Đây là ứng dụng Linux có tên Protospacer Workbench có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks dành cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên Protospacer Workbench với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
Bàn làm việc của Protospacer
MÔ TẢ
Protospacer Workbench giúp thiết kế, phân tích và chia sẻ các trang đích CRISPR cho bất kỳ sinh vật nào hoặc tập hợp các trình tự được định dạng FASTA.Việc thiết kế các RNA hướng dẫn cho hệ thống chỉnh sửa bộ gen CRISPR / Cas là dễ dàng về mặt trực quan, nhưng khó về mặt tính toán. Khó khăn chính nảy sinh từ nhu cầu xác định các mục tiêu tiềm ẩn có thể khác hoàn toàn so với mục tiêu đã định. Các công cụ trực tuyến hiện tại để thiết kế RNA hướng dẫn cung cấp giao diện thân thiện với người dùng cho phần mềm lập bản đồ trình tự như Bowtie hoặc BLAST. Tuy nhiên, mặc dù nhanh, nhưng các thuật toán ánh xạ này không được thiết kế với khả năng chịu lỗi cao, một tính năng quan trọng để xác định các mục tiêu tiềm ẩn. Trường hợp các công cụ trực tuyến thất bại, các công cụ ngoại tuyến thành công. Tuy nhiên, các công cụ ngoại tuyến yêu cầu kiến thức về dòng lệnh mà rất ít người sử dụng CRISPR có được. Protospacer Workbench nhằm mục đích thu hẹp khoảng cách giữa thiết kế RNA hướng dẫn trực tuyến và ngoại tuyến. Phần mềm hiện có sẵn cho OS X và sẽ sớm được chuyển sang các hệ điều hành khác.
Tính năng
- Tìm tất cả các mục tiêu CRISPR có sẵn một cách nhanh chóng
- Đánh giá kỹ lưỡng các thiết kế RNA hướng dẫn
- Chia sẻ mục tiêu và danh sách RNA hướng dẫn
- Thiết kế cho mọi sinh vật
- Quản lý nhiều cơ sở dữ liệu
- Quy trình làm việc từng bước
- Nhận báo cáo về hiệu suất dự kiến của RNA hướng dẫn
- Sử dụng nhiều công cụ của bên thứ ba từ một giao diện
- Thiết kế đa mục tiêu
- Quản lý danh sách mục tiêu / hướng dẫn-RNA lớn
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
