Đây là lệnh WigeoN có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
wigeon - tái hoàn thiện tiện ích phát hiện dị thường DNA của Pintail 16S
MÔ TẢ
WigeoN kiểm tra sự bảo toàn trình tự giữa một truy vấn và một tham chiếu đáng tin cậy
, cả hai đều ở định dạng căn chỉnh NAST. Dựa trên nhận dạng trình tự giữa các truy vấn
và trình tự tham chiếu, có một lượng thay đổi dự kiến giữa sự liên kết.
Nếu sự biến thiên quan sát được lớn hơn lượng tử 95% của sự phân bố
biến thể quan sát được giữa các trình tự không dị thường, sau đó nó được gắn cờ là dị thường.
WigeoN là một trình diễn lại dựa trên dòng lệnh linh hoạt của thuật toán Pintail Appl
Môi trường vi sinh. Tháng 2005 năm 7112; 7724: 36-XNUMX.
WigeoN hữu ích để gắn cờ chimeras và các điểm bất thường chỉ trong rRNA 16S có độ dài gần đầy đủ
trình tự. WigeoN thiếu độ nhạy với các chuỗi nhỏ hơn 1000 bp.
Để chạy WigeoN, bạn cần các chuỗi có định dạng NAST được tạo bởi tiện ích nast-ier.
WigeoN là một phần của bộ microbiomeutil.
LỰA CHỌN
Cần thiết:
--query_NAST
tệp multi-fasta chứa chuỗi truy vấn ở định dạng căn chỉnh
Tùy chọn:
--db_NAST
db ở định dạng NAST
--db_FASTA
db ở định dạng fasta (định dạng megablast)
--num_top_hits
mặc định 1: chỉ sử dụng kết hợp tốt nhất duy nhất.
--âm mưu
--GỠ LỖI
--exec_dir
cd tới execute_dir trước khi chạy
Sử dụng WigeoN trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
