Đây là lệnh micro_razers có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi, chẳng hạn như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
micro_razers
SYNOPSIS
micro_razers [OPTIONS]
MÔ TẢ
MicroRazerS sử dụng chiến lược lập bản đồ dựa trên tiền tố để lập bản đồ các lần đọc RNA nhỏ có thể
chứa trình tự bộ điều hợp 3 '.
(c) Bản quyền 2009 của Anne-Katrin Emde.
-h, --Cứu giúp
Hiển thị thông báo trợ giúp này.
--phiên bản
Thông tin phiên bản màn hình hiển thị
Tùy chọn chính ::
-o, - đầu ra FILE
Thay đổi tên tệp đầu ra. Vỡ nợ: .kết quả.
-rr, - tỷ lệ nhận biết NUM
đặt tỷ lệ nhận dạng phần trăm Trong phạm vi [80..100]. Mặc định: 100.
-sL, --seed-chiều dài NUM
chiều dài hạt Trong khoảng [10..inf]. Mặc định: 16.
-sE, --seed-lỗi
cho phép một lỗi trong hạt giống
-f, --phía trước
bản đồ chỉ đọc để chuyển tiếp các sợi.
-r, --đảo ngược
bản đồ chỉ đọc để đảo ngược các sợi.
-mN, --match-N
"N" khớp với tất cả các ký tự khác
-m, - max-hits NUM
chỉ xuất ra NUM lượt truy cập tốt nhất Trong phạm vi [1..inf]. Mặc định: 100.
-pa, - không rõ ràng
thanh lọc lượt đọc với nhiều hơn các kết quả phù hợp nhất về lượt truy cập tối đa
-lm, --bộ nhớ thấp
giảm mức sử dụng bộ nhớ với chi phí thời gian chạy
-v, --dài dòng
chế độ tiết
-vv, --vverbose
chế độ rất tiết
Tùy chọn định dạng trang kết quả ::
-của, --định dạng đầu ra NUM
Đặt định dạng đầu ra. 0 = Định dạng MicroRazerS, 1 = SAM. Trong phạm vi [0..1].
-a, --căn chỉnh
đổ căn chỉnh cho mỗi trận đấu
-gn, - đặt tên hệ gen NUM
Chọn cách đặt tên bộ gen. 0 = sử dụng id Fasta, 1 = liệt kê bắt đầu bằng 1. Trong
phạm vi [0..1]. Mặc định: 0.
-rn, - đặt tên NUM
Chọn cách đặt tên cho các lần đọc. 0 = sử dụng id Fasta, 1 = liệt kê bắt đầu bằng 1. Trong
phạm vi [0..1]. Mặc định: 0.
-vì thế, --thứ tự sắp xếp NUM
Chọn cách sắp xếp các kết quả phù hợp. 0 = số đọc, 1 = vị trí bộ gen. Trong phạm vi
[0..1]. Mặc định: 0.
-pf, --định dạng vị trí NUM
Chọn đánh số vị trí bắt đầu / kết thúc (xem phần Tọa độ bên dưới). 0 = khoảng trống,
1 = không gian vị trí. Trong phạm vi [0..1]. Mặc định: 0.
PHIÊN BẢN
Phiên bản micro_razers: 1.0.1 Cập nhật lần cuối vào tháng 2009 năm XNUMX
Sử dụng micro_razers trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
