Đây là lệnh mincresample có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
mincresample - lấy lại ví dụ về tệp minc dọc theo các kích thước không gian mới
SYNOPSIS
mẫu nhỏ [ ]
MÔ TẢ
mẫu nhỏ sẽ lấy lại mẫu một tệp minc dọc theo các kích thước không gian mới với voxel mới
các chức vụ. Mỗi khối lượng trong tệp đầu vào (được cung cấp bởi các kích thước không gian xspace, yspace
và zspace) được lấy mẫu lại theo các tùy chọn dòng lệnh. Các kích thước phi không gian là
được giữ nguyên theo thứ tự ban đầu, nhưng các kích thước không gian có thể được sắp xếp lại để cung cấp cho
hình ảnh ngang, sagittal hoặc coronal. Các giá trị voxel mới được tính toán bằng cách sử dụng tri-
nội suy tuyến tính, ba khối hoặc lân cận gần nhất.
THẾ GIỚI COORDINATE
Tọa độ thế giới đề cập đến tọa độ milimet liên quan đến một số nguồn gốc vật lý
(hoặc máy quét hoặc một số cấu trúc giải phẫu). Tọa độ Voxel chỉ đơn giản là
chỉ số vào khối lượng hình ảnh của một voxel nhất định. Để chỉ định thích hợp
lấy mẫu lại các tùy chọn, cần phải hiểu cách hoạt động của chuyển đổi điều phối MINC.
Mỗi kích thước của khối lượng hình ảnh MINC được xác định theo tên - kích thước không gian là
xspace, yspace và zspace. Quy ước là tọa độ xspace dương chạy từ
từ bên trái sang bên phải của bệnh nhân, tọa độ không gian dương chạy từ phía sau của bệnh nhân
tọa độ zspace dương trước và dương chạy từ thấp hơn đến cao hơn. Đối với mỗi
các kích thước không gian này, việc chuyển đổi tọa độ thế giới được chỉ định bởi một cặp
thuộc tính: bước và bắt đầu. Ví dụ, tọa độ thế giới xspace được tính toán bằng cách sử dụng x
= v * step + start, trong đó x là tọa độ thế giới x và v là số voxel (bắt đầu từ
số không). Do đó, độ lớn của thuộc tính bước xác định khoảng cách giữa các voxels và
dấu hiệu của thuộc tính bước xác định hướng của trục.
Có một sự thay đổi khác: các tệp MINC được phép có các trục không trực giao với
kích thước không được căn chỉnh hoàn hảo với trục được đặt tên. Có thể có một hướng_cosine
thuộc tính cung cấp hướng thực của trục. Ví dụ: thông thường, dấu cách xspace
tức là kích thước phải thẳng hàng với trục x của thế giới. cosin hướng = (1,0,0); Tuy vậy,
có thể có cosin hướng là (0.9, 0.43589, 0).
Các thuộc tính này (step, start và direction_cosines) cung cấp chuyển đổi từ voxel
tọa độ đến tọa độ thế giới. Được kết hợp với một số phần tử hoặc mẫu cùng
trục, chúng cung cấp mô tả đầy đủ về nơi lấy mẫu đầu ra.
Tuy nhiên, khi chúng tôi lấy mẫu lại dữ liệu, chúng tôi thường quan tâm đến sự thay đổi của thế giới
tọa độ: từ hệ tọa độ của máy quét MRI đến hệ tọa độ của máy quét PET,
ví dụ, hoặc từ một ổ đĩa trong không gian thu nhận của nó đến tọa độ trong một
không gian. Sự thay đổi tọa độ thế giới này có thể được xác định thông qua việc sử dụng
tệp chuyển đổi (.xfm). Do đó, nói chung, việc lấy mẫu lại liên quan đến ba
phép biến đổi: từ tọa độ voxel của tệp đầu vào sang tọa độ thế giới của nó
(được chỉ định bởi tệp đầu vào), từ tọa độ thế giới đầu vào đến thế giới đầu ra
tọa độ (được chỉ định bởi tệp chuyển đổi) và từ thế giới của tệp đầu ra
tọa độ đến tọa độ voxel của nó (được chỉ định bởi các tùy chọn dòng lệnh).
