mincreshape - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mincreshape - cắt hyperslab ra khỏi tệp minc (có sắp xếp lại kích thước)

SYNOPSIS

hình dạng nhỏ [ ] .mnc .mnc

MÔ TẢ

Mincreshape's công việc chính là cắt hyperslab ra khỏi tệp minc và đặt nó vào một tệp mới
tập tin minc. "Hyperslab là gì?", Bạn hỏi. Nó chỉ đơn giản là một hộp đa chiều được chỉ định
với một chỉ số bắt đầu (một vectơ cho một tọa độ voxel) và một vectơ đếm (một số
voxels dọc theo mỗi trục). Một lát cắt duy nhất trong một tập là một dấu gạch chéo (với số lượng là 1
theo hướng lát cắt), một khối nhỏ được kéo ra từ một khối lượng lớn là một khối siêu âm,
âm lượng tiếng vọng duy nhất trong bộ dữ liệu MRI đa tiếng vang là một siêu âm, một thời điểm ra khỏi một
mua lại động là một quảng cáo cao cấp - bạn có được ý tưởng. Kiểm tra -Khởi đầu, -đếm và
-phạm vi các tùy chọn để biết thêm chi tiết về cách thực hiện việc này (và xem các ví dụ!). nếu bạn
chỉ kéo ra một điểm dọc theo một thứ nguyên, bạn có tùy chọn làm cho
không gian biến mất, vì vậy hình dạng nhỏ cung cấp cho bạn khả năng giảm kích thước của
một tệp minc. Ngoài ra, bạn không bị ràng buộc phải chỉ định một hyperslab chỉ nằm trong
tệp đầu vào, bạn có thể mở rộng ra ngoài giới hạn của các kích thước trong tệp đầu vào và
hơn nữa, bạn có thể đưa ra một số đếm sẽ lật dữ liệu theo một thứ nguyên.

Như thể tất cả những điều đó là chưa đủ, hình dạng nhỏ có khả năng sắp xếp lại thứ tự các kích thước. Nhiều nhất
trường hợp rõ ràng là chuyển đổi một hình ảnh ngang thành một hình ảnh đăng quang. Nhưng bạn có thể gõ một
danh sách tên thứ nguyên để có thứ tự kích thước tùy ý.

Bạn muốn nhiều hơn nữa!?! Được rồi được rồi. hình dạng nhỏ thực hiện tất cả các hoạt động ICV của thư viện minc
có sẵn trên dòng lệnh. Đối với những người thích những thứ được định nghĩa, ICV là một hình ảnh
biến chuyển đổi (đừng hỏi tôi tại sao tôi lại gọi nó như vậy) về cơ bản cho phép bạn cho biết
dữ liệu nó sẽ trông như thế nào. Nói cách khác, nó thực hiện một loạt chuyển đổi cho bạn.
Các chuyển đổi này bao gồm thay đổi loại, phạm vi và chuẩn hóa các giá trị voxel,
mở rộng hoặc thu nhỏ hình ảnh (bằng cách nhân đôi voxel hoặc lấy trung bình) để đưa ra một
kích thước hình ảnh và chuyển đổi hình ảnh vectơ thành vô hướng.

Để bạn không bị nhầm lẫn, hãy để tôi nói rõ cho bạn ở đây: hình dạng nhỏ làm tất cả
Các chuyển đổi ICV đầu tiên và sau đó là hyperslab và thứ nguyên sắp xếp lại thứ nguyên được áp dụng cho
kết quả của điều đó. Vì vậy, nếu bạn muốn kết hợp chúng với nhau (như -imgsize, -Khởi đầu, -đếm),
hãy hiểu rõ điều đó trong đầu của bạn trước.

Được rồi, giữ chỗ cho bạn: đây là danh sách các tùy chọn.

LỰA CHỌN

Lưu ý rằng các tùy chọn có thể được chỉ định ở dạng viết tắt (miễn là chúng là duy nhất) và
có thể được cung cấp ở bất kỳ đâu trên dòng lệnh.

Tổng Quát lựa chọn

-2 Tạo tệp đầu ra định dạng MINC 2.0.

