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bamtools - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 bamtools

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 bamtools,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


bamtools - 用于操作 BAM(基因组对齐)文件的工具包

概要


工具 [--help] 命令 [ARGS]

商品描述


BamTools 使用 BAM 文件促进研究分析和数据管理。 它应对
当前测序技术产生的大量数据通常是
以不容易被基于文本的解析器处理的压缩二进制格式存储
常用于生物信息学研究。

配置


兑换
在 BAM 和许多其他格式之间转换

count 打印 BAM 文件中的对齐数量

覆盖
从输入 BAM 文件打印覆盖率统计信息

filter 按用户指定的标准过滤 BAM 文件

header 打印 BAM 标头信息

index 为 BAM 文件生成索引

将多个 BAM 文件合并为一个文件

random 从现有的 BAM 文件中选择随机对齐,更多地用作测试
工具。

解决
解析双端读取(根据需要标记 IsProperPair 标志)

revert 删除重复标记并恢复原始基本质量

sort 根据某些标准对 BAM 文件进行排序

split 根据用户指定的属性拆分 BAM 文件,创建一个新的 BAM 输出文件
找到的每个值

stats 从输入 BAM 文件打印一些基本统计信息

有关特定命令的更多信息,请参阅“bamtools help COMMAND”。

使用 onworks.net 服务在线使用 bamtools


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Linux 命令

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