micalc - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

micalc - Thực hiện toán học cơ bản với các tập dữ liệu

MÔ TẢ

micalc: Thực hiện toán học cơ bản với các tập dữ liệu

Định dạng tệp được tự động xác định bởi phần mở rộng tệp của chúng. Đối với hệ nhị phân
hoạt động với hai tệp đầu vào, giao thức của tệp đầu vào đầu tiên sẽ được sử dụng
cho tệp đầu ra.

micalc có thể be đã sử dụng in một of các tiếp theo chế độ:
Phép toán nhị phân với tập dữ liệu và / hoặc số vô hướng:

micalc [-if1 | -trong 1 ] -op
[-if2 | -trong 2
] -của

Tích lũy một tập dữ liệu:

micalc -nếu như -op

Chuyển đổi (độ lớn, logarit, phủ định, đảo ngược hoặc acos) của một dữ liệu
bộ:

micalc -nếu như -op -của

Thống kê của một tập dữ liệu:

micalc -nếu như [-bần tiện ] [-stdev ] [-fluct
] [-chuyên đề ] [- lịch sử
-histlots [-histmin ] [-histmax ]
[-bên phải] [-histfract] [-loghist]]

thêm lựa chọn:
-mặt nạ

Tập tin đọc lựa chọn:
-ngày: Ngày quét [yyyymmdd] (default = 20140807yyyymmdd)

-fp: FOV theo hướng pha [mm] (mặc định = 220.0mm)

-NS: FOV theo hướng đọc [mm] (mặc định = 220.0mm)

-fs: FOV theo hướng lát [mm] (mặc định = 5.0 mm)

-nr: Số lần đo liên tiếp (mặc định = 1)

-nx: Số điểm trong hướng đọc (mặc định = 128)

-ny: Số điểm theo hướng pha (mặc định = 128)

-nz: Số điểm theo hướng lát (mặc định = 1)

-sinh sản: Ngày sinh của bệnh nhân [yyyymmdd] (default = 00000000yyyymmdd)

-lipid: Định danh bệnh nhân duy nhất (mặc định = Không xác định)

-pname: Tên đầy đủ của bệnh nhân (mặc định = Không xác định)

-psex: Giới tính của bệnh nhân (tùy chọn = MFO, mặc định = O)

-trọng lượng: Cân nặng của bệnh nhân [kg] (mặc định = 50.0kg)

-sinh: Tên nhà khoa học (mặc định = Không xác định)

-sd: Khoảng cách giữa các lát cắt (từ tâm đến tâm) [mm] (mặc định = 10.0mm)

-serd: Mô tả chuỗi (mặc định = Không xác định)

-serno: Số sê-ri (mặc định = 1)

-NS: Độ dày lát [mm] (mặc định = 5.0 mm)

-sự nghiên cứu: Mô tả nghiên cứu (mặc định = Không xác định)

-tcname: Tên cuộn dây truyền (mặc định = Không xác định)

-trà: Thời gian lặp lại của chuỗi [ms] (mặc định = 80.0ms)

-thời gian: Thời gian quét [hhmmss] (mặc định = 091012hhmmss)

-tr: Thời gian giữa các lần kích thích liên tiếp [mili giây] (mặc định = 1000.0 mili giây)

-cplx: Xử lý dữ liệu là phức tạp và trích xuất thành phần đã cho (options = none abs pha real
tưởng tượng, mặc định = không có)

-ds: Chỉ mục tập dữ liệu để trích xuất nếu nhiều tập dữ liệu được đọc

-bộ lọc: Chỉ đọc những tập dữ liệu mà tham số giao thức 'khóa' chứa chuỗi
'value' (được cung cấp ở định dạng 'key = value')

-fmap: Để giảm mức sử dụng bộ nhớ, hãy tiếp tục ánh xạ tệp sau khi đọc dữ liệu (thô), nhưng ghi
vào mảng sẽ dẫn đến sự cố

