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bp_genbank2gffp - 云端在线

在 OnWorks 免费托管服务提供商中通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器运行 bp_genbank2gffp

这是命令 bp_genbank2gffp 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


bp_genbank2gff.pl - 从 GENBANK 文件加载 Bio::DB::GFF 数据库。

概要


% bp_genbank2gff.pl -d genbank -f localfile.gb
% bp_genbank2gff.pl -d genbank --accession AP003256
% bp_genbank2gff.pl --accession AP003256 --stdout

商品描述


此脚本加载一个 Bio::DB::GFF 数据库,其中包含包含在本地
genbank 文件或从 genbank 获取的加入。 各种命令行选项
允许您控制加载哪个数据库以及是否允许现有数据库加载
被覆盖。

数据库必须已经创建并且当前用户必须具有适当的
插入和更新权限。 --create 选项将初始化一个新的数据库
适当的架构,删除任何已经存在的表。

命令行 配置


命令行选项可以缩写为单字母选项。 例如 -d 而不是
- 数据库。

--create 强制创建和初始化数据库
--dsn 数据源(默认 dbi:mysql:test)
- 用户用于 mysql 身份验证的用户名
- 经过mysql 认证密码
- 代理用于远程访问的代理服务器
--stdout 直接输出到 STDOUT
- 适配器要使用的适配器(例如 dbi::mysql、dbi::pg、dbi::oracle)--viral 您正在加载的基因组是病毒性的(更改标签
选择)
- 来源功能的源字段 ['genbank']
EITHER --file 后面的参数是 Genbank/EMBL 文件名
或 --gb_folder 下面是一个装满 gb 文件的文件夹以进行处理或 --accession 后面的参数是 genbank 登录号
(不是 gi!)
或 --acc_file 文件中的登录号(不是 gi!)(每行一个,没有双关语。)
或 --acc_pipe 来自 STDIN 管道的登录号(不是 gi!)(一个
每行)

使用 onworks.net 服务在线使用 bp_genbank2gffp


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