这是命令 alter-sequence-alignment，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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alter-sequence-alignment - 基因组序列对齐转换环境
概要
改变序列比对 [选项] [序列]
商品描述
ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) 是一种转换工具
在多个序列比对格式之间。 ALTER 专注于
主流对齐和分析程序的规范，而不是
关于或多或少特定格式之间的转换。
配置
-c (- 坍塌)
将序列折叠为单倍型。
-cg (--collapse 差距)
折叠时将间隙视为缺失数据。
-cl (--崩溃限制) ñ
连接限制（在 <= l 个站点上不同的序列将被折叠）（默认为
l=0）。
-厘米 (--崩溃失踪)
折叠时将丢失的数据计算为差异。
-i (- 输入） 文件
输入文件。
-ia (--输入自动检测)
自动检测格式（省略其他输入选项）。
-如果 (--输入格式) 值
输入格式（ALN、FASTA、GDE、MEGA、MSF、NEXUS、PHYLIP 或 PIR）。
-io (--inputOS) 值
输入操作系统（Linux、MacOS 或 Windows）
-ip (--输入程序) 值
输入程序（Clustal、MAFFT、MUSCLE、PROBCONS 或 TCoffee）。
-o (- 输出） 文件
输出文件。
-的 (- 输出格式) 值
输出格式（ALN、FASTA、GDE、MEGA、MSF、NEXUS、PHYLIP 或 PIR）。
醇 (--输出小写)
Lowe case 输出。
-om (--输出匹配)
输出匹配字符。
一 (--输出残基数)
输出残基编号（仅 ALN 格式）。
-oo (--输出操作系统) 值
输出操作系统（Linux、MacOS 或 Windows）。
-操作 (--输出程序) 值
输出程序（jModelTest、MrBayes、PAML、PAUP、PhyML、ProtTest、RAxML、TCS、
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS、TCoffee、Gblocks、SeaView、trimAl 或 GENERAL）
-骨 (--输出顺序)
顺序输出（仅限 NEXUS 和 PHYLIP 格式）。
使用 onworks.net 服务在线使用更改序列对齐
