prof - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

prof - cấu trúc thứ cấp và dự báo khả năng tiếp cận dung môi

SYNOPSIS

hồ sơ [NHẬP TỆP+] [TÙY CHỌN]

MÔ TẢ

Cấu trúc thứ cấp được dự đoán bởi một hệ thống xếp hạng mạng nơ-ron ở mức mong đợi
độ chính xác trung bình> 72% cho ba trạng thái xoắn, sợi và vòng (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; và Rost & Sander,
Protein, 1994, 19, 55-72; đánh giá độ chính xác). Được đánh giá trên cùng một tập dữ liệu,
PROFsec được đánh giá ở độ chính xác ba trạng thái cao hơn mười điểm phần trăm so với các phương pháp sử dụng
chỉ thông tin chuỗi đơn và cao hơn sáu điểm phần trăm so với,
ví dụ: một phương pháp sử dụng thông tin căn chỉnh dựa trên số liệu thống kê (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). Dự đoán PHDsec có ba tính năng chính:

1. cải thiện độ chính xác thông qua thông tin tiến hóa từ nhiều liên kết trình tự
2. dự đoán chuỗi beta được cải thiện thông qua một quy trình đào tạo cân bằng
3. dự đoán chính xác hơn về các phân đoạn cấu trúc thứ cấp bằng cách sử dụng hệ thống nhiều cấp

Khả năng tiếp cận dung môi được dự đoán bởi xếp hạng phương pháp mạng nơ-ron ở mức tương quan
hệ số (mối tương quan giữa dung môi tương đối quan sát được bằng thực nghiệm và dự đoán
khả năng tiếp cận) của 0.54 được xác thực chéo trên tập hợp 238 protein hình cầu (Rost & Sander,
Protein, 1994, 20, 216-226; đánh giá độ chính xác). Đầu ra của mạng nơ-ron
mã cho 10 trạng thái của khả năng tiếp cận tương đối. Được biểu thị bằng đơn vị của sự khác biệt
giữa dự đoán bằng mô hình tương đồng (phương pháp tốt nhất) và dự đoán ngẫu nhiên (xấu nhất
phương pháp), PROFacc vượt trội hơn 26 điểm phần trăm so với mạng nơ-ron tương đương
sử dụng ba trạng thái đầu ra (chôn, trung gian, tiếp xúc) và không sử dụng thông tin từ
nhiều căn chỉnh.

Các xoắn xuyên màng trong các protein màng tích hợp được dự đoán bởi một hệ thống nơron
mạng lưới. Thiếu sót của hệ thống mạng là các vòng xoắn thường quá dài
dự đoán. Chúng được cắt bởi một bộ lọc thực nghiệm. Dự đoán cuối cùng (Rost và cộng sự,
Khoa học Protein, 1995, 4, 521-533; đánh giá độ chính xác) có một dư lượng dự kiến
độ chính xác khoảng 95%. Số lượng dương tính giả, tức là, xoắn xuyên màng
dự đoán trong các protein hình cầu, là khoảng 2%. Dự đoán mạng nơ-ron của
các xoắn xuyên màng (PHDhtm) được tinh chỉnh bởi một thuật toán giống như lập trình động. Điều này
phương pháp dẫn đến dự đoán đúng về tất cả các xoắn xuyên màng cho 89% trong số 131
protein được sử dụng trong một thử nghiệm xác nhận chéo; hơn 98% các xoắn xuyên màng là
dự đoán chính xác. Đầu ra của phương pháp này được sử dụng để dự đoán cấu trúc liên kết, tức là
định hướng của số hạng N đối với màng. Độ chính xác mong đợi của
dự đoán topo là> 86%. Độ chính xác của dự đoán cao hơn mức trung bình đối với sinh vật nhân chuẩn
protein và thấp hơn mức trung bình đối với sinh vật nhân sơ. PHDtopology chính xác hơn tất cả
các phương pháp khác được thử nghiệm trên các tập dữ liệu giống hệt nhau.

Nếu không có tùy chọn tệp đầu ra (chẳng hạn như --fileRdb or --fileOut) được định dạng RDB
đầu ra được viết thành ./INPUTFILENAME.prof trong đó 'prof' thay thế phần mở rộng của
tập tin đầu vào. Thiếu phần mở rộng '.prof' được thêm vào tên tệp đầu vào.