Nói chung, các cosin định hướng hiếm khi được sử dụng - định hướng lại trục được chỉ định bởi một
thay đổi tọa độ thế giới (tệp biến đổi). Đồng thời, lấy mẫu lại các vị trí
(thế giới đầu ra sang chuyển đổi voxel) thường được chỉ định liên quan đến tệp mô hình (tức là.
lấy mẫu lại tệp này để nó trông giống như tệp đó). Mặc dù có nhiều lựa chọn cho một
đặc điểm kỹ thuật hoàn chỉnh của chuyển đổi, người ta thường không cần chỉ định thêm
hơn một vài trong số họ.
LỰA CHỌN
Lưu ý rằng các tùy chọn có thể được chỉ định ở dạng viết tắt (miễn là chúng là duy nhất) và
có thể được cung cấp ở bất kỳ đâu trên dòng lệnh.
Tổng Quát lựa chọn
-2 Tạo tệp đầu ra định dạng MINC 2.0.
-có khăn
Ghi đè một tệp hiện có.
-noclobber
Không ghi đè lên tệp hiện có (mặc định).
-bèo thuyền
In thông tin tiến trình cho từng lát được tính toán (mặc định).
-Yên lặng Không in ra thông tin tiến độ.
Lấy mẫu lại đặc điểm kỹ thuật
Các tùy chọn cung cấp lấy mẫu đầu ra (tất cả những điều sau đây ngoại trừ -chuyển đổi) là
được phân tích cú pháp theo thứ tự xuất hiện trên dòng lệnh. Do đó, một lệnh với -giống
tập tin.mnc - dụng cụ 34 -zstep 2 sẽ đưa ra một mẫu như vậy trong tệp trong tập tin.mnc nhưng
với 34 mẫu ở 2 mm dọc theo zspace trục. Lấy mẫu mặc định được lấy từ
tệp đầu vào, được chuyển đổi theo bất kỳ phép biến đổi nào.
-chuyển đổi tập tin.xfm
Chỉ định một tệp cho phép biến đổi tọa độ thế giới (mặc định là danh tính
sự biến đổi).
-invert_transformation
Đảo ngược phép biến đổi trước khi sử dụng nó.
-noinvert_transformation
Không đảo ngược chuyển đổi (mặc định).
-tfm_input_sampling
Chuyển đổi lấy mẫu đầu vào (sử dụng biến đổi được chỉ định bởi -chuyển đổi)
cùng với dữ liệu và sử dụng nó làm mẫu mặc định (default).
-use_input_sampling
Sử dụng lấy mẫu đầu vào làm mẫu mặc định, như vậy, không có biến đổi, thậm chí
mặc dù dữ liệu đang được chuyển đổi (hành vi cũ).
-giống tập tin.mnc
Chỉ định một tệp mô hình cung cấp cho thế giới đầu ra chuyển đổi voxel và số
của các phần tử (tức là. biến đổi tệp này để nó trông giống như tệp đó).
-chuẩn_sampling
Đặt lấy mẫu thành các giá trị tiêu chuẩn (bắt đầu = 0, bước = 1, điểm cosin hướng
dọc theo các trục thích hợp).
-kiểu không gian chuỗi
Đặt tên của không gian đầu ra (thường là tự nhiên____ or talairach_).
-talairach
Đặt tên của không gian đầu ra thành talairach_.
-các đơn vị chuỗi
Đặt các đơn vị của không gian đầu ra.
