profbval - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

profbval - dự đoán dư lượng linh động / cứng từ trình tự

SYNOPSIS

profbval

MÔ TẢ

PROFbval là mạng nơ-ron được đào tạo dựa trên dữ liệu giá trị B xương sống từ cấu trúc tia X.
PROFbval được đào tạo về một chuỗi cấu trúc protein có độ phân giải cao duy nhất từ
PDB.

Tính linh động của một phần dư nhất định trên bề mặt protein có liên quan đến vai trò chức năng của nó.
Một thước đo phổ biến về tính linh động của nguyên tử trong protein là dữ liệu giá trị B từ tinh thể học tia X
cấu trúc. PROFbval là một phương pháp dự đoán các giá trị B xương sống từ trình tự axit amin.
PROFbval có thể hữu ích cho cả dự đoán cấu trúc và chức năng của protein. Ví dụ,
một nhà sinh vật học có thể xác định các yếu tố quyết định kháng nguyên tiềm tàng bằng cách xác định các yếu tố linh hoạt nhất
cặn trên bề mặt protein. Ngoài ra, một nhà tinh thể học có thể xác định vị trí các chất cặn
có khả năng có giá trị B thử nghiệm cao.

Chuyển đổi of PSI-BẠN liên kết đến HSSP định dạng
Quy trình cập nhật nhất có thể được tìm thấy tại
.

1. Chuyển đổi đầu ra BLAST sang Định dạng Căn chỉnh Đơn (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta = maxAli = 3000 eSaf = 1 \
két sắt =

2. Chuyển đổi định dạng SAF sang HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn = saf formatOut = hssp \
fileOut = exeConvertSeq = convert_seq

3. Lọc kết quả đến 80% dự phòng:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red = 80 fileOut =

Đầu ra định dạng
Mô tả này áp dụng cho định dạng đầu ra mặc định.

con số
số dư

dư lượng
loại dư lượng

giá trị thô thô của sự khác biệt giữa hai nút đầu ra

bnorm
dự đoán giá trị B chuẩn hóa, các giá trị được chuẩn hóa để trong một trình tự nhất định,
giá trị trung bình là 0 và độ lệch chuẩn là 1. Giá trị càng cao thì càng nhiều
linh hoạt một dư lượng được dự đoán là.

Chế độ không nghiêm ngặt (NS)
chỉ ra trên một cặn dẻo. Theo chế độ NS, hầu hết các dư lượng là
Linh hoạt; do đó, dư lượng trên bề mặt được dự đoán là cứng có khả năng
có vai trò chức năng.

Chế độ nghiêm ngặt (S)
chỉ ra trên một cặn dẻo. Theo chế độ S, khoảng một phần ba lượng dư
mềm dẻo, do đó, một đoạn dư lượng được dự đoán là mềm dẻo có thể
quan trọng đối với chức năng của protein.

THAM KHẢO

Schlessinger A, Yachdav G, & Rost B. PROFbval: dự đoán phần dư linh hoạt và cứng trong
các protein. Tin sinh học. 2006 ngày 1 tháng XNUMX;22(7): 891-3.
Schlessinger A, Rost B. Độ linh hoạt và độ cứng của protein được dự đoán từ trình tự.
Protein. 2005 ngày 1 tháng XNUMX;61(1): 115-26.

LỰA CHỌN

FASTA_FILE
Tệp chứa trình tự axit amin protein ở định dạng fasta.

RDBPROF_FILE
Cấu trúc thứ cấp và dự đoán khả năng tiếp cận dung môi bằng PROF ở định dạng rdb.

HSSP_FILE
Đã chuyển đổi tệp hồ sơ căn chỉnh PSI-BLAST sang định dạng HSSP.

OUTPUT_FILE
Tên của tệp đầu ra PROFbavl cuối cùng. Bạn có thể cung cấp nhiều tệp đầu ra. Bạn
thì có lẽ cũng muốn cung cấp danh sách các chế độ đầu ra, một chế độ cho mỗi tệp đầu ra.
Phân cách các mục nhập bằng ',' (không được phép có dấu phẩy trong tên tệp).

Cửa sổ
Đây là cửa sổ làm mịn mong muốn cho đầu ra. Phương pháp đã được đào tạo trên window
của 9.

OUTPUT_MODE
PROFbval có thể tạo các tệp đầu ra ở các định dạng khác nhau cho các mục đích khác nhau. Các
chế độ đầu ra mặc định cho gói là 6. Bạn có thể cung cấp nhiều chế độ đầu ra. Bạn
thì có lẽ bạn cũng muốn cung cấp danh sách các tệp đầu ra, một tệp cho mỗi chế độ đầu ra.
Tách các mục nhập bằng ','.

Chế độ: '-1', '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', 'snap', 'snapfun'

5 cho siêu rối loạn(1)

chụp
chụp nhanh
Trong cáp chụp nhanh(1)

DEBUG
Mặc định: 0. Kích hoạt bằng 1.

THÍ DỤ

profbval /usr/share/doc/profbval/examples/cad23.f /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.hssp cad23.profbval 9 6

MÔI TRƯỜNG

PROFBVAL_ROOT
Thư mục dùng để tra cứu ./scr/createDataFile.pl, ./scr/PROFbval.pl và
./nn_files/jct.in. Nếu không được đặt / usr / share / profbval Được sử dụng.

Sử dụng profbval trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net