这是 ClonalFrame 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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ClonalFrame - 使用多位点序列数据推断细菌微进化
概要
ClonalFrame [OPTIONS] 输入文件输出文件
商品描述
ClonalFrame 标识样本成员之间的克隆关系，而
还估计具有同源重组事件的染色体位置
破坏了克隆遗传。
选项：
-x NUM 设置老化后的迭代次数（默认为 50000）
-y NUM 设置老化迭代次数（默认为 50000）
-z NUM 设置样本之间的迭代次数（默认为 100）
-e NUM 设置每次迭代的分支交换移动次数（默认为一半
时间花在分支交换上）
-m NUM 将 theta 的初始值设置为 NUM（默认为 Watterson 估计）
-d NUM 将 delta 的初始值设置为 NUM（默认为 0.001）
-n NUM 将 nu 的初始值设置为 NUM（默认为 0.01）
-r NUM 将 R 的初始值设置为 NUM（默认为初始 theta/10）
-M 更新 theta 的值
-D 不更新 delta 的值
-N 不更新 nu 的值
-R 不更新 R 的值
-T 不更新拓扑
-A 不更新节点的年龄
-G 消除所有间隙
-H 去除非多态位置的所有间隙
-t NUM 指示要使用的初始树：0 表示空树，1 表示统一选择
合并树和 2 用于 UPGMA 树（默认）
-w 文件
使用 Newick 文件作为初始树
-a NUM 设置 nu 的 beta 先验分布的第一个参数
-b NUM 设置 nu 的 beta 先验分布的第二个参数
-U 对 rho、theta 和 delta 使用统一的先验
-B 以突发模式运行
-C 在 UPGMA 模式下通过逐个站点引导程序运行
-c 在 UPGMA 模式下使用逐个片段引导程序运行
-S NUM 将随机数生成器的种子设置为 NUM
-E NUM 设置指数增长率（默认为 0）
-I 忽略对齐中的第一个块
-L 在运行 ClonalFrame 之前清理对齐
-l 两个参考点之间的最小距离（默认为 50）
-v 详细模式
使用 onworks.net 服务在线使用 ClonalFrame