gồm các lỗi trình tự mô phỏng.
L - độ dài của dãy mới. Nếu không, độ dài
của trình tự ban đầu sẽ được sử dụng.
N - số dãy con cần tạo. Nếu L = 0, tất cả
các chuỗi con sẽ giống nhau và bạn nên sử dụng
C thay vào đó.
C - số bản sao cần tạo. Mỗi N
các dãy con sẽ có C bản sao, mỗi bản sao có
lỗi.
P - xác suất xảy ra lỗi.

GỢI Ý: để mô phỏng EST từ gen, sử dụng L = 500, N = 10, C = 10
- tạo C = 10 lần chạy trình tự của N = 10 trình tự EST
có độ dài 500bp mỗi.
để mô phỏng mRNA từ gen, sử dụng L = 0, N = 10, C = 10
để mô phỏng các lần đọc từ bộ gen, sử dụng L = 800, N = 10, C = 1
- tất nhiên, N = nên được tăng lên để cung cấp cho
độ sâu bao phủ thích hợp

--stats a.fasta
Báo cáo thống kê kích thước; số, N50, tổng, lớn nhất.

--seqstore out.seqStore
Chuyển đổi tệp đầu vào (-f) thành tệp seqStore (ví dụ:
để sử dụng với trình hợp dịch Celera hoặc sim4db).

GHI CHÚ

Xin lưu ý rằng các tùy chọn là PHỤ THUỘC ĐƠN HÀNG. Các chuỗi được in bất cứ khi nào một SEQUENCE
Tùy chọn CHỌN xảy ra trên dòng lệnh. OUTPUT OPTIONS không được đặt lại khi một chuỗi
được in.

SEQUENCES được đánh số bắt đầu từ ZERO, not one!

VÍ DỤ

1. In 10 bazơ đầu tiên của trình tự thứ tư trong tệp 'gen':
Leaff -f gen -e 0 10 -s 3

2. In 10 cơ số đầu tiên của dãy số thứ tư và thứ năm:
Leaff -f gen -e 0 10 -s 3 -s 4

3. In chuỗi thứ tư và thứ năm được bổ sung ngược lại, và thứ sáu
trình tự chuyển tiếp. Tập hợp thứ hai của -R -C tắt bổ sung ngược:
gien -f rò rỉ -R -C -s 3 -s 4 -R -C -s 5

4. Chuyển đổi tập tin 'gen' thành 'gen.seqStore' seqStore.
leaff -f gene --seqstore gene.seqStore

Sử dụng leaff trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net