Đây là mặt nạ lệnh
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
maskAlignedReads.py - Các lần đọc được căn chỉnh bằng mặt nạ trong tệp vùng
MÔ TẢ
cách sử dụng: maskAlignedReads.py [-h] [-v] [-l LOGFILE] [-d] [-i]
inCmpFile inRgnFofn outRgnFofn
Sử dụng in.cmp.h5 để che các vùng tương ứng của tệp trong in.rgn.h5, ghi đầu ra vào một tệp mới
rgn.fofn.
vị trí tranh luận:
inCmpFile
Tệp cmp.h5 đầu vào.
inRgnFofn
Một fofn của các tệp bảng vùng đầu vào.
raRgnFofn
Một fofn của các tệp bảng vùng đầu ra.
không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát
-v, --phiên bản
hiển thị số phiên bản của chương trình và thoát
-l ĐĂNG NHẬP, --logFile NHẬT KÝ
Chỉ định một tệp để đăng nhập. Mặc định là stderr. (mặc định: Không có)
-d, --gỡ lỗi
Tăng độ chi tiết của việc ghi nhật ký (mặc định: Sai)
-i, --thông tin
Hiển thị các mục nhật ký thông tin (mặc định: Sai)
Sử dụng maskAlignedReads trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net