-jdx: Nếu có nhiều mảng JDX, hãy chọn cái này

-phương ngữ: Đọc dữ liệu bằng phương ngữ đã cho của định dạng. (mặc định là không có phương ngữ)

-rf: Đọc định dạng, sử dụng nó để ghi đè phần mở rộng tệp (tùy chọn = autodetect 3db phân tích asc
xem dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, default = autodetect)

-nhảy: Bỏ qua lượng byte này trước khi đọc dữ liệu thô (mặc định = 0)

Tập tin viết lựa chọn:
-kèm theo: Nối vào tệp hiện có, chỉ dành cho dữ liệu thô

-fnamepar: Danh sách các tham số giao thức được phân tách bằng dấu cách để bao gồm khi tạo
tên tệp

-noscale: Không thay đổi tỷ lệ giá trị khi lưu trữ số nguyên

-tách ra: Buộc tách các cặp giao thức-dữ liệu thành các tệp riêng biệt.

-kiểu: Kiểu biểu diễn hình ảnh (tùy chọn = float kép s32bit u32bit s16bit tự động
u16bit s8bit u8bit, mặc định = tự động)

-phương ngữ: Ghi dữ liệu bằng phương ngữ đã cho của định dạng. (mặc định là không có phương ngữ)

-wf: Ghi định dạng, sử dụng nó để ghi đè phần mở rộng tệp (tùy chọn = autodetect 3db phân tích asc
xem dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, default = autodetect)

-wp: Lưu trữ riêng giao thức vào tệp này.

Bộ lọc áp dụng đến đầu vào các tập tin) và mặt nạ:
-căn chỉnh : Căn chỉnh dữ liệu với hình học (vị trí voxel) của
một tệp bên ngoài

-mặt nạ tự động : Tạo mặt nạ bằng cách sử dụng ngưỡng dựa trên biểu đồ tự động

-chuyển : Tạo các cụm voxels liền kề / lân cận khác XNUMX, được sắp xếp theo kích thước

-cây dây leo <nhân chập (Tam giác Gauss NoFilter Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp), đường kính hạt nhân [mm]>: Tiến hóa theo kích thước không gian

-detrend <Số thành phần tần số thấp cần loại bỏ, Kết quả có nghĩa là bằng XNUMX
timecourse>: Loại bỏ trôi chậm theo thời gian

-biên tập <Chuỗi vị trí/phạm vi ở định dạng (khung thời gian,slicepos,phasepos,readpos),giá trị mới
of voxel>: Chỉnh sửa các giá trị voxel đơn lẻ

-mặt nạ : Tạo mặt nạ bao gồm tất cả các voxels có giá trị
trong phạm vi nhất định

-đẳng hướng : làm cho hình ảnh đẳng hướng voxels thông qua nội suy (hình ảnh
hình học sẽ không thay đổi)

-thông qua : Lọc thông thấp

-tối đa : Kẹp tất cả các giá trị trên giá trị lớn nhất

-maxip : Thực hiện chiếu cường độ tối đa
vượt quá hướng nhất định

- hợp nhất : Hợp nhất các tập dữ liệu thành một tập dữ liệu duy nhất bằng cách mở rộng thứ nguyên thời gian

-phút : Kẹp tất cả các giá trị bên dưới giá trị nhỏ nhất

-minip : Thực hiện phép chiếu cường độ tối thiểu
vượt quá hướng nhất định

-noNaN : Thay thế mọi NaN bằng giá trị đã cho

-pflip : Lật dữ liệu theo hướng pha

-prange : Chọn phạm vi trong
hướng pha

-proj : Thực hiện phép chiếu trung bình trên đã cho
hướng

-quantilmask : Tạo mặt nạ bao gồm tất cả các voxel phía trên phân số đã cho
ngưỡng

