Đây là ứng dụng Linux có tên FusionCatcher có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng fusioncatcher_v1.33.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên FusionCatcher với OnWorks này miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
FusionCatcher
Ad
MÔ TẢ
FusionCatcher tìm kiếm các gen dung hợp soma mới / đã biết, sự chuyển vị và chimeras trong dữ liệu RNA-seq (các lần đọc đầu cuối được ghép nối từ các nền tảng NGS của Illumina như Solexa và HiSeq) từ các mẫu bị bệnh.
Mục tiêu của FusionCatcher là:
- tỷ lệ phát hiện rất tốt để tìm các gen dung hợp ứng viên,
- rất dễ sử dụng (tức là không cần kiến thức ưu tiên về cơ sở dữ liệu và tin sinh học để chạy FusionCatcher),
- phát hiện rất tốt các gen dung hợp thách thức, chẳng hạn như hợp nhất IGH, hợp nhất CIC, hợp nhất DUX4, hợp nhất CRLF2, hợp nhất TCF3, v.v.
- càng tự động càng tốt (tức là FusionCatcher sẽ tự động chọn các tham số tốt nhất để tìm các gen dung hợp ứng viên, ví dụ: tự động tìm các bộ điều hợp, tự động xây dựng các điểm nối exon-exon dựa trên độ dài của các lần đọc đầu vào, v.v.) đồng thời cung cấp tỷ lệ phát hiện tốt nhất có thể để tìm kiếm các gen dung hợp.
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Ngôn ngữ lập trình
Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
