Đây là ứng dụng Linux có tên EXCAVATOR-công cụ để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên EXCAVATOR-công cụ để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
EXCAVATOR-công cụ để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
CHÚ Ý !!!!! CHÚ Ý !!!!! CHÚ Ý !!!!! CHÚ Ý !!!!!Gần đây, chúng tôi đã xuất bản trên BMC Genomics một gói phần mềm mới, có tên XCAVATOR, để xác định CNV / CNA từ các bài đọc ngắn và dài các thí nghiệm giải trình tự toàn bộ bộ gen (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR được cung cấp miễn phí tại http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR là một gói phần mềm mới để phát hiện các biến thể số bản sao (CNV) từ dữ liệu giải trình tự toàn bộ ngoại vi.
EXCAVATOR đã được xuất bản trên Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
#####################
CHÚ Ý!!!!! Để sử dụng đúng công cụ EXCAVATOR, người dùng phải tải xuống các tệp mappability duy nhất tại liên kết sau:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (cho hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Tính năng
- Trình tự thế hệ tiếp theo
- Sao chép các biến thể số
- Toàn bộ Exome Sequencing
Ngôn ngữ lập trình
Perl
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
