Đây là ứng dụng Linux có tên P3BSseq có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng P3BSseq_v2.1.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên P3BSseq này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
P3BSseq
MÔ TẢ
Xử lý trình tự bisulfit (BSseq) là một trong những ứng dụng giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS) cồng kềnh nhất. Mặc dù một số công cụ xử lý BSseq có sẵn, chúng nằm rải rác, yêu cầu các thông số khó hiểu và đòi hỏi thời gian chạy và sử dụng bộ nhớ. Chúng tôi đã phát triển P3BSseq, một đường ống xử lý song song để phân tích nhanh, chính xác và tự động BSseq đọc rằng cắt, căn chỉnh, chú thích, ghi lại kết quả trung gian, thực hiện đánh giá chất lượng chuyển đổi bisulfit, tạo BED methylome và các tệp báo cáo theo tiêu chuẩn NIH. P3BSseq làm tốt hơn các trình ánh xạ BSseq đã biết về thời gian chạy, yêu cầu phần cứng máy tính. Chúng tôi đã tối ưu hóa các tham số P3BSseq cho cả thư viện định hướng và không định hướng, và cho cả các lần đọc đầu cuối và đầu cuối ghép nối của Toàn bộ bộ gen và BSseq Đại diện giảm. P3BSseq là một giải pháp hợp lý thân thiện với người dùng để phân tích ngược dòng BSseq, chỉ yêu cầu kiến thức cơ bản về máy tính và NGS.
Tính năng
- Xử lý dữ liệu giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS)
- Phân tích metylomics DNA
- Tiến trình song song
- Giảm đại diện của trình tự Bisulfite (RRBS)
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối
Ngôn ngữ lập trình
Python
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
