Đây là ứng dụng Linux có tên fcGENE: Trình chuyển đổi định dạng kiểu gen để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng fcgene-1.0.7.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên là fcGENE: Trình chuyển đổi định dạng kiểu gen để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
fcGENE: Trình chuyển đổi định dạng kiểu gen để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
Ứng dụng chính gồm hai phần: thứ nhất để chuyển đổi dữ liệu SNP kiểu gen thành các định dạng của các công cụ truyền dữ liệu khác nhau như PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE và BIMBBAM, thứ hai để chuyển đổi dữ liệu được truyền vào thành các định dạng tệp khác nhau như PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT và SNPTEST.Các định dạng tệp có thể đọc được: plink-phả hệ (ped và bản đồ), plink-raw, plink-liều, mach, minimac, impute, snptest, beagle và bimbam. Tương tự như vậy, tất cả các loại tác động của đầu ra cũng được chấp nhận.
Các định dạng có thể được tạo bởi fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-liều lượng, mach-input, minimac-input, impute-input, beagle-input và bimbam-input, HAPLOVIEW-input, EIGENSOFT-input.
Ứng dụng khác:
-? lấy mẫu của các lệnh nhập cần thiết và các lệnh của công cụ nhập khác
- Kiểm soát chất lượng theo MAF, HWE & CALLRATE.
từ khóa: biến đổi kiểu gen, chuyển đổi định dạng kiểu gen, đầu ra truyền dữ liệu, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
Tính năng
- có thể thực hiện Kiểm soát chất lượng thông thái và khôn ngoan cho từng cá nhân và có thể lọc các SNP và cá nhân không đủ tiêu chuẩn trong khi chuyển đổi dữ liệu
- có thể thực hiện chuyển đổi định dạng hai chiều của Dữ liệu SNP kiểu gen (ví dụ: PLINK -> công cụ truyền dữ liệu và các công cụ truyền tải -> PLINK). Nó có thể đọc và ghi cả tệp phả hệ được định dạng plink và tệp nhị phân
- có thể lọc các SNP tiềm ẩn trên cơ sở điểm chất lượng
- có thể tạo các mẫu lệnh Công cụ phân tích GWA
- chuyển đổi dữ liệu kiểu gen từ định dạng của một công cụ áp đặt này sang định dạng khác.
- Chuyển đổi các tham chiếu áp đặt sang định dạng plink. Điều này giúp so sánh dữ liệu kiểu gen với bảng tham chiếu.
- có thể tạo dữ liệu snp ở định dạng GenABEL từ dữ liệu ban đầu được cung cấp ở các định dạng khác
- có thể tạo các tệp có định dạng khác nhau chứa liều lượng lớn tần số alen nhỏ
- rất hữu ích cho các nhà nghiên cứu làm việc trong lĩnh vực di truyền thống kê.
- được viết bằng c ++, sử dụng vùng chứa STL
- có thể đọc và ghi các tệp được nén địa lý
- có thể tính toán FST bằng lệnh --fst
- có thể đọc và viết dữ liệu kiểu gen chuẩn với số lượng alen và liều lượng alen
- có thể tạo các tệp định dạng vcf được sử dụng cho BEAGLE4
Ngôn ngữ lập trình
C + +
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