Đầu ra định dạng
Định dạng RDB là tự chú thích, xem kết quả đầu ra ví dụ trong / share / profphd / prof / exa.

THAM KHẢO

Rost, B. và Sander, C. (1994a). Kết hợp thông tin tiến hóa và mạng nơ-ron để
dự đoán cấu trúc bậc hai của protein. Protein, 19(1), 55-72.
Rost, B. và Sander, C. (1994b). Bảo tồn và dự đoán khả năng tiếp cận dung môi trong
họ protein. Protein, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., và Sander, C. (1995). Các xoắn xuyên màng
dự đoán với độ chính xác 95%. Protein Sci, 4(3), 521-33.

LỰA CHỌN

Xem từng từ khóa để được trợ giúp thêm. Hầu hết trong số này có khả năng bị hỏng.

một kiểu kết nối thay thế (mặc định = 3)

3 dự đoán sec + acc + htm

acc dự đoán khả năng tiếp cận dung môi, chỉ

ali thêm căn chỉnh vào (các) tệp đầu ra PROF 'con người có thể đọc được'

arch
kiến trúc hệ thống (ví dụ: SGI64 | SGI5 | SGI32 | SUNMP | ALPHA)

ascii
ghi (các) tệp đầu ra PROF 'có thể đọc được'

tốt
PROF với độ chính xác tốt nhất và thời gian chạy lâu nhất

cả hai
dự đoán cấu trúc thứ cấp và khả năng tiếp cận dung môi

dữ liệu
dữ liệu = cho HTML out: chỉ những phần dự đoán được viết

gỡ lỗi
giữ hầu hết các tệp trung gian, in thông báo gỡ lỗi

dirWork
thư mục công việc, mặc định: một thư mục tạm thời từ File :: Temp :: tempdir. Phải đầy đủ
con đường đủ điều kiện.

Đã biết để làm việc.

doEval
NÊN đánh giá cho danh sách (chỉ cho các cấu trúc và danh sách đã biết)

doFilterHssp
lọc tệp HSSP đầu vào (không bao gồm một số cặp)

doHtmfil
NÊN lọc dự đoán màng (mặc định)

làmHtmisit
NÊN kiểm tra độ bền của xoắn màng dự đoán (mặc định)

doHtmref
NÊN tinh chỉnh dự đoán màng (mặc định)

doHtmtop
Cấu trúc liên kết xoắn màng DO (mặc định)

dsp
chuyển đổi PROF sang định dạng DSSP

mở rộng
mở rộng chèn khi chuyển đổi đầu ra sang định dạng MSF

Rychle
PROF với độ chính xác thấp nhất và tốc độ cao nhất

tập tinCasp
tên của đầu ra PROF ở định dạng CASP (file.caspProf)

tập tinDssp
tên của đầu ra PROF ở định dạng DSSP (file.dsspProf)

tệpHtml
tên của đầu ra PROF ở định dạng HTML (file.htmlProf)

tập tinMsf
tên của đầu ra PROF ở định dạng MSF (file.msfProf)

tập tinNotHtm
tên của tệp gắn cờ mà không tìm thấy xoắn màng

tập tinOut
tên của đầu ra PROF ở định dạng RDB (file.rdbProf)

Đã biết để làm việc.

tập tinProf
tên của đầu ra PROF ở định dạng con người có thể đọc được (file.prof)

Bị hỏng.

tập tinRdb
tên của đầu ra PROF ở định dạng RDB (file.rdbProf)

Đã biết để làm việc.

tập tinSaf
tên của đầu ra PROF ở định dạng SAF (file.safProf)

lọc
lọc tệp HSSP đầu vào (không bao gồm một số cặp)

tốt
PROF với độ chính xác tốt và tốc độ vừa phải

đồ thị
thêm đồ thị ASCII vào (các) tệp đầu ra PROF 'con người có thể đọc được'

htm sử dụng: 'htm = 'cung cấp tối thiểu xoắn xuyên màng được phát hiện mặc định là' htm = 0 '
(tương ứng. htm = 0.8) số lượng nhỏ hơn dương tính giả nhiều hơn và âm tính giả ít hơn!

