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bp_flanks - 在序列位置中寻找变异的侧翼序列

概要

bp_flanks --position POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
加入 | 文档名称

商品描述

此脚本允许您从感兴趣的区域周围提取子序列
现有序列。 输出 if fasta 格式的序列条目，其中标题行
包含有关该位置的附加信息。

配置

该脚本采用一个未命名的参数，它是本地文件系统中的文件名
或核苷酸序列登录号。

-p Position 使用简单的核苷酸序列特征表
--position 表示法来定义感兴趣的区域，通常是一个
侧翼所在的 SNP 或微卫星重复序列
定义。

可以有多个位置选项，或者您可以
给一个位置选项一个逗号分隔的列表。

职位格式为：

[id:] 整数 | 范围| 中间 [-]

可选的 id 是您要调用的新名称
序列。 如果它没有在加入运行编号中给出
带下划线的条目名称。

位置可以是一个点（例如 234），一个范围（例如
250..300) 或核苷酸之间的插入点
（例如 234^235）

如果位置不完全在源内
序列输出序列将被截断，它
将打印警告。

位置末尾的可选连字符 [-]
表示您希望检索到的序列是
在相反的链中。

-f 默认为 100。这是核苷酸的长度
--flanklen 序列在给定位置的两侧检索。

如果源文件不包含

OUTPUT FORMAT

输出是一个 fasta 格式的条目，其中描述文件包含 tag=value 对
有关子序列在原始序列中的位置的信息。

fasta 条目的 ID 是在命令行中给定的名称，由连字符连接到
文件名或源序列的加入。 如果没有给出 id 一系列的结果
使用整数。

标签=值对是：

oripos=整数
在源文件中的位置

链=1|-1
与源序列相比的序列链

等位基因=int
感兴趣区域在当前条目中的位置。 标签与使用的相同
通过 dbSNP@NCBI

该序列通过以大写和其余的形式显示等位基因变异位置来突出显示
序列的小写字符。

例

% bp_侧翼 〜/ seq / ar.embl

>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL oripos=100 链=1 等位基因=100
taataactcagttcttatttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtgagga
ttttgttttttcttttaagatctgggcatctttgaatCtacccttcaagtattaagag
agaactgtgagcctagcagggcagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct

ALL

假设输入文件为 EMBL 格式，并且序列仅从
EMB 数据库。 使这更通用并使用注册表。

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著者 - 科瓦莱宁 莱瓦莱霍

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