indigo-deco - 云端在线

这是 indigo-deco 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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indigo-deco - 分子支架检测和 R 基团解卷积

概要


靛蓝装饰 [参数]

靛蓝装饰 -h

商品描述


靛蓝装饰 执行分子支架检测和R-基团解卷积。 公认
格式有:Molfile、SDFile、RDFile、SMILES 和 CML。

配置


靛蓝装饰 接受以下参数。

-h 打印帮助信息

-a 计算近似脚手架(默认为精确)

-s
将找到的最大脚手架写入 molfile

-S
将所有找到的脚手架写入 SD 文件

-l
不计算脚手架,而是从文件中加载它

-sr
将带有 R-sites 的脚手架写入文件

-o
将结果突出显示的分子写入文件

-r
将具有分离 r-groups 的结果分子写入文件

创建 无芳香考虑

-- 标记选项的结束

示例


靛蓝装饰 *.摩尔 -o 文件格式 -s sdf文件
从当前目录的 molfiles 中读取分子,保存找到的最大脚手架
到 scaf.mol 并将突出显示的分子保存到 hl.sdf。

靛蓝装饰 结构.mol 许多.sdf -s 骨架分子 -S 所有scafs.sdf -r sdf文件
从 structure.mol 中读取一个分子,从 many.sdf 中读取多个分子,保存
将带有 r-rgoups 的分子复制到 rg.sdf 并将所有找到的支架保存到 allscafs.sdf。

靛蓝装饰 *.smi -d Readyscaf.mol -o 文件格式
从当前目录下的每个 SMILES 文件中读取多个分子,读取
从 readyscaf.mol 制作支架并将突出显示的分子保存到 hl.sdf。

使用 onworks.net 服务在线使用 indigo-deco



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