-mẫu : Thay đổi kích thước tạm thời của dữ liệu hình ảnh

-kích thước : Thay đổi kích thước không gian của dữ liệu hình ảnh

-lice : nối lại hình ảnh cho một
định hướng

-flip : Lật dữ liệu theo hướng đọc

-thúi : Xoay trong mặt phẳng

-sắp xếp : Chọn phạm vi trong
đọc hướng

-tỉ lệ : Bán lại giá trị hình ảnh

-trượt : Lật dữ liệu theo hướng lát cắt

-chuyển <readDịch chuyển hướng [pixel],Dịch chuyển hướng pha [pixel], Dịch chuyển hướng lát cắt
[pixel]>: Dịch chuyển dữ liệu theo không gian

-lát thời gian : Đúng cho
các điểm thời gian thu nhận khác nhau của các lát

- mối nối : nối các
hình ảnh theo hướng nhất định

-srange : Chọn phạm vi trong
hướng lát

-hoán đổi <[rps] [-], [rps] [-], [rps] [-]>: hoán đổi / phản ánh kích thước bằng cách chỉ định một hướng
ba với dấu hiệu phản chiếu tùy chọn được thêm vào

-túi : Kết hợp các lát thành một hình ảnh 2D vuông

-trang : Chọn phạm vi trong
hướng thời gian

-shift : Chuyển dữ liệu đúng lúc

-typemax : Kẹp tất cả các giá trị trên mức tối đa của một kiểu dữ liệu cụ thể

-typemin : Kẹp tất cả các giá trị bên dưới giá trị nhỏ nhất của một kiểu dữ liệu cụ thể

-sử dụng mặt nạ : Tạo tập dữ liệu 1D bao gồm tất cả các giá trị trong mặt nạ từ tệp

Nền tảng khác lựa chọn:
-v hoặc để gỡ lỗi / truy tìm tất cả các thành phần hoặc một
thành phần tương ứng. Các giá trị có thể có cho loglevel là: 0 (noLog), 1 (errorLog),
2 (warningLog), 3 (infoLog).

-h, --Cứu giúp, -Cứu giúp, --phiên bản : In văn bản trợ giúp hoặc thông tin phiên bản

Hỗ trợ hồ sơ phần mở rộng (định dạng):
3db (dữ liệu nhị phân Iris3D)

phân tích
(NIFTI / ANALYZE, phương ngữ: fsl)

asc (ASCII, phương ngữ: tcourse)

coi (tập dữ liệu JCAMP-DX)

dat (Ma trận dữ liệu Matlab ascii 2D)

dcm (DICOM, phương ngữ: siemens)

gấp đôi (gấp đôi dữ liệu thô)

float (dữ liệu thô nổi)

gz (vùng chứa GNU-Zip cho các định dạng khác)

hdr (Interfile, phương ngữ: neurostat)

hdr (NIFTI / ANALYZE, phương ngữ: fsl)

idx (3D-chỉ số khác XNUMX trong ASCII)

ima (DICOM, phương ngữ: siemens)

liên hệ với nhau
(Interfile, phương ngữ: neurostat)

jdx (định dạng hình ảnh JCAMP-DX)

mag (DICOM, phương ngữ: siemens)

mhd (Siêu hình ảnh)

nii (NIFTI / ANALYZE, phương ngữ: fsl)

ph (DICOM, phương ngữ: siemens)

png (Đồ họa mạng di động)

pos (vị trí xy của các số khác không trong ASCII)

pro (giao thức đo ODIN)

reg (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (dữ liệu thô 16 bit đã ký)

s32bit (dữ liệu thô 32 bit đã ký)

s8bit (dữ liệu thô 8 bit đã ký)

smp (bộ dữ liệu JCAMP-DX)

u16bit (dữ liệu thô 16 bit không dấu)

u32bit (dữ liệu thô 32 bit không dấu)

u8bit (dữ liệu thô 8 bit không dấu)

Sử dụng micalc trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net