这是 berkeley-express 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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berkeley-express - 高通量测序的流式量化
商品描述
文件用法：express [options] 管道用途：领结
[选项] -S | 快递 [选项]
其他要求 参数：
fasta 格式的目标序列文件
读取 SAM 或 BAM 格式的对齐文件
标准版 选项：
-h [ - 帮帮我 ]
产生帮助信息
-o [ --输出目录 ] 参数 (=.)
将所有输出文件写入此目录
-D [ --预处理 ]
为 eXpressD 运行预处理脚本
-m [ --frag-len-平均值 ] 参数 (=200)
平均片段长度的先验估计
-s [ --frag-len-stddev ] 参数 (=80)
片段长度标准偏差的先验估计
-H [ --单倍型文件 ] 参数
包含单倍型对的文件的路径
-B [ --附加批次 ] 参数 (=0)
初始在线回合后的额外批次 EM 回合数
-O [ --附加在线 ] arg (=0) 额外的在线 EM 回合数
在最初的在线回合之后
-L [ --最大读取长度 ] 参数 (=250)
读取的最大允许长度
--输出对齐概率
带有概率分配的输出对齐（sam/bam）
--输出对齐采样
输出对齐（sam/bam）与采样分配
--fr-搁浅
只接受正向->反向对齐（第二链协议）
--rf-搁浅
只接受反向->正向对齐（第一链协议）
--f-绞线
仅接受前向单端对齐（第二链协议）
--r-搁浅
只接受反向单端对齐（第一链协议）
--无更新检查
禁用通过网络自动检查更新
--logtostderr
将所有日志消息打印到 stderr
先进的 选项：
-f [ --忘记参数 ] 参数 (=0.84999999999999998)
设置“遗忘因子”参数（0.5 < c <= 1）
--图书馆大小 ARG
指定 FPKM 的库大小而不是从比对计算
--最大插入缺失大小 参数 (=10)
设置允许的最大 indel 大小，影响几何 indel 先验
--calc-covar
计算并输出协方差矩阵
--expr-alpha 参数 (=0.0050000000000000001)
设置先验的强度，每个 bp
--停在 参数 (=0)
设置要处理的片段数，禁用为 0
- 燃尽 参数 (=5000000)
设置片段数，在此之后停止更新辅助参数
--no-bias-正确
禁用偏差校正
--无错误模型
禁用错误建模
--aux-参数文件 ARG
包含要使用而不是学习的辅助参数的文件路径
使用 onworks.net 服务在线使用 berkeley-express