-gốc ox oy oz
Chỉ định tọa độ của voxel đầu tiên. Giá trị này không giống với giá trị bắt đầu
nếu các cosin hướng là không chuẩn. Ngoài ra, khởi đầu không chỉ là một
hình chiếu vuông góc của gốc tọa độ lên trục, nó là hình chiếu song song
(như trong một phép chiếu hình bình hành nhiều chiều). Việc chuyển đổi được xử lý
đúng bằng tùy chọn này.
-các dụng cụ nx ny nz
Số phần tử dọc theo mỗi kích thước thế giới.
- dụng cụ nx
Số phần tử dọc theo thứ nguyên xspace.
- dụng cụ ny
Số phần tử dọc theo thứ nguyên yspace.
- dụng cụ nz
Số phần tử dọc theo thứ nguyên zspace.
-bươc xstep vâng zstep
Bước giữa các voxels dọc theo mỗi chiều của thế giới.
-xstep xstep
Bước giữa các voxels dọc theo kích thước xspace.
-ystep vâng
Bước giữa các voxels dọc theo chiều không gian.
-zstep zstep
Bước giữa các voxels dọc theo chiều zspace.
-Khởi đầu bắt đầu bắt đầu zstart
Vị trí của tâm của voxel đầu tiên dọc theo mỗi kích thước của thế giới.
-xstart bắt đầu
Vị trí của tâm của voxel đầu tiên dọc theo kích thước không gian.
-bắt đầu bắt đầu
Vị trí của tâm của voxel đầu tiên dọc theo chiều không gian.
-zstart zstart
Vị trí của tâm của voxel đầu tiên dọc theo chiều zspace.
-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Các cosin hướng cho mỗi trục thế giới.
-xdircos x1 x2 x3
Các cosin hướng cho thứ nguyên xspace.
-ydircos y1 y2 y3
Các cosin hướng cho kích thước không gian y.
-zdircos z1 z2 z3
Các cosin hướng cho kích thước không gian z.
kích thước đặt hàng
Mặc định là giữ nguyên thứ tự kích thước ban đầu.
-ngang
Viết ra các lát cắt ngang.
-xương dọc
Viết ra các lát sagittal.
-vương miện
Viết ra các lát cắt coronal.
Đầu ra dữ liệu kiểu và phạm vi
Mặc định cho loại, dấu hiệu và phạm vi hợp lệ là sử dụng các giá trị của tệp đầu vào. Nếu loại là
được chỉ định, thì cả dấu hiệu và phạm vi hợp lệ đều được đặt thành mặc định cho loại đó. Nếu dấu là
được chỉ định, thì phạm vi hợp lệ được đặt thành mặc định cho loại và ký hiệu.
-byte Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng số nguyên 8 bit.
-ngắn Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng số nguyên 16 bit.
-NS Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng số nguyên 32 bit.
-Dài Được thay thế bởi -NS.
-Phao nổi Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng dấu chấm động 32-bit.
-gấp đôi
Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng dấu chấm động 64-bit.
-đã ký
Viết ra các giá trị dưới dạng số nguyên có dấu (mặc định cho ngắn và dài). Bỏ qua cho
các loại dấu phẩy động.
-chưa ký
Viết ra các giá trị dưới dạng số nguyên không dấu (mặc định cho byte). Bỏ qua vì thả nổi
các loại điểm.
-phạm vi phút tối đa
chỉ định phạm vi hợp lệ của giá trị voxel đầu ra. Mặc định là phạm vi đầy đủ cho
gõ và ký. Tùy chọn này bị bỏ qua đối với các giá trị dấu phẩy động.
-keep_real_range
Duy trì mức tối thiểu và tối đa thực từ âm lượng đầu vào, để các giá trị
được mở rộng theo cùng một cách trên đầu ra. Điều này đặc biệt hữu ích cho việc lấy mẫu lại nhãn
khối lượng mà giá trị cường độ nội suy không có ý nghĩa.
-nokeep_real_range
Tính lại mức tối thiểu và tối đa thực cho mỗi lát đầu ra. Đây là mặc định.