-có khăn
Ghi đè một tệp hiện có.

-noclobber
Không ghi đè lên tệp hiện có (mặc định).

-bèo thuyền
In thông tin tiến độ cho từng đoạn dữ liệu được sao chép (mặc định). Một đoạn
thay đổi về kích thước phụ thuộc chủ yếu vào việc bạn có đặt hàng lại kích thước hay không và
bộ đệm bên trong được phép lớn như thế nào.

-Yên lặng Không in ra thông tin tiến độ.

-max_chunk_size_in_kb kích thước
Chỉ định kích thước tối đa của bộ đệm sao chép (tính bằng kbyte). Mặc định là 4096 kbyte
(4 triệu).

Hình ảnh Chuyển đổi lựa chọn (điểm ảnh kiểu và phạm vi):

Mặc định cho loại, dấu hiệu và phạm vi hợp lệ là sử dụng các giá trị của tệp đầu vào. Nếu loại là
được chỉ định, thì cả dấu hiệu và phạm vi hợp lệ đều được đặt thành mặc định cho loại đó. Nếu dấu là
được chỉ định, thì phạm vi hợp lệ được đặt thành mặc định cho loại và ký hiệu.

-loại tệp
Không thực hiện bất kỳ chuyển đổi loại nào (mặc định).

-byte Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng số nguyên 8 bit.

-ngắn Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng số nguyên 16 bit.

-NS Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng số nguyên 32 bit.

-Dài Được thay thế bởi -NS.

-Phao nổi Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng dấu chấm động 32-bit.

-gấp đôi
Lưu trữ voxels đầu ra ở định dạng dấu chấm động 64-bit.

-đã ký
Viết ra các giá trị dưới dạng số nguyên có dấu (mặc định cho ngắn và dài). Bỏ qua cho
các loại dấu phẩy động.

-chưa ký
Viết ra các giá trị dưới dạng số nguyên không dấu (mặc định cho byte). Bỏ qua vì thả nổi
các loại điểm.

-phạm vi hợp lệ phút tối đa
chỉ định phạm vi hợp lệ của giá trị voxel đầu ra trong biểu diễn số nguyên của chúng.
Mặc định là phạm vi đầy đủ cho loại và ký hiệu. Tùy chọn này bị bỏ qua đối với
các giá trị dấu phẩy động.

-image_range phút tối đa
Chuẩn hóa hình ảnh thành giá trị thực tối thiểu và tối thiểu nhất định (không phải giá trị voxel).

- chuẩn hóa
Chuẩn hóa hình ảnh đến mức tối thiểu và tối đa thực cho toàn bộ tệp đầu vào.

- chuẩn hóa
Không chuẩn hóa hình ảnh (mặc định).

-nopixfill
Không chuyển đổi các giá trị nằm ngoài phạm vi trong tệp đầu vào, chỉ cần sao chép chúng qua.

-pixfill
Thay thế các giá trị nằm ngoài phạm vi trong tệp đầu vào bằng giá trị nhỏ nhất có thể (mặc định).

-pixfillgiá trị giá trị
Chỉ định một giá trị pixel mới để thay thế các giá trị nằm ngoài phạm vi trong tệp đầu vào.

Hình ảnh Chuyển đổi lựa chọn (kích thước hướng và kích thước):

-vô hướng
Chuyển đổi hình ảnh vectơ thành hình ảnh vô hướng (hình ảnh vectơ là một hình ảnh có vector_dimension
là thứ nguyên thay đổi nhanh nhất). Kích thước vectơ bị xóa và các giá trị là
tính trung bình.

-mũi mũi
Không chuyển đổi hình ảnh vectơ thành hình ảnh vô hướng (mặc định).

+ hướng
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước dương cho các trục không gian. Lưu ý rằng việc lật
của trục không gian chỉ áp dụng cho "kích thước hình ảnh". Đây là hai nhanh nhất
các kích thước khác nhau (không phải vectơ) trong tệp. Nếu bạn muốn lật một hình ảnh không phải hình ảnh
, bạn có thể chuyển đổi nó thành một kích thước hình ảnh với -làm mờ tên mờ= -1 (Các
-1 có nghĩa là không thực sự thay đổi kích thước). Kiểm tra các ví dụ.

