squizz - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

tiếng rít - Trình kiểm tra định dạng trình tự

SYNOPSIS

tiếng rít [-Ahlns] [-c định dạng] [-f định dạng] hồ sơ

LỰA CHỌN

Các tùy chọn dòng lệnh sau được cho phép:

-Hạn chế phát hiện / xác minh đối với các định dạng căn chỉnh (xung đột với -S Tùy chọn).

-Hạn chế phát hiện / xác minh đối với các định dạng trình tự (xung đột với -A Tùy chọn).

-c định dạng
Chuyển đổi trình tự / căn chỉnh đã phát hiện thành định dạng. Tùy chọn này ngụ ý sự liên kết chặt chẽ
kiểm tra.

-f định dạng
Giả sử định dạng đầu vào là định dạng. Đừng cố gắng phát hiện định dạng, chỉ cần xác minh rằng
đưa ra một là chính xác.

-h Màn hình sử dụng.

-l Liệt kê tất cả các định dạng được hỗ trợ.

-n Đếm và báo cáo các mục đã phát hiện. Tùy chọn này chỉ khả dụng khi phát hiện
bị hạn chế ở một loại duy nhất (với -A or -S tùy chọn) và kiểm tra nghiêm ngặt (không có -s
tùy chọn) được bật.

-s Tắt kiểm tra định dạng nghiêm ngặt (được bật theo mặc định).

MÔ TẢ

tiếng rít là một trình kiểm tra tệp định dạng trình tự, nhưng nó cũng có một số khả năng chuyển đổi.

tiếng rít có thể phát hiện các định dạng trình tự và căn chỉnh phổ biến nhất:

* CODATA, EMBL, NHANH CHÓNG, GCG, DEG, NGÂN HÀNG GENBANK, IG, NBRF (pir), RAWvà SWISSPROT.

* CỤM, NHANH CHÓNG, MSF, NEXUS, PHYLIP (xen kẽ và tuần tự) và STOCKHOLM.

tiếng rít cũng có thể thực hiện một số chuyển đổi, nếu định dạng mà định dạng đầu vào được hỗ trợ. Chỉ 3
có sẵn các loại: trình tự để trình tự, căn chỉnh để căn chỉnh và căn chỉnh để
trình tự (trình tự cuối cùng, trình tự để căn chỉnh, yêu cầu nhiều thuật toán căn chỉnh và
không thể được xử lý bằng các công cụ định dạng).

Kiểm tra định dạng nghiêm ngặt xác thực các đối tượng đã phát hiện trước đó, bằng cách thực hiện một số tỉnh táo
Séc:

- chuỗi chuỗi phải tồn tại.
- sự liên kết được thực hiện từ nhiều hơn một trình tự.
- các chuỗi liên kết phải có cùng độ dài.
- tên trình tự căn chỉnh phải tồn tại và là duy nhất.

Sử dụng squizz trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net