bp_papplmaker.plp - 云端在线

程序：

您的姓名

papplmaker.PLS - 分析工具模块生成器

概要

＃ 得到一些帮助
帕普梅克.PLS -h

# 为程序 'seqret' 生成模块
papplmaker.PLS -n 编辑.seqret

# 同上，但指定在哪里可以找到“seqret”
papplmaker.PLS -n 编辑::seqret
-l http://localhost:8080/轴/服务

# 同上，但为“seqret”指定一个非默认访问方法
papplmaker.PLS -n 编辑::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
- 科尔巴

# 为所有可用的分析生成模块
#（使用默认位置和默认访问方法）
乳头制造商

# 不生成但看看会生成什么
papplmaker.PLS-s
PLS-S

# 生成用于分析的模块 'edit::seqret'
# 但将其命名为“MySeqret”
papplmaker.PLS -n 编辑::seqret -m MySeqret

# ...并使用它
使用 MySeqret；
打印新的 MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->等待
-> 外序列；

# 同上，但将结果放入目录 '/tmp/my'
#（目录不需要存在）
papplmaker.PLS -n 编辑::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# 为所有名称的分析生成模块
# 匹配给定的正则表达式（不区分大小写）
papplmaker.PLS -r '编辑'

# 同上，但用你自己的名字命名生成的模块
#（让 papplmaker.PLS 替换您姓名的一部分）
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

商品描述

模块“Bio::Tools::Run::Analysis”提供对本地和远程分析的访问
以统一的方式使用工具（在“Bio::AnalysisI”中定义）。 该模块使用通用方法
允许设置任意输入数据并通过命名来检索结果。 然而，
有时使用特定模块更方便，代表一个分析工具，
已经知道可用的输入和结果名称。

生成器“papplmaker.PLS”创建这样的专用模块。

“papplmaker.PLS”使用与通用模块相同的访问方法 - 这意味着
根据参数“access”，它可以使用 SOAP、CORBA 或任何其他（支持）
协议，或者它可以访问本地分析（在同一台机器上可用）
调用“papplmaker.PLS”）。

“papplmaker.PLS”为一个命名分析（由“-n”选项指定，
或者它使用“Bio::Tools::Run::AnalysisFactory”模块来查找分析是什么
可用，并且可以通过匹配给定的正则表达式来限制它们的数量
“-r”选项。

生成的一个或多个模块的名称默认类似于
相应的分析，但这可以通过“-m”选项来改变，这实际上是一个
识别和替换以下字符串的模板：

$ANALYSIS 或 ${ANALYSIS}
将替换为分析名称。

$CATEGORY 或 ${CATEGORY}
将替换为分析所属类别的名称。

$SERVICE 或 ${SERVICE}
将替换为服务的整个名称（通常是串联
类别和分析名称，它也用作默认模块名称，顺便说一句）。

“服务”和“分析”有什么区别，“类别”是什么意思？
有时这些术语可能会令人困惑，因为它们的含义可能略有不同
取决于用于与它们通信的访问方法。 通常，“分析”是
在某处运行的程序（应用程序、工具），但有时在本地机器上运行。 一个
分析的例子是“seqret”（来自 EMBOSS 包）。 分析可以分组
按功能或处理的数据类型分类（但有时
根本就没有类别）。 每个分析都可以使用更高级别的
抽象，一种“服务”。 服务通常是依赖于协议的包装器，例如 Web
服务，或 CORBA 服务。 例如，有一个“edit::seqret”服务
表示“编辑”类别中的分析“seqret”。

信息反馈

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您的意见和建议最好发送到 Bioperl 邮件列表。 您的参与
非常感谢。

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http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 关于邮件列表

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