-phương hướng
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước âm cho các trục không gian.

-chuyển hướng
Không lật hình ảnh dọc theo trục không gian (mặc định).

+ xdirection
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước xspace: dương (từ trái sang phải).

-xhướng
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước xspace: (từ phải sang trái).

-xanydirection
Không lật hình ảnh dọc theo trục x.

+ ydirection
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước yspace: (sau-trước-trước).

-chuyển hướng
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước yspace: (trước-sau).

-yan hướng
Không lật hình ảnh dọc theo trục y.

+ zdirection
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước zspace: dương (thấp hơn đến cao hơn).

-zhướng
Lật hình ảnh để cung cấp giá trị bước không gian âm: (cao hơn đến thấp hơn).

-zanydirection
Không lật hình ảnh dọc theo trục z.

-giữ gìn
Giữ nguyên tỷ lệ khung hình khi thay đổi kích thước hình ảnh. Điều này có nghĩa là voxels được nhân rộng
(hoặc tính trung bình) cùng một số lần dọc theo mỗi kích thước hình ảnh.

-nokeepaspect
Không buộc duy trì tỷ lệ khung hình khi thay đổi kích thước hình ảnh (mặc định).

-imgsize kích thước
Chỉ định kích thước hình ảnh mong muốn (được sử dụng nếu -quá kích thước or -kích thước không được đưa ra).

-quá kích thước kích thước
Chỉ định số hàng mong muốn trong hình ảnh.

-kích thước kích thước
Chỉ định số cột mong muốn trong hình ảnh.

-làm mờ kích thước=kích thước
Chỉ định kích thước của một thứ nguyên được đặt tên (kích thước=kích thước). Lưu ý rằng chỉ thay đổi kích thước
áp dụng cho "kích thước hình ảnh" - thường là hai kích thước thay đổi nhanh nhất (không phải vectơ)
các kích thước. Để thay đổi kích thước thứ nguyên, tất cả các thứ nguyên thay đổi nhanh nhất cho đến
kích thước được đặt tên được chuyển thành kích thước hình ảnh và sau đó những thứ này bị ảnh hưởng bởi
các tùy chọn hướng. Tên kích thước và kích thước phải nằm trong một dòng lệnh
đối số, vì vậy nếu bạn sử dụng dấu cách (không sao), hãy nhớ sử dụng dấu ngoặc kép để ẩn chúng
từ vỏ.

Định hình lại lựa chọn:

-ngang
Viết ra các lát cắt ngang.

-xương dọc
Viết ra các lát sagittal.

-vương miện
Viết ra các lát cắt coronal.

-thứ tự dim1,dim2,dim3, ...
Chỉ định thứ tự thứ nguyên, ở đâu lờ mờ? là tên của các kích thước. Bạn có thể cho
ít kích thước hơn tồn tại trong tệp: chúng được cho là thay đổi nhanh nhất
kích thước trong tệp đầu ra (vì vậy -ngang chính xác tương đương với -thứ tự
zspace, yspace, xspace). Một lần nữa, khoảng cách được phép giữa các tên, nhưng hãy nhớ
ẩn chúng khỏi shell bằng dấu ngoặc kép.

-phạm vi Sun.=Bắt đầu[,tính]
Chỉ định phạm vi của chỉ số thứ nguyên cho thứ nguyên Sun.. Nếu tính bị mất tích hoặc
0, thì nó được coi là có nghĩa là 1, nhưng loại bỏ thứ nguyên khỏi tệp đầu ra (a
số đếm 1 sẽ giữ nguyên một thứ nguyên là kích thước 1). Một tiêu cực tính nghĩa là lật dữ liệu
dọc theo chiều đó - trong trường hợp này Bắt đầu chỉ định tọa độ voxel cao nhất
cho thứ nguyên (-phạm vi xspace = 3, -3 cung cấp một phiên bản lật của
-phạm vi xspace = 1,3). Các tùy chọn -Khởi đầu và -đếm cung cấp một cách thay thế để
chỉ định cùng một thông tin.

