Đây là sindex lệnh có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi, chẳng hạn như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
sindex - lập chỉ mục cơ sở dữ liệu trình tự để tìm nạp
SYNOPSIS
chỉ điểm [tùy chọn] seqfile1 [seqfile2 ...]
MÔ TẢ
chỉ điểm lập chỉ mục một hoặc nhiều tập tin tiếp theo để truy xuất trình tự trong tương lai trước tìm nạp. SSI
("chỉ mục trình tự mực") được tạo trong cùng thư mục với các tệp trình tự. Qua
mặc định, tệp này được gọi là .ssi.
Nếu có nhiều hơn một tệp trình tự trên dòng lệnh, tên tệp SSI sẽ là
được xây dựng từ tên tệp trình tự cuối cùng. Đây có thể không phải là điều bạn muốn; xem -o
tùy chọn để chỉ định tên riêng của bạn cho tệp SSI.
chỉ điểm có khả năng lập chỉ mục các tệp lớn (> 2 GB) nếu hỗ trợ LFS tùy chọn đã được bật
tại thời điểm biên dịch. Xem hướng dẫn CÀI ĐẶT đi kèm với @ PACKAGE @.
LỰA CHỌN
-h In sự trợ giúp ngắn gọn; bao gồm số phiên bản và tóm tắt của tất cả các tùy chọn, bao gồm
các tùy chọn của chuyên gia.
-o <ssi outfile>
Hướng chỉ mục SSI đến một tệp có tên . Theo mặc định, tệp SSI sẽ đi
đến .ssi.
EXPERT LỰA CHỌN
- 64 Buộc tệp SSI ở chế độ 64-bit (seqfile lớn), ngay cả khi seqfile nhỏ.
Bạn không muốn làm điều này trừ khi bạn đang gỡ lỗi.
--bên ngoài
Buộc chỉ điểm để thực hiện việc sắp xếp bản ghi của nó bằng cách sắp xếp bên ngoài (trên đĩa). Đây chỉ là
cũng hữu ích cho việc gỡ lỗi.
--thông tin
Chỉ định rằng tệp trình tự chắc chắn có định dạng ; khối tệp trình tự
định dạng tự động phát hiện. Điều này rất hữu ích trong các đường ống tự động, vì nó cải thiện
mạnh mẽ (tự động phát hiện đôi khi có thể bị sai trên một
tập tin). Các ví dụ phổ biến bao gồm genbank, embl, gcg, pir, stockholm, clustal, msf hoặc
chất phylip; xem tài liệu in để biết danh sách đầy đủ các tên định dạng được chấp nhận.
--pfamseq
Một bản hack cho Pfam; lập chỉ mục một tệp FASTA được biết là có các dòng định danh trong
định dạng "> [tên] [quyền truy cập] [mô tả tùy chọn]". Thông thường chỉ có trình tự
tên sẽ được lập chỉ mục làm khóa chính trong tệp FASTA SSI, nhưng điều này cho phép
lập chỉ mục cả tên (như một khóa chính) và quyền truy cập (như một khóa phụ).
Sử dụng sindex trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
