Đây là ứng dụng Linux có tên OpenFold có bản phát hành mới nhất có thể tải xuống dưới dạng OpenFoldv1.0.1.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên OpenFold với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
Mở Gấp
MÔ TẢ
OpenFold sao chép cẩn thận (gần như) tất cả các tính năng của mã suy luận nguồn mở ban đầu (v2.0.1). Ngoại lệ duy nhất là tập hợp mô hình, vốn có kết quả kém trong thử nghiệm cắt bỏ của chính DeepMind và đang bị loại bỏ dần trong các thử nghiệm DeepMind trong tương lai. Nó được bỏ qua ở đây để giảm sự lộn xộn. Trong trường hợp bài báo Tự nhiên khác với nguồn, chúng tôi luôn chuyển sang nguồn sau. OpenFold có thể đào tạo ở độ chính xác hoàn toàn, độ chính xác một nửa hoặc bfloat16 có hoặc không có DeepSpeed và chúng tôi đã đào tạo nó từ đầu, phù hợp với hiệu suất của bản gốc. Chúng tôi đã phát hành công khai trọng số mô hình và dữ liệu đào tạo của mình — khoảng 400,000 MSA và tệp thành công mẫu PDB70 — theo giấy phép cho phép. Trọng lượng mô hình có sẵn thông qua tập lệnh trong kho lưu trữ này trong khi MSA được lưu trữ bởi Cơ quan đăng ký dữ liệu mở trên AWS (RODA).
Tính năng
- Suy luận nhanh hơn trên GPU, đôi khi gấp 2 lần
- Suy luận về các chuỗi cực dài, có thể thực hiện được bằng cách triển khai chú ý bộ nhớ thấp của chúng tôi
- Hạt nhân chú ý CUDA tùy chỉnh được sửa đổi từ hạt nhân của FastFold hỗ trợ chú ý tại chỗ trong quá trình suy luận và đào tạo
- Tập lệnh căn chỉnh hiệu quả bằng cách sử dụng đường dẫn AlphaFold HHblits/JackHMMER gốc hoặc ColabFold's
- Hỗ trợ FlashAttention tăng tốc đáng kể sự chú ý của MSA
- OpenFold cũng hỗ trợ suy luận bằng các tham số chính thức của AlphaFold
Ngôn ngữ lập trình
Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/openfold.mirror/. Nó đã được lưu trữ trong OnWorks để có thể chạy trực tuyến theo cách dễ dàng nhất từ một trong các Hệ điều hành miễn phí của chúng tôi.
