Đây là ứng dụng Windows có tên CRISPR-offinder-v1-2 có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng CRISPR-offinder-1.2.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên CRISPR-offinder-v1-2 này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động bất kỳ trình giả lập trực tuyến OS OnWorks nào từ trang web này, nhưng trình giả lập trực tuyến Windows tốt hơn.
- 5. Từ Hệ điều hành Windows OnWorks bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng và cài đặt nó.
- 7. Tải xuống Wine từ kho phần mềm phân phối Linux của bạn. Sau khi cài đặt, bạn có thể nhấp đúp vào ứng dụng để chạy chúng với Wine. Bạn cũng có thể thử PlayOnLinux, một giao diện đẹp mắt trên Wine sẽ giúp bạn cài đặt các chương trình và trò chơi phổ biến của Windows.
Wine là một cách để chạy phần mềm Windows trên Linux, nhưng không cần Windows. Wine là một lớp tương thích Windows mã nguồn mở có thể chạy các chương trình Windows trực tiếp trên bất kỳ máy tính để bàn Linux nào. Về cơ bản, Wine đang cố gắng triển khai lại đủ Windows từ đầu để nó có thể chạy tất cả các ứng dụng Windows đó mà không thực sự cần đến Windows.
MÀN HÌNH
Ad
CRISPR-offinder-v1-2
MÔ TẢ
Hệ thống CRISPR / Cas chắc chắn có tiềm năng lớn trong việc chỉnh sửa bộ gen. Sự phân tách vị trí đích bằng công nghệ CRISPR yêu cầu mô-típ liền kề protospacer (PAM) ngay lập tức xuống phía dưới hoặc ngược dòng của phần tử protospacer mà sgRNA liên kết với. Tuy nhiên, Cas9 từ các loại vi khuẩn hoặc biến thể khác nhau nhận ra các trình tự PAM khác nhau. Để đáp ứng nhu cầu của hệ thống CRISPR khác nhau với thiết kế sgRNA cụ thể và hiệu quả, CRISPR-offinder đã được phát triển.
Cung cấp tệp FASTA đầu vào của các vị trí mục tiêu và truy vấn bộ gen tham chiếu cũng như hệ thống CRISPR với độ dài bộ đệm xác định và trình tự PAM, công cụ độc lập này sẽ xác định các vị trí giả định và chỉ định hoạt động dự đoán dựa trên mô hình máy vectơ hỗ trợ được tiến hành bởi Người ghi điểm sgRNA 2.0. Ngoài ra, các sgRNA có hoạt động ngoài mục tiêu tối thiểu đã được Cas-OFFinder dự đoán và cho điểm với Xác định tần số cắt ngoài mục tiêu (CFD).
Tính năng
- CRISPR-offinder có thể cung cấp cho nhà sinh học dự bị một công cụ để xác định nhanh chóng và hiệu quả các vị trí mục tiêu chất lượng cao
- Phần mềm này có thể được sử dụng để thiết kế thư viện sgRNA cho bất kỳ loài nào
- Zhao và cộng sự, （2017） CRISPR-offinder: một thiết kế RNA hướng dẫn CRISPR và công cụ tìm kiếm ngoài mục tiêu cho mô típ liền kề protospacer do người dùng xác định. Tạp chí Khoa học Sinh học Quốc tế
Ngôn ngữ lập trình
Perl
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