Xử lý of không xác định (không hợp lệ) voxel giá trị
-lấp đầy Voxels đầu ra nằm ngoài khối lượng đầu vào có giá trị không xác định. Khi mà
-lấp đầy tùy chọn được sử dụng, các voxels này được cung cấp một giá trị nằm ngoài giá trị hợp lệ
phạm vi (nhỏ hơn mức tối thiểu hợp lệ, nếu loại, ký hiệu và phạm vi hợp lệ cho phép)
mà chúng có thể được phát hiện bởi phần mềm khác. Các giá trị của các voxels này không phải là
đã bao gồm tối đa hình ảnh và hình ảnh-min biến.
-không có điền
Sử dụng giá trị thực / vật lý (không phải giá trị voxel) bằng XNUMX cho các điểm bên ngoài đầu vào
âm lượng. Những điểm này được bao gồm trong việc tính toán tối đa hình ảnh và hình ảnh-min
biến. Đây là mặc định.
-fill giá trị giá trị lấp đầy
Chỉ định giá trị thực / vật lý (không phải giá trị voxel) cho các điểm bên ngoài đầu vào
âm lượng. Các điểm không được bao gồm trong tính toán của tối đa hình ảnh và hình ảnh-
phút biến.
Phép nội suy lựa chọn
-tam giác
Thực hiện phép nội suy ba tuyến tính giữa các voxels. Các cạnh của tập ở
tâm của voxels đầu tiên và cuối cùng của một thứ nguyên. Đây là mặc định.
-tam giác
Thực hiện phép nội suy ba khối giữa các voxels. Các cạnh của tập ở
tâm của voxels đầu tiên và cuối cùng của một thứ nguyên.
-hàng xom gần nhất
Thực hiện phép nội suy láng giềng gần nhất giữa các voxel (tức là tìm voxel gần nhất với
điểm và sử dụng giá trị của nó). Các cạnh của tập nằm ở cạnh của tập đầu tiên
và voxel cuối cùng của một thứ nguyên (trung tâm +/- phân tách nửa voxel).
-sinc Thực hiện nội suy windowed-sinc được chuẩn hóa lại giữa các voxels, như được mô tả bởi Thacker
et al. JMRI 10: 582-588 (1999).
-chiều rộng n
Chỉ định nửa chiều rộng của hạt nhân nội suy sinc, trong phạm vi từ 1 đến
10. Chiều rộng nhân sinc đầy đủ là n * 2 + 1, và do đó thay đổi từ 3 thành 21.
Giá trị mặc định là 5 cho toàn bộ chiều rộng là 11.
-hanning
Sử dụng cửa sổ Hanning với nội suy sinc. Đây là mặc định.
-màu sắc
Sử dụng cửa sổ Hamming với nội suy sinc.
Chung lựa chọn
-Cứu giúp In tóm tắt các tùy chọn dòng lệnh và thoát.
-phiên bản
In số phiên bản của chương trình và thoát.
VÍ DỤ
Lấy mẫu lại bộ não của một cá nhân trong một không gian được tiêu chuẩn hóa trên lưới lấy mẫu tiêu chuẩn:
mincresample Individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform variable_to_standard_space.xfm \
-như standard_sampling.mnc
Lấy mẫu lại một thể tích MRI để khớp với thể tích PET, nhưng với độ phân giải tốt hơn:
mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-bước 1 1 2 -bắt đầu -0.5 -bắt đầu -0.5 \
-thực hiện 256 256 64
Chuyển một tập ngang thành một tập sagittal:
mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-sagittal-rõ ràng nhất
Biến âm lượng ngang 256x256x64 (1x1x2mm) thành tập đĩa ngang 256x128x256 (1x1x1mm):
mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zbước 1 -znelem 128
Lấy mẫu dọc trục mịn hơn trên thể tích PET:
mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-z bước 2 -công cụ 46
Sử dụng mincresample trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