đối số html
'hmtl' hoặc 'html = 'viết định dạng HTML của dự đoán' html 'sẽ dẫn đến
rằng đầu ra PROF được chuyển đổi thành HTML 'html = body' hạn chế tệp HTML đối với
Phần thẻ HTML_BODY 'html = head' giới hạn tệp HTML trong phần thẻ HTML_HEADER
'html = all' cung cấp cho cả HEADER và BODY

giữConv
giữ nguyên chuyển đổi tệp đầu vào sang định dạng HSSP

đối số keepFilter
<* | doKeepFilter = 1> giữ tệp HSSP đã lọc

đối số keepHssp
<* | doKeepHssp = 1> giữ tệp HSSP trung gian

đối số keepNetDb
<* | doKeepNetDb = 1> giữ (các) tệp DbNet trung gian

đối số danh sách
<* | isList = 1> tệp đầu vào là danh sách các tệp

msf chuyển đổi PROF thành định dạng MSF

tốt đẹp
cho 'nice-D' để đặt giá trị tốt (ưu tiên) của công việc

không có đầu giáo sư
KHÔNG sao chép tệp có bảng vào thư mục cục bộ

không tìm kiếm
viết tắt của doSearchFile = 0, tức là không tìm kiếm các tệp DB

noascii
viết surpress tệp kết quả ASCII (tức là con người có thể đọc được)

nohtml
surpress viết tệp kết quả HTML

không để ý
công việc sẽ không được bắt buộc, tức là không được chạy với mức độ ưu tiên thấp hơn

không đánh giá
KHÔNG kiểm tra độ chính xác ngay cả khi cấu trúc đã biết

không phảiHtmfil
KHÔNG lọc dự đoán màng

không phải Htmisit
KHÔNG kiểm tra xem liệu xoắn màng có đủ mạnh hay không

không phảiHtmref
KHÔNG tinh chỉnh dự đoán màng

khôngHtmtop
KHÔNG cấu trúc liên kết xoắn màng

nresPerLineAli
Số ký tự được sử dụng cho tệp MSF. Mặc định: 50.

sốMin
Số lượng dư tối thiểu để chạy mạng, nếu không thì prd = SymbolPrdShort. Mặc định: 9.

lựa chọn Ban giám khảo
Thêm PHD vào ban giám khảo. Mặc định: `bình thường, usePHD '.

Nhiều tham số khác thay đổi giá trị mặc định cho tham số này như một hiệu ứng phụ, danh sách là
không toàn diện:

phd, nophd, / ^ para (3 | Cả | Sec | Acc | Htm | CapH | CapE | CapHE) /, / ^ para? /, jct

para3
Tệp thông số cho sec + acc + htm. Mặc định: ` /net/PROFboth_best.par '.

paraAcc
Tệp thông số cho acc. Mặc định: ` /net/PROFacc_best.par '.

cho cả hai
Tệp thông số cho sec + acc. Mặc định: ` /net/PROFboth_best.par '.

ký sinh
Tệp thông số cho giây. Mặc định: ` /net/PROFsec_best.par '.

riSubAcc
Chỉ số độ tin cậy tối thiểu (RI) cho tập con PROFacc. Mặc định: 4.

riSubSec
Chỉ số độ tin cậy tối thiểu (RI) cho PROFsec tập hợp con. Mặc định: 5.

riSubSym
Biểu tượng cho dư lượng được dự đoán với RI <riSubSec / Acc. Mặc định: `. '.

nhảy
sự cố, hướng dẫn sử dụng, gợi ý, ký hiệu, txt, đã biết, XONG, Ngày, ngày, aa, Lhssp, numaa,
mã

saf chuyển đổi PROF thành định dạng SAF

scrAddTrợ giúp
mục tiêu
chuyển đổi mạng thần kinh

scrHelpTxt
Định dạng tệp đầu vào được chấp nhận:
hssp, dssp, msf, saf, fastamul, pirmul, fasta, pir, gcg, swiss

rà soát
list_of_files (hoặc một tệp) tham số_tệp

tên người
prof

scrNarg
2

giây dự đoán cấu trúc thứ cấp, chỉ

im lặng
không có thông tin nào được ghi vào màn hình - đây là mặc định

bỏ qua
không hủy bỏ nếu thiếu tập tin đầu vào!

nguồnTệp
prof

thử nghiệm
chỉ là một bài kiểm tra (nhanh hơn)

dịch-jobid-in-param-giá trị
Chuỗi 'jobid' được thay thế bằng $ par {jobid}

tst chạy nhanh qua chương trình, độ chính xác thấp

người sử dụng
tên người dùng

--phiên bản
Phiên bản in

Sử dụng hồ sơ trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net