Đây là ứng dụng Linux có tên kSNP để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng kSNP3.1_Linux_package.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên kSNP này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
kSNP để chạy trong Linux trực tuyến
Ad
MÔ TẢ
kSNP xác định SNP pan-genome trong một tập hợp các trình tự genome và ước tính cây phát sinh loài dựa trên những SNP đó. Khám phá SNP dựa trên phân tích k-mer và không yêu cầu liên kết nhiều trình tự hoặc lựa chọn bộ gen tham chiếu, vì vậy kSNP có thể lấy 100 bộ gen vi sinh vật làm đầu vào. Quỹ tích SNP được xác định bởi một oligo có độ dài k bao quanh một alen SNP trung tâm. kSNP có thể phân tích cả bộ gen hoàn chỉnh (đã hoàn thành) và bộ gen chưa hoàn thành trong các khung đã lắp ráp hoặc các bài đọc thô, chưa được lắp ráp. Các bộ gen đã hoàn thành và chưa hoàn thành có thể được phân tích cùng nhau và kSNP có thể tự động tải xuống các tệp Ngân hàng gen của các bộ gen đã hoàn thiện và kết hợp thông tin trong các tệp đó vào chú thích SNP.Gardner, SN và Hall, BG 2013. Khi sự liên kết toàn bộ bộ gen không hoạt động: phần mềm kSNP v2 để khám phá SNP không căn chỉnh và phát sinh loài của hàng trăm bộ gen vi sinh vật. PLoS ONE, 8 (12): e81760.doi: 10.1371 / journal.pone.0081760
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