-Khởi đầu tọa độ0,tọa độ1,tọa độ2, ...

Chỉ định góc bắt đầu của hyperslab (tọa độ đi từ thay đổi chậm nhất
chiều để nhanh nhất). Nếu ít tọa độ được cung cấp hơn thứ nguyên tồn tại trong
, sau đó chúng được giả định áp dụng cho các kích thước thay đổi chậm nhất và
tọa độ còn lại được đặt thành 0. Xem -phạm vi để biết thêm chi tiết. Cả hai -Khởi đầu và
-đếm cung cấp các vectơ tương ứng với kích thước tệp đầu vào sau hình ảnh
các tùy chọn chuyển đổi (ICV) đã được áp dụng.

-đếm kích thước0,kích thước1,kích thước2, ...
Chỉ định độ dài các cạnh của hyperslab để đọc (tọa độ đi từ thay đổi chậm nhất
chiều để nhanh nhất). Nếu cung cấp ít kích thước hơn kích thước tồn tại trong tệp,
thì chúng được giả định áp dụng cho các thứ nguyên thay đổi chậm nhất và các thứ nguyên còn lại
kích thước được đặt thành kích thước đầy đủ của kích thước. Nhìn thấy -phạm vi để biết thêm chi tiết.
Cả hai -Khởi đầu và -đếm cung cấp các vectơ tương ứng với kích thước tệp đầu vào sau
các tùy chọn chuyển đổi hình ảnh (ICV) đã được áp dụng.

Thiếu dữ liệu lựa chọn:

-không có điền
Sử dụng giá trị XNUMX cho các điểm bên ngoài khối lượng đầu vào (mặc định).

-lấp đầy Sử dụng giá trị điền cho các điểm nằm ngoài khối lượng đầu vào (giá trị nhỏ nhất có thể).

-fill giá trị giá trị
Chỉ định giá trị lấp đầy cho các điểm bên ngoài khối lượng đầu vào (đây là giá trị thực,
không phải là giá trị pixel).

Chung lựa chọn cho tất cả các lệnh:

-Cứu giúp In tóm tắt các tùy chọn dòng lệnh và thoát.

-phiên bản
In số phiên bản của chương trình và thoát.

VÍ DỤ:

Giả sử rằng chúng ta có một tập với các kích thước zspace, yspace, xspace (đó là chiều ngang)
và các kích thước 128, 256, 256. Nếu chúng ta muốn lấy phần 40 ra khỏi nó (giữ nguyên tọa độ
thông tin cho thứ nguyên zspace), sau đó chúng ta có thể sử dụng

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,1

Ngoài ra, chúng tôi có thể sử dụng

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0 -tài khoản 1,256,256

Hoặc đơn giản

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40 -tài khoản 1

Nếu chúng tôi muốn loại bỏ thứ nguyên zspace, chúng tôi có thể sử dụng

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,0

Hãy lấy một khối ở giữa và lật nó theo xspace:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-bắt đầu 40,10,240 -tài khoản 1,200, -200

Nhưng tại sao phải kiềm chế bản thân? Hãy vượt ra khỏi giới hạn:

mincreshape original.mnc new.mnc \
-bắt đầu 40, -100,340 -tài khoản 1,200, -200

Nếu bạn muốn một khối lượng sagittal, hãy sử dụng cái này:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittal

Làm thế nào về một số đầu đi ngang - lật x và y. Và chuyển đổi sang byte để tiết kiệm dung lượng trong khi
chúng tôi đang ở đó:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace -byte

Bạn muốn lưu trữ khối lượng theo thứ tự x, y, z (z thay đổi nhanh nhất! Tôi biết một số người
làm đi!)? Được chứ.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace, zspace

Nhưng bạn là người theo chủ nghĩa tối giản (và không ngại nắm bắt cơ hội). Đây là điều tương tự (nhưng nó
có thể bị hỏng đối với tệp khác):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Hãy đảm bảo rằng tất cả các thứ nguyên đều có thuộc tính bước phủ định (xem tùy chọn + hướng
để biết một số chi tiết):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace = -1

Sử dụng mincreshape trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net