Đây là lệnh load_genbankp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
load_genbank.pl - Tải cơ sở dữ liệu Bio :: DB :: GFF từ các tệp GENBANK.
SYNOPSIS
%load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d ngân hàng gen -a AP003256
LƯU Ý: Tập lệnh bp_genbank2gff.pl trong bản phân phối BioPerl giống với tập lệnh này.
MÔ TẢ
Tập lệnh này tải cơ sở dữ liệu Bio :: DB :: GFF với các tính năng có trong một
tệp genbank hoặc quyền truy cập được tìm nạp từ genbank. Các tùy chọn dòng lệnh khác nhau
cho phép bạn kiểm soát cơ sở dữ liệu nào sẽ tải và có cho phép cơ sở dữ liệu hiện có
được ghi đè.
Tập lệnh này hiện chỉ sử dụng MySQL, mặc dù nó là một nguyên tắc bằng chứng và có thể dễ dàng
được mở rộng để làm việc với các RDMS khác được GFF hỗ trợ thông qua các bộ điều hợp.
DÒNG LỆNH LỰA CHỌN
Các tùy chọn dòng lệnh có thể được viết tắt thành các tùy chọn một chữ cái. ví dụ -d thay vì
- cơ sở dữ liệu.
--create Buộc tạo và khởi tạo cơ sở dữ liệu
--dsn Nguồn dữ liệu (dbi mặc định: mysql: test)
--người sử dụng Tên người dùng để xác thực mysql
--đi qua Mật khẩu để xác thực mysql
--Ủy quyền Máy chủ proxy để sử dụng để truy cập từ xa
--file Đối số theo sau là tên tệp Genbank / EMBL (mặc định)
--accession Các đối số theo sau là số gia nhập ngân hàng
--stdout Ghi tệp GFF đã chuyển đổi sang stdout thay vì tải
Sử dụng load_genbankp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
