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abyss-pe - 将读取组装成重叠群

概要

深渊 [OPTION]……[参数=VALUE]……[MAKE_TARGET] ...

商品描述

将输入文件的读取组装成重叠群。 读数可能在 FASTA、FASTQ、
qseq、export、SRA、SAM 或 BAM 格式，可以用 gz、bz2 或 xz 压缩，并且可以是
焦油。

abyss-pe 是一个 Makefile 脚本。 make 的任何选项也可以与 abyss-pe 一起使用。

参数 of 深渊
姓名, 工作名称
此程序集的名称。 产生的脚手架将被储存在
${name}-scaffolds.fa。

in 输入文件。 从单个库组装数据时使用此变量。

LIB 空格分隔的双端库名称的引用列表。 使用这个变量
组装来自多个双端库的数据时。 对于每个库名
lib，用户必须在命令行定义一个同名变量，
表示该库的读取文件。 看 示例 下面是一个混凝土
用法示例。

pe 将仅用于将 unitigs 合并到的配对端库列表
重叠群并且不会对共有序列做出贡献。

mp 将用于脚手架的配对库列表。 配对库
对共有序列没有贡献。

长 将用于脚手架的长序列库列表。 长序列
文库对共有序列没有贡献。

se 包含单端读取的文件

a 气泡的最大分支数 [2]

b 气泡的最大长度 (bp) [10000]

c 一个单位的最小平均 k-mer 覆盖率 [开方（中位数）]

d 距离估计的允许误差 (bp) [6]

e 最小侵蚀k-mer覆盖[开方（中位数）]

E 每条链的最小侵蚀 k-mer 覆盖率 [1]

j 线程数 [2]

k k-mer 的大小（当 K 未设置时）或 k-mer 对的跨度（当 K 设置时）

K k-mer 对中单个 k-mer 的大小 (bp)

l 读取的最小对齐长度 (bp) [k]

m 两个 unitigs (bp) [30] 的最小重叠

n 构建重叠群所需的最小对数 [10]

N 搭建脚手架所需的最少对数 [n]

p 气泡的最小序列同一性 [0.9]

q 修剪时的最低基础质量 [3]
从质量低于 q 的读数末端修剪碱基。

Q 最低基础质量 [0]
将质量小于 Q 的所有读取碱基掩码为“N”。

s 构建重叠群所需的最小单元大小 (bp) [200]
种子长度应至少是 k 值的两倍。 如果更多的序列是
组装比预期的基因组大小，尝试增加 s。

S 构建支架所需的最小重叠群大小 (bp) [s]

SS SS=--SS 以特定链模式组装
要求所有文库都是链特异性 RNA-Seq 文库。 假设
读取对中的第一个读取被反向WRT转录本测序。

t 最小尖端大小 (bp) [2k]

v v=-v 启用详细日志记录

np, 插槽
一个 MPI 程序集的进程数

米匹伦 通往 mpirun 的道路

对准器
用于将读取对齐到重叠群 [map] 的程序。
允许的值为：map、kaligner、bwa、bwasw、bowtie、bowtie2、dida。 见
迪达 以下部分了解有关 dida 选项的更多信息。

cs 组装后将颜色空间重叠群转换为核苷酸重叠群

附加选项 of 使
-n, --试运行
打印将要执行的命令，但不执行它们。

他们成为 目标 深渊
默认
相当于“脚手架脚手架-点统计”。

单元格
组装unitigs。

单位点
输出 unitig 重叠图。

佩萨姆 将双端读取映射到 unitigs 并输出 SAM 文件。 SAM 文件只会
包含映射到不同重叠群的读段，以及读段 ID、序列和质量
字符串将被替换为 '*' 字符。

佩巴姆 将双端读取映射到 unitigs 并输出 BAM 文件。 BAM 文件只会
包含映射到不同重叠群的读段，以及读段 ID、序列和质量
字符串将被替换为 '*' 字符。

指数
生成 abyss-map 使用的 unitigs 的索引。

重叠群
组装重叠群。

重叠群点
输出重叠群重叠图。

mp-sam 将配对读取映射到重叠群并输出 SAM 文件。 SAM 文件只会
包含映射到不同重叠群的读段，以及读段 ID、序列和质量
字符串将被替换为 '*' 字符。

mp-bam 将配对读取映射到重叠群并输出 BAM 文件。 BAM 文件只会
包含映射到不同重叠群的读段，以及读段 ID、序列和质量
字符串将被替换为 '*' 字符。

mp指数
生成 abyss-map 使用的重叠群的索引。

脚手架
组装脚手架。

脚手架点
输出脚手架重叠图。

骨架
打破脚手架并生成 AGP 文件。

长脚手架
使用 RNA-Seq 组装的重叠群进行重新支架。

长脚手架点
输出 RNA 支架重叠图。

统计 显示装配邻接统计信息。

清洁 删除中间文件。

版本
显示 abyss-pe 的版本。

版本
显示 abyss-pe 使用的所有程序的版本。

帮助 显示有用的消息。

迪达

ABySS 支持使用 DIDA（分布式索引调度对齐），一种基于 MPI 的
用于计算跨多台机器的序列比对的比对框架。 使用
DIDA 与 ABySS，首先从以下位置下载并安装 DIDA
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida，然后将 `dida` 指定为
此 对准器 参数 深渊.

DIDA相关 深渊 参数
迪达_MPIRUN
用于运行 DIDA 作业的 `mpirun` 命令。

DIDA_RUN_OPTIONS
运行时选项，例如每个 MPI 等级的线程数和环境值
变量（例如 PATH、LD_LIBRARY_PATH）。 运行 `abyss-dida --help` 以获取以下列表
可用选项。

DIDA_OPTIONS 选项
直接传递给 DIDA 二进制文件的选项。 例如，这可以使用
控制最小对齐长度阈值。 运行`dida-wrapper --help`
可用选项列表。

MPI 兼容性
由于使用了多线程，DIDA 已经知道 OpenMPI 存在死锁问题。 使用
强烈建议在使用 DIDA 运行程序集时使用 MPICH MPI 库。 测试
使用 MPICH 3.1.3 完成，使用 --enable-threads=funneled 编译。

例
推荐的 DIDA 运行时配置是每台机器 1 个 MPI 等级和每台机器 1 个线程
CPU核心。 例如，要跨 3 个集群节点运行程序集，每个节点有 12 个内核，请执行以下操作：

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa read2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

这个例子使用了`mpirun` 的MPICH 命令行选项。 这里，`-np 3` 表示
MPI 等级数，`-ppn 1` 表示每个“节点”的 MPI 等级数，以及
`-bind-to board` 将“节点”定义为主板（即整机）。

环境 变数

可以在命令行上指定的任何参数也可以在
环境变量。

PATH 必须包含安装 ABySS 可执行文件的目录。 使用`abyss-
pe versions` 以检查 PATH 是否配置正确。

TMPDIR 指定用于临时文件的目录

调度 积分
ABySS 与集群作业调度器集成良好，例如：
* SGE（太阳网格引擎）
* 便携式批处理系统 (PBS)
*负载共享设施（LSF）
* IBM 负载均衡器

SGE 环境变量 JOB_NAME、SGE_TASK_ID 和 NSLOTS 可用于指定
参数名称分别为 k 和 np，其他调度程序也类似。

示例

一个 双端 图书馆
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa read2.fa'

多 双端 库
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

双端 和 配对 库
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

包含 RNA序列 组件
深渊-pe k=64 名称=ecoli lib=pe1 mp=mp1 长=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
长1=长1.fa

MPI
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa read2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa read2.fa'

使用 onworks.net 服务在线使用 abyss